git 使用求助, 分支合并相关

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刚接触 git 不久，遇到一个问题百度不到方法，请教下大家：

问题来源：
现在有一个项目，需要在两个不同的场景下使用，在这两个场景下大部分文件内容都是相同的，只有少量文件有区别。
于是使用了两个不同的分支来对应不同的使用场景，这其中大部分共用的文件需要在两个分支中同步更新，少量有区别的文件需要保持不变。

问题描述：
假设项目中的两个文件为 A 和 B， A 在两个分支 master1 和 master2 中保持不同的状态，B 在两个分支 master1 和 master2 中保持相同。
1. 现在需要修改 master1 中的 A 文件，于是从 master1 中 checkout 一个 work1 分支，修改 A 后完成后合并到 master1
2. 然后需要修改 master1 中的 B 文件，于是从 master1 中 checkout 一个 work2 分支，修改 B 后完成后合并到 master1.
3. 文件 B 的修改需要同步到 master2 中，于是将 work2 合并到 master2 中，现在就出现问题了，本来想只合并对 B 的修改，可是合并的过程中 master2 中的 A 也被修改了！ 请问这个问题怎么解决？

[TopsLuo]

你的问题虽然看懂了，但是对不起，只能帮顶！