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分享利用MPI 编程,寻找一条染色体中的CG含量
有一个问题很麻烦,详情各位前辈帮助一下:
利用MPI编程,寻找出一条染色体中的CG含量?(染色体的内容在一个文件内,内容就是很多的ATGC)
具体几个问题想咨询:
1.MPI 使用non-blocking , blocking 还是point to point ?
2.因为染色体文件过大,在读取ATGC的时候有什么好的方法可以提高效率?
因为是生物信息学的学生,C语言比较差,还望各位前辈指导一下,不胜感激!
利用MPI编程,寻找出一条染色体中的CG含量?(染色体的内容在一个文件内,内容就是很多的ATGC)
具体几个问题想咨询:
1.MPI 使用non-blocking , blocking 还是point to point ?
2.因为染色体文件过大,在读取ATGC的时候有什么好的方法可以提高效率?
因为是生物信息学的学生,C语言比较差,还望各位前辈指导一下,不胜感激!
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ipqtjmqj 2016-10-27
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MPI我也没接触过。
文件过大可以用linux的函数read，是没有缓冲的，直接一次性读过来。
如果占内存大，可以不存字符串，存二进制，两个二进制位表示一个四进制遗传编码
