RSA(Java vs CryptoAPI)的标准和兼容性问题(挑战性++, 高手请进)

[bluemiles]

用Windows 与 Linux通信
要求自主的进行数据加密
WINDOWS平台使用CryptoAPI, Linux平台使用Java的JCE

反复比较后发现，用CRyptoAPI生成Keypair，加密数据，导出PublicKey，把PublicKey导入到JCE以后，无法对加密后的数据进行解密。

同样的，JCE中生成KeyPair、加密一段数据、将publicKey导出，publicKey导入到CryptoAPI也不能正常解密。

请达人解释一下，是否因为字节序的问题(Big-Endian?),还是因为Padding 和block Mode的设置不对？

这个问题关系到几个人的毕业设计，请帮助！！ orz