（生物信息学）蛋白质折叠的（亲水疏水)hp模型相关算法，

denverbenjamin2000 2002-05-10 06:28:48

谁有hp模型的相关资料
specially ,在平方或立方格子里如何高校遍历出其空间结构？

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利用粒子群算法在菱形网格上预测蛋白质结构（英文）.pdf

一种快速序列穷举搜索蛋白质构像空间的算法。该算法利用二分技术将HP序列逐次分解，保存分解过程的中间结果，使搜索算法中所需的计算量大大减少。

本文还有配套的精品资源，点击获取简介：方格蛋白质模型是计算机科学和生物物理领域中用于简化蛋白质结构模拟的方法。该软件包专门用于N维晶格上蛋白质模型研究，使用C++编程语言实现。用户通过阅读README.md文件和源代码示例来了解软件的使用和功能。hp模型（Hydrophobic-Polar模型）是模型中的一种，它将蛋白质氨基酸简化为疏水（H）和亲水（P）两种类型，便于在晶...

本文研究了图论中的区间图子树同构问题与二维三角晶格上的蛋白质折叠问题。在区间图方面，证明了子树同构问题在恰当区间图上是NP完全的，并总结了不同输入条件下子图问题的复杂度边界。在蛋白质折叠方面，针对HP模型在二维三角晶格上的优化目标，提出了一种新的近似算法，通过概率分析得出其期望近似比为$1 - \frac{2 \log n}{n - 1}$（$n \geq 6$），且随着序列中H残基数增加，近似比趋近于1，适用于长序列的高效近似求解。最后展望了弦图、无AT图上的复杂度开放问题及算法在三维晶格的扩展方向。

本文介绍了图的最优嵌入与最大团枚举的新算法。在图嵌入方面，提出了二维和d维格中的最小总边长、最小面积、最小弯曲及最小最大边长嵌入的次指数时间算法，并将其应用于蛋白质折叠问题中的字符串折叠模型。在最大团枚举方面，提出了基于矩阵乘法和针对稀疏图的高效算法，显著提升了稠密图与稀疏图上的枚举性能。同时，还给出了最大二分团的三种枚举算法。文章分析了各类算法的时间复杂度与适用场景，并探讨了其在生物信息学与网络分析中的实际应用，指出了未来在高维嵌入与特殊图结构算法设计上的研究方向。

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