IIS7不应该以Vista为准,应该以Windows Server 2008的为准。然后,你只需要同时配置web.confg里面两个<httpHandlers>节就行了,<system.web>下面的<httpHandlers>是给IIS6的ASP.NET看的,<system.webServer>下面的<httpHandlers>是给IIS7看的。当然,你的Handler要设计得兼容两者,例如Vista的IIS7有这样一个问题:
http://www.cnblogs.com/cathsfz/archive/2007/02/12/648869.html
Windows Server 2008的IIS7不知道是否仍有问题,但总之你必须尽力去兼容这两者。