求smith-waterman算法的串行和并行实现

[roden]

毕业设计要做多核系统上的多线程优化,准备使用smith-waterman算法来做说明,但是不知道现在经典的实现方法是什么样的,害怕会做多余的工作,希望哪位大侠能提供一份smith-waterman算法的串行c或c++实现,和并行实现源代码,最好是openmp的,mpi也可,不胜感激. Email:[e-mail]

[roden]

怎么没人帮忙啊

[intel_iclifort]

自己到网上搜啊, 看到不少

看看这个
JAligner is an open source Java implementation of the Smith-Waterman algorithm with Gotoh's improvement for biological local pairwise sequence alignment using the affine gap penalty model.
http://jaligner.sourceforge.net/

还有
http://www.bioperl.org/pipermail/bioperl-l/2003-January/010922.html
http://portal.open-bio.org/pipermail/biopython/2004-August/002320.html