把你对话框相关的代码贴出来，那部分代码可能有问题

你在MAIN()函数中设定的主窗体是哪个?不要设为dialog!!!

对话框分为模式对话框和非模式对话框。模式对话框处于程序窗口最上层的，如果该对话框没有释放，那程序的窗体就不能获得焦点或释放。如果是非模式对话框则不会有这个问题。

窗体用showdialog方法显示出来的，就叫模式对话框。直接用show方法显示出来的就是非模式的。


至于楼主窗口不能关闭的问题，我觉得是因为楼主没有设置父窗体的问题，在显示dialog的时候，应该将dialog的owner属性设置为主窗体，那么在主窗体退出的时候dialog也会随之退出。

如果不设置则会引起楼主出现的问题。

楼主还没有理解Form执行的过程事件。。。
看看就知道了。。。

找到原因了！

"当用户点击窗口右上角的X时,会先后引发FormClosing和FormClosed事件,在FormClosing事件中可将e.Cancel设为true来取消窗口的关闭,但是之后再用Form.Close方法关闭窗体时,FormClosing事件仍然会被捕获.按MSDN的说法,Application.Exit()方法可以不引发FormClosing和FormClosed事件. 
    在自己的一个NotifyIcon程序中,隐藏的窗体在使用Application.Exit()事件时,没有退出.原因为何呢?
    调用Form.Dispose(),然后调用application.Exit(),程序顺利关闭,看来对于隐藏的窗体,需先释放资源,才可关闭程序."

参照这段文字，我在主窗口FormClosing事件处理函数中加上this.Dispose(); 问题就解决了。