散点小分，意思意思。

KingS321 2009-08-26 07:14:31
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qqwx_1986 2009-08-26
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企-鹅 2009-08-26
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huichengongzi 2009-08-26
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很穷呀
huichengongzi 2009-08-26
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zhumeijun510880 2009-08-26
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superbtl 2009-08-26
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接点大分，意思意思
PeacefulBY 2009-08-26
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【实用教程】使用Autodock进行蛋白-小分子对接
本教程详细介绍使用Autodock进行蛋白-小分子对接的全流程，包括软件下载、三维结构文件准备、分子对接设置与运行、结果分析等内容。
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
本文介绍了使用Amber进行小分子-蛋白复合体分子动力学模拟的完整流程，包括小分子与蛋白的预处理、体系构建、参数设置及模拟步骤。重点对比了Amber与GROMACS在GPU资源利用上的性能差异，分享了小分子结构优化、质子化处理、拓扑文件生成及Leap程序构建复合体系的具体操作，并提供了各阶段Amber参数文件配置。
Gromacs模拟对接后的蛋白质和小分子
该文详细阐述了使用Autodock进行蛋白质和小分子对接，接着通过Pymol处理蛋白质结构为pdb格式，小分子为mol2格式。接着利用Gromacs进行分子动力学模拟的准备工作，包括处理蛋白质和小分子的gro和top文件，以及通过sobtop软件生成小分子的top文件。文章还详细介绍了如何合并gro和top文件，创建复杂系统的结构，以及进行能量最小化和溶剂离子添加的步骤，为后续的MD模拟做好准备。
小分子与小分子的对接（DOCK 6.9）
本文详细介绍了如何在殷赋云平台上使用小分子-小分子对接（DOCK6.9）方案进行计算，包括准备配体结构、定义口袋、设置参数和结果分析。步骤包括质子化处理、上传结构文件、定义口袋大小以及对对接结果的评估。
【Amber】带小分子配体分子动力学模拟
本文详细介绍了基于Amber18+开展含小分子配体的蛋白质-配体复合物分子动力学（MD）模拟全流程，涵盖文件准备（小分子mol2转换、参数生成、蛋白加氢优化、复合体构建）和MD阶段（能量最小化、加热、恒压/预平衡、正式生产模拟）。重点解决Amber原生不支持小分子力场的问题，依赖antechamber、parmchk2、pdb4amber等核心工具。
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