我给你回答吧。
1.由于种种原因，linux给用户的第一印象就是黑屏和命令，不像windows那么漂亮和直观，这是历史和国内人对linux误导和某些人的误导所致。
2、linux下的软件非常丰富，而且功能非常强大，但是这些软件很多都不是集成好的，所以在安装软件时总是需要用户自己去集成，这样用户就得找很多东西，在这里下载个库，在那里下载个库，专业人员对此常常都是要大费周章，更别说普通的对编程不甚了解的用户了，那要搞定基本上是很难了。
3、linux下的软件，不管是系统本身，还是相关应用软件，都对向后兼容性不好，把系统内核升级一下，基本上上面的软件就都得要更新为新的版本，否则其所用的函数库什么的都不能用了。
4、人们对linux的认识不够，了解不够，类unix讲究一个程序只做一件事并把他做好，而在windows下程序的重复开发现象非常严重，举例来说：notepad是个文本工具，在office的word里需要输入时，又专门开发个word自己输入编辑工具，在程序开发集成环境里也都是有自己的文本编辑工具，但在linux下，这些用于各种用途的编辑工具其实都是一个，比如vi，这样其它地方需要编辑工具时，仅仅只是调用vi这个工具就行，根本就不用专门再开发个文本工具。
我觉得，现在的linux软件，基本都是用c/c++开发，他们用的库函数五花八门，发布软件时又一般都不集成好，以至于让用户提起在linux上安装软件，就先冒一头冷汗，虽然现在某些版本套件都有一些自动安装工具，比如fc上yum等等，但这使得如果软件库里面没有收录该软件，用户就无法用这个工具。个人觉得要让用户不再害怕linux上的软件安装，需要做到：
1、发布集成度很好，也就是不需要用户满世界找依赖库。
2、尽量做好向后的兼容性，不用没升级一次操作系统，软件就得跟着升级。
3、如果面向普通网民，软件尽量要漂亮，跟windows下的软件效果不相上下。
4.本人接触的linux软件基本用c/c++开发的，兼容性不好，不知道开发人员是没有还是没办法考虑兼容性。为了加强软件的兼容性及与windows下的同样效果，个人建议用java开发应用软件，最好的一个例子就是永中office，这是一款中国人开发的office，在windows下和linux下的运行效果完全相同，并且运行效率优秀，也推荐使用（郑重声明：本人不是永中的托，只是这款软件很好，所以才特别推荐的）。
搞.NET开发，一直WIN2003
