mpirun提交任务

lengyeshanren 2011-11-20 10:41:34
现在在一个集群上计算mpi写的程序,已经调试没问题,现在要提交到集群上。但是程序需要的内存很大,大于单个结点的内存,理论上通过开多个核可以解决这个问题。但是为了更好的测试算法的性能,希望能够在每个结点或者指定队列中提交部分任务,即希望能够在每个结点中使用4个核来计算,共使用8个结点。听有人说可以直接使用bsub提交任务,只需要指定队列名称,具体不晓得怎么操作,希望各位大侠能够给个解决方法。

ps:某个论坛上有bsub –n 64 –q hpc_linux –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 表示将对于一个72小时内完成,使用64个CPU的并行作业mytest提交,其中-q后面是队列名称。
1、bsub是在例如secureSRT、F-secure SSH Client中输入么?
2、-q后面的队列名称如何获得呢?
3、mpirun.lsf里面存的是什么?
4、如果我已经编译成功了可执行文件solve,应该放在该命令中的哪里呢?./mytest这里?
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lengyeshanren 2011-11-22
没人回答?那我自己回答了。
使用mpirun -help发现有一个参数-machinefile,可以直接在文档中写入所需要调用的节点,并包含节点的信息即可。如machinefile后面的文件ma中写入node100 slots=8,表示在第node100节点使用8个进程参与计算。即:
mpirun -np 64 -machinefile ma programname
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