mpirun提交任务

lengyeshanren 2011-11-20 10:41:34

现在在一个集群上计算mpi写的程序，已经调试没问题，现在要提交到集群上。但是程序需要的内存很大，大于单个结点的内存，理论上通过开多个核可以解决这个问题。但是为了更好的测试算法的性能，希望能够在每个结点或者指定队列中提交部分任务，即希望能够在每个结点中使用4个核来计算，共使用8个结点。听有人说可以直接使用bsub提交任务，只需要指定队列名称，具体不晓得怎么操作，希望各位大侠能够给个解决方法。

ps：某个论坛上有bsub –n 64 –q hpc_linux –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 表示将对于一个72小时内完成，使用64个CPU的并行作业mytest提交，其中-q后面是队列名称。
1、bsub是在例如secureSRT、F-secure SSH Client中输入么？
2、-q后面的队列名称如何获得呢？
3、mpirun.lsf里面存的是什么？
4、如果我已经编译成功了可执行文件solve，应该放在该命令中的哪里呢？./mytest这里?

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lengyeshanren 2011-11-22

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没人回答？那我自己回答了。
使用mpirun -help发现有一个参数-machinefile，可以直接在文档中写入所需要调用的节点，并包含节点的信息即可。如machinefile后面的文件ma中写入node100 slots=8，表示在第node100节点使用8个进程参与计算。即：
mpirun -np 64 -machinefile ma programname

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