既然 terminal 可以成功执行，启动 shell，然后自定义命令行作为参数传递给 shell 解释器。shell 知道如何将程序员的意图转达给底层。使用 sh -c，将自定义 CMD 行作为其参数，最后使用 java.lang.Runtimeexec(String[] cmdarray)：

String raw2flvCmd = "/usr/local/ffmpeg/bin/ffmpeg -i \"某视频文件下载URL\" -f flv /usr/userfile/ffmpeg/tempfile/1.flv";  

Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"sh","-c",raw2flvCmd});  

参考
http://blog.csdn.net/defonds/article/details/8863717