关于安卓整个工程编译出来的apk不完整的问题

[七七&小鱼]

一个apk的源码，mmm packages/apps/***编出来正常的。eclipse中直接编译也正常的。但是放到整个工程中一起make就缺胳膊少腿了。比如某些类或者函数不见了。
Android.mk文件如下：

LOCAL_PATH:= $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)

LOCAL_MODULE_TAGS := optional
LOCAL_SRC_FILES := $(call all-subdir-java-files)

LOCAL_STATIC_JAVA_LIBRARIES += android-support-v4

LOCAL_PACKAGE_NAME :=AAA
LOCAL_CERTIFICATE := platform

#LOCAL_PROGUARD_FLAG_FILES := proguard.flags

include $(BUILD_PACKAGE)

反编译生成的apk后发现有些类中的函数少了。有人遇到过这个问题吗？