楼主你好,
我之前也遇到过类似的问题,我是在windows上用navicat for mysql远程连接Linux上的数据库,有时也会出现DOS可以连接,但工具连不上。
1、重新授权,
mysql> grant all privileges on *.* to 'root'@'%' identified by '123456' with grant option;
mysql> flush privileges;//刷新一下权限,不需要重启mysql
2、重新安装SQLyog工具
这样的话应该能解决问题,而且navicat更好用,建议楼主试一下