too many open files与服务器参数、性能

[hyz0906]

若干台全新的相同配置、相同系统（ubuntu1204）的云端虚拟服务机；
在编译gcc时，其中一台始终会报出：”too many open files“的错误并中断，出错的地方在cp编译中间文件（*.o / *.class）的时候，系统的最大文件打开数未修改，为默认的1024，将该值改为65536后，能够完成编译，但在cp中间文件时非常缓慢，cpu与内存使用均正常；
其它几个机器不需修改任何配置，均能正常完成编译；

不知道有什么因素会导致该现象，或者从哪里入手分析该问题，对于新机器要如何进行对比？