c++ 多线程用于从bam文件找变异位点

qq_38631114 2017-09-28 05:49:47

我是生物信息学的学生，c++还没入门，现在已有一个c++编写的calling 变异的脚本，需要把它改成多线程的，加快速度，有大量的读写和输出，自己的思路总是存在问题，有没有大神有这方面的经验和好的建议，望大家不吝赐教。

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qq_38631114 2017-09-30

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感谢您的回复，因此类软件都是多线程实现的，请问C++有那些比较方便的多线程实现的方法，谢谢！

alinly 2017-09-29

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先写个原型出来，测试. 建议多进程.

在测序过程中使用多个泳道时，使用Sambamba将所有泳道BAM合并为样本BAM。（合并的）BAM文件使用Sambamba标记为同一读取对的重复项。变种发现 GATK 4 HaplotypeCaller使用贝叶斯可能性模型针对基因组的每个位置...

Samtools作为一款操作序列比对结果文件(SAM/BAM)的工具，能够灵活转换sam/bam，并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点检测，并通过bcftools进行变异结果统计。本期将基于上期bwa软件的比对结果，利用samtools...

计算BAM文件中，单个位点的ATCG的read数量和coverage import pandas as pd import os import pysam import sys # usage: # python bam2coverage.py bamfile posfile output # # bamfile: # posfile: column1, chrom...

参考了许多WES的流程之后...1、找变异的前处理这里主要是对bam文件进行排序，不知道用samtools和picard的差别在哪，但是，02样本用picard会报错的。对 mapping 得到的 bam 文件做完 Fix Mate Information、Sort 和 ...

die "perl $0 <bam> <threads>\n" if @ARGV != 2; my $semaphore = Thread::Semaphore->new($ARGV[1]); my $id = basename($ARGV[0], ".bam"); if(-s "$ARGV[0].bai") { }else{ `samtools index $ARGV[0]`; } my...

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