数据库在使用中是否能删除外键？

RT，现有一套正在运行的JavaWeb程序与MySQL数据库，目前一共40多张表，560多万条记录，大约每天产生一万条左右。
目前做了业务范围升级，也考虑做MySQL Cluster，但因为MySQL Cluster的ndbcluster引擎不支持外键，所以打算本次把原先的外键先删除，然后备库还原到集群中，最后做新数据表添加。
在本地测试了一下，删除六个表的外键，耗费了近2个小时（备份不到20分钟，还原近一个半小时）。
因业务比较关键，发生频率较高，时间也不确定，所以想尽量减少服务停机时间，能否在不停止程序服务的情况下，数据库发生读写操作时删除外键？
因为没做过这样的事情，有点担心安全问题。