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#文件名
xtcname=md1.xtc
tprname=md1.tpr
ndxname=ta-cg.ndx
#能量最低的时间,单位为ps
time_of_em=12800
#粗粒粒子总数
total_num=43
#将目录切换到输入文件所在文件夹
cd /home/urs1/MD/TA/TA/CG/
for (( i = 0; i < $total_num; i++ ))
do
gmx traj -f $xtcname -s $tprname -n $ndxname -b $time_of_em -e $time_of_em -com -ox com-$i-pbc
#gromacs默认分组从零开始,因此添加一变量j作为input
j=i-1
send "$j"
done