windows NTFS的扇区复制问题

[xdayong]

我需要实现一个功能：读取Windows上的一个磁盘分区，解析MFT表，然后以文件拷贝的方式，把这个分区里的数据，拷贝到另一个分区里。
目前已经实现对源分区MFT表的解析。我会在目标盘中，根据解析出来的数据，对目标盘的进行写操作（以写扇区方式进行），这些操作包括对MFT表的修改（主要是对属性的修改），找到空闲簇，对非常驻属性的运行数据的拷贝，对bitmap文件的修改，等等。
但是在测试过程中，发现有些文件，拷贝后完后，通过一些读扇区的工具去查看，数据是正确的正常的。但是，一旦通过一些应用软件去访问这些文件时，里面的某些数据，就会被系统修改。
有人对NTFS系统，有比较深入的研究么，帮忙指定下，看看我还有哪些地方没有考虑到的

[赵4老师]

参考这方面的开源项目。