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TCGA差异分析(limma和edgeR)

这篇文章简要介绍一下limma 包和edgeR包找TCGA差异基因的代码,主要是备忘

用R软件处理TCGA数据可能出现的错误

R软件报错:无法分配大小为2.4 Gb的矢量。 解决方法:通过ls()看work space中有什么变量;  通过object.size()看每个变量占多大内存;  通过memory.size()查看现在的work space的内存使用;  通过memory.limit()...

TCGA数据库的利用(三)—做差异分析的三种方法!

今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章,在对TCGA数据进行挖掘时,通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因,作为后续研究的对象,这个筛选过程叫做差异分析;本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍关于差异...

TCGA数据库的基因表达情况分析

TCGA数据库的基因表达情况分析 数据内容 TGGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下: A:样品 B:表达水平 C:样品类型(正常组织和癌组织) D:数据源 乳腺癌的基因表达情况 以乳腺癌为例: 筛选出ATGC的乳腺癌...

#TCGA#利用R包edgeR做miRNA表达谱的差异分析

之前我们通过perl得到表达矩阵,现在利用R做差异分析(只截取部分数据) 得到的火山图 得到的热图 R代码 #设置好工作路径,并卡好p值和foldChange值 setwd("E:/text") foldChange <- 1 padj <- 0.05 #...

TCGA数据挖掘--神经胶质瘤(GBM)差异mRNA分析

1.TCGA-GBM数据数据 { library(TCGAbiolinks) library(SummarizedExperiment) query <- GDCquery(project = 'TCGA-GBM', data.category = "Transcriptome Profiling", ...

通过整理TCGA数据,探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因

试验目的 :获取三阴性乳腺癌的正常组织和癌症组织的基因表达差异情况,比较三阴性乳腺癌中的基因表达变化情况。 试验设计 :通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据,筛选出三阴性乳腺癌的样本,通过比较癌症和正常组织...

edgeR基因表达差异分析

文章目录edgeR基因表达差异分析官方文档总结读取read数DGEList对象、构建分组过滤,删除低表达基因CPM标度转换手动过滤自动过滤归一化测序深度有效库大小GC含量基因长度MDS图形展示 样本无监督聚类负二项式模型计算...

TCGA-HCC-差异分析-富集分析-pathview

library(pathview) library(TCGAbiolinks) library(SummarizedExperiment) library(clusterProfiler) #下载HCC的Gene expression文件 query &...TCGA-LIHC&quot;, data.category = &quot;G...

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析导读正文: 导读 今天有小伙伴问我,筛选完差异基因后,想看自己关注的基因和其他基因的关系,应该怎么做?那当然要先做一下相关性分析了!好,下面让我给大家娓娓道来… 正文...

R语言:TCGA数据分析

引言我最近在做TCGA数据分析,在处理中遇到的问题及其收获。主要包括: case ID 大小写处理 数据的匹配 涉及到的函数有:小写 tolower 大写 toupper 单一的局部匹配 grep 多个全局匹配 match 保留固定长度的字符 ...

TCGA系列基因突变数据库--MAGI

http://magi.brown.edu/  

TCGA肿瘤样本基因信息库(一)

最近开始分析TCGA这个数据库中的一些SNV信息(single nucleotide variation). 先整理出第一篇知识列表,如下: TCGA的全称和目的 TCGA中的样本来源和编号 TCGA中各样本的突变类型 肿瘤的突变...

TCGA数据库分析癌症和癌旁组织的表达差异

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一、下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下: ...

我不想下载TCGA数据,怎么分析

那就不分析吧,放弃吧。 当然,如果有在线的就好了,省得抄写代码,...拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子 需要下载一个软件,TCGA简易下载工具 但是由于我TCGA数据现在下载不了,可能和网络有关,我这个方法测试

TCGA数据库的利用(三)——基因注释!

最近做了跟TCGA相关的项目,借此机会也认识了zeroing说的作者,参考了他的两篇文章: TCGA数据库的利用(一)—— 数据下载! TCGA数据库的利用(二)—— 数据处理! 但在实际的操作中,也发现了第二篇文章中的一些...

生物信息学入门 使用 GEO基因芯片数据进行差异表达分析(DEG)——Limma 算法 数据 代码 结果解读

差异表达分析通常作为根据基因表达矩阵进行生物信息学分析的第一步,有助于我们观察基因在不同样本中的表达差异,从而确定要研究的基因和表型之间的联系。常用的基因表达数据来自基因芯片或高通量测序。虽然矩阵看...

TCGA数据库下载及全流程分析(更新中)

一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GDCRNATools") ...下载好之后在再官网下载gdc-client工具和...

TCGA系列--miRNA数据分析

http://mirgator.kobic.re.kr/help.html

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化

之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图) R-maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot或者叫“瀑布图”,以及一些细节的更改和注释。 本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用,为更...

DESeq2差异基因分析和批次效应移除

差异基因鉴定 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在...

基因表达量计算与差异表达分析常见问题

答:如果要用泊松分布做差异分析模型的话,必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话,可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数,再做检验。 问 2:Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的? 答:Deseq 只是一个差异...

运用limma对基因进行差异分析

此次案例我们是要比较ARID1A这个基因突变与不突变两亚类肝癌病人哪些基因的表达存在差异(寻找差异基因)。

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析 UCSC的分析入口 打开UCSC Xena网站:UCSC Xena。(网页速度可能不太稳定) 点击界面的GET STARTED,在打开的界面右上角点Launch Xena Browser,界面如图,进入分析界面。 ...

TCGA收集的mRNA表达数据作差异表达

差异表达的软件DEseq和edgeR所需要的数据格式必须是原始counts,经过normalization和log2后的数据都不适合,所以对于做差异表达计算的童鞋可以使用ExperimentHub下载TCGA的原始数据。 GEO地址:...

TCGA肿瘤基因数据的访问(二)

TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目完成后,最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站,方便人们访问。 网址是 https://portal.gdc.cancer.gov 其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因...

TCGA数据 ENSG编号转为Symbol(基因名称)

当想查看对应的差异基因对应的Symbol(基因名称)的时候,发现基因为编码为ENSG开头的一串数字,Ensembl基因的ID # 安装包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("AnnotationDbi") biocLite...

差异分析流程(五)三大R包比较

https://www.jianshu.com/p/a3b78bd49bcc https://www.jianshu.com/p/4795e6bd4e21 https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805 https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9937080.html ...

绘制超漂亮的基因差异表达火山图

基因表达,漂亮火山图 rm(list = ls()) getwd() #ctrl+shift+h切换工作目录 library(EnhancedVolcano) library(DESeq2) library(airway) library(magrittr) data('airway') # %<>%复合赋值操作符, 功能与...

Python3.2.3官方文档(中文版)高清完整PDF

Python3.2.3官方文档(中文版) 由笔者自己翻译,有不当之处希望在博客上相互交流

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