用bwa建立索引所遇到的问题 [问题点数:0分]

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BWA-MEM算法结构分析
一、BWA-MEM函数框架   1 读入 bwt、options、reads; 2 利用mem_chain生成chain; 3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain; 4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。 1.第一步:数据输入 加载已经生成的bwt表。接口的参数文件名为:xx.fasta;实际中包含具有以下几个后缀名的文件.amb,.ann,.bw...
基因数据处理4之BWA索引内存不够
基因数据处理4之BWA<em>索引</em>内存不够 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/Ref/RefFromBwaGit$ <em>bwa</em> index GRCH38.fa [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 37.70 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequence..
BWA使用说明
BWA使用说明
基因数据处理94之使用kmer分析SRR003161数据的kmer分布
1.分两组 (1)kmer长度为:5 to 21 (2)kmer长度为:5 to 55 by 10 2.代码: package org.gcdss.cli import java.text.SimpleDateFormat import java.util._ import org.apache.spark._ import org.bdgenomics.adam.projection
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比
正则匹配alt的问题!!!!!!!!!!1
谁帮我把下面这个匹配的东西,改为alt=xxx时也能匹配到alt啊 string altValue = "alt的值"; protected void Page_Load(object sender,
基因数据处理64之bwamem处理500bp和1000bp的记录
xubo@xubo:~/xubo/data/alignment/cs-<em>bwa</em>mem$ <em>bwa</em> mem <em>bwa</em>index/GRCH38chr1L3556522.fasta g38l500N10000.fq >g38l500N10000.<em>bwa</em>mem.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 10000 se
基因数据处理114之BWA建立全基因组索引成功
运行记录 hadoop@Mcnode5:~/disk2/home/hadoop/xubo/ref/buildIndex$ <em>bwa</em> index GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 33.14 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequ...
基因数据处理67之bwa建立索引时间
两次,GRCH38 的1号染色体hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-<em>bwa</em>mem/<em>bwa</em>index$ <em>bwa</em> index GRCH38chr1L3556522.fasta [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 2.50 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequen
基因数据处理22之对GRCH38全基因建立BWA索引
环境: ubuntu 14.04 内存 6G <em>bwa</em> 0.7.12 结论: <em>建立</em><em>索引</em>大概4500秒左右 节点2运行: hadoop@Mcnode2:~/cloud/adam/xubo/data/test20160422$ cp ../test20160310/GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_an
BWA MEM比对人类参考基因组详解
在获得下机数据后,做的第一步是质控。质控工具有很多,这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。         BWA是一款基于BWT的快速比对工具,其由三个算法组成。这三个算法分别是:BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中,BWA MEM是最新的,其更快更准确,更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法,首先需要使用索
0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引
在临床数据分析时,使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19,hg39版本,且常常将除1-22,X,Y,M,以外的染色体去除,避免数据的干扰。 hg19<em>索引</em>构建 进入UCSC的官网,hg19的ftp网址 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ 参考基因组版本说明,与NCBI的对应版本 This directory con...
bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一
解决[M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs的<em>问题</em> 总结如下,<em>bwa</em> mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一是<em>bwa</em>安装的<em>问题</em>! 写这个初级的帖子,为后来人<em>遇到</em>同样<em>问题</em>的人,在百度搜索的时候能够找到能解决<em>问题</em>的帖子!
基因数据处理24之BWASW算法ref分块建立索引然后比对(ref切分为四段,read为25000条,4线程)
比默认的要块1倍左右 1 [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [bsw2_aln] read 25000 sequences/pairs (14470082 bp) ... [main] Version: 0.7.13-r1126 [main] CMD: <em>bwa</em> <em>bwa</em>sw -t 4 GRCH38chr1L3556522.fna SRR0
基因数据处理3之bwakit安装和使用
基因数据处理3之<em>bwa</em>kit安装和使用 1.下载 方法1: http://bio-<em>bwa</em>.sourceforge.net/ 方法2: https://github.com/lh3/<em>bwa</em>/tree/master/<em>bwa</em>kit 方法3:  wget http://sourceforge.net/projects/bio-<em>bwa</em>/files/<em>bwa</em>kit/<em>bwa</em>kit-0
BWA 及 Bowtie 配置及简单使用
BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-<em>bwa</em>/files/<em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj <em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ cd <em>bwa</em>-0.7.17 $ make $./<em>bwa</em>BWA简单比对# <em>建立</em><em>索引</em> $ <em>bwa</em> index ref.fa # aln 算法 # <em>建立</em> .sai 文件 $ ...
基因数据处理20之BWASW算法ref分块建立索引然后比对
SRR003161h20.fastq 三次测试: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub$ <em>bwa</em> <em>bwa</em>sw GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h20.fastq >SRR003161h20BWASWchr1.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
test datareference data: hg19<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar
创建索引的两种方式比对
有一个应用,需要创建<em>索引</em>,创建<em>索引</em>一般有两种方法,一种是CREATE INDEX ...;一种是CREATE INDEX ... ONLINE;字面意思上看,一个是在线,一个是非在线,有什么不同?1.语句执行时间的不同 创建测试表, 使用非在线创建<em>索引</em>,用时00.06秒, 使用在线方式创建<em>索引</em>,用时00.32秒, 表只有一条数据,ONLINE是非ONLINE用时的5倍以上了。2.阻塞对象的不
基因数据处理6之BWA_MEM无法分配内存
基因数据处理之BWA_MEM无法分配内存:      <em>建立</em>BWA<em>索引</em>的时候内存不足,现在用BWA-MEM又内存不足,真耗内存 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ <em>bwa</em> mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在大数据集上的试验
试验数据 fasta:hg38.fa文件可以在UCSC下载 (hg38.fa.gz 938M) fastq非公开文件 KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_1.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_2.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHC...
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在小数据集上的试验
试验数据 chr14_1.fastq chr14_2.fastq (1.47G each one .gz) chr14.fasta (28M .gz) chr14.fastq文件可以在GAGE下载 chr14.fasta文件可以在UCSC下载 软件的版本: <em>bwa</em>-0.7.17 gatk-4.0.2.1 samtools-1.5 试验过程 1.生成<em>索引</em>文件 <em>bwa</em> i...
基因数据处理57之BWA-MEM运行single-end(1千万条100bp的reads)
``` hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-<em>bwa</em>mem$ <em>bwa</em> mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20.fq > g38L100c10000000Nhs20.<em>bwa</em>mem.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] rea
基因数据处理14之BWA三种方式bwa、BWA_SW、BWA_MEM使用
1.构建<em>索引</em>: <em>bwa</em> index ref.fa 或者从ftp下载,请参考【1】 2.BWA: <em>bwa</em>.sh为脚本文件 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/<em>bwa</em>3sh$ cat <em>bwa</em>.sh #!/bin/bash <em>bwa</em> aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.
基因数据处理102之SparkBWA本地运行100万条paired-reads实例
脚本:spark-submit --class SparkBWA \ --master local \ --archives <em>bwa</em>.zip \ SparkBWA.jar \ -algorithm mem -reads paired \ -index /home/hadoop/xubo/ref/GRCH38L1Index/GRCH38chr1L3556522.fasta \ -partitions
sam to bam文件出错
开始学习生物信息分析,在ubuntu上运行了samtools view,结果显示错误,如下: # samtools view -@ 60 -bS *.sam > ra24p.bam [samopen] no @SQ lines in the header. 尝试改变参数也不行 就查看了sam文件 #head -10 ra24p.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_
基因数据处理100之bwamem算法处理100万条paired-reads数据GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired12
运行记录:hadoop@Master:~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe$ <em>bwa</em> mem ../GRCH38chr1L3556522.fasta GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired1.fastq GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired2.fastq >GRCH38chr1L3556522N1000000L1
微信小程序开发遇到问题以及解决
准备撸个微信小程序,记录下<em>遇到</em>的<em>问题</em>以及解决方式 1、view的并排 根据官网的说明,增加样式:style="flex-direction:row;",但是并没有生效,于是去demo种扒了下样式,增加:.flex-wrp{display:flex;},完成并排 2、view的隐藏与显示 没有找到获取view的方式,希望有找到的可以一起分享 用了setData的方式,实现了该功能,大概逻辑
BWA比对软件的使用方法和步骤
<em>bwa</em>的使用需要两中输入文件:     Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)     Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: <em>建立</em> Index 根据reference genome data(e.g. reference.fa) <em>建立</em> Index File     b
创建数据库出现的问题
软件: MySQL5.5 command Line Client(该软件不区分大小写)<em>遇到</em>的<em>问题</em>1----不会删除刚创建的数据库登录MySQL后,输入密码登录后的界面先查看已有的数据库(show databases;)----创建一个数据库(create database STUDENT;)----再次查看数据库(show databases;)----删除刚创建的数据库(drop databas...
BWA使用
全称:Burrows-Wheeler Aligner 参考: https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/ 官方文档: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...
有关owasp bwa学习,求好心人帮助
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bwa软件的使用
<em>bwa</em>软件的使用 下载地址http://bio-<em>bwa</em>.sourceforge.net/<em>bwa</em>.shtml 第一步: <em>建立</em> Index 根据reference genome data(e.g. reference.fa) <em>建立</em> Index File [root@localhost ]# <em>bwa</em> index -a bwtsw human_hg18_ref.fa(human参考基因组18)
bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个<em>问题</em>又会被分成两个<em>问题</em>,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序,那map工作就会在
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自:http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网: https://ccb.jhu.edu/software/
学生信息管理系统——常见问题
这几天一直在调试学生信息管理系统,出现了很多错误,
BWA软件安装和使用
BWA软件安装和使用: 1.安装请参考【1】 2.使用: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ <em>bwa</em> aln ../../dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fasta DRR047093.fastq >RAL357_1.sai [b
基因数据处理19之BWA匹配算法串产生、匹配、评价等整体流程
环境: ubunut BWA samtools wgsim <em>bwa</em>.kit工具 1.数据下载:需要在<em>bwa</em>.kit下 <em>bwa</em>.kit/run-gen-ref hs38DH 2.串产生: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/hs38DH$ wgsim -N 1000 -1 10 hs38DH.fa hs38DHSE1N10000L
索引扫描测试数据
<em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>; <em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>
【数据库基础】联合索引是什么?为什么要用它?用它时要注意什么?
联合<em>索引</em>是什么 对多个字段同时<em>建立</em>的<em>索引</em>(有顺序,ABC,ACB是完全不同的两种联合<em>索引</em>。) 为什么要用 以联合<em>索引</em>(a,b,c)为例 <em>建立</em>这样的<em>索引</em>相当于<em>建立</em>了<em>索引</em>a、ab、abc三个<em>索引</em>。一个<em>索引</em>顶三个<em>索引</em>当然是好事,毕竟每多一个<em>索引</em>,都会增加写操作的开销和磁盘空间的开销。 覆盖(动词)<em>索引</em>。同样的有联合<em>索引</em>(a,b,c),如果有如下的sql: select a,b,c from...
12月15日做图书管理系统所遇到问题
做图书管理系统所<em>遇到</em>的<em>问题</em>
数据库索引使用的数据结构
强烈建议参阅链接:http://www.linezing.com/blog/?p=798#nav-1 说白了,<em>索引</em><em>问题</em>就是一个查找<em>问题</em>。。。 数据库<em>索引</em>,是数据库管理系统中一个排序的数据结构,以协助快速查询、更新数据库表中数据。<em>索引</em>的实现通常使用B树及其变种B+树。 在数据之外,数据库系统还维护着满足特定查找算法的数据结构,这些数据结构以某种方式引用(指向)数据,这样就可以在这些数据结构上实现高级查
建立并遍历二叉树时遇到问题(整理java版)
<em>问题</em>:开始Node root = null; 将root传入createBiTree(Node node)后,root的地址并没有改变; 代码环境:这里用递归的方式<em>建立</em>,并用前序方式遍历; 原因:由于在进入createBiTree(Nodenode)调用栈之前,没有给root申请地址,而是在调用栈中申请,所以root仍是空的; 解决方案: 改变传入root对象引用的方式,在createB...
C语言创建二叉树过程中遇到的一些问题
其实这些<em>问题</em>以前也<em>遇到</em>过,不过没总结,<em>遇到</em>又要搞段时间,现在总结下。 比如我们要创建颗如下二叉树,按前序输入,则为AB#D##C##: 开始代码写成下面这样: #define TElemType char typedef struct BiTNode { TElemType data; struct BiTNode *lchild,*rchild; }BiTNode,*BiTre
bwa 参数中文解析
名称         <em>bwa</em> –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s...
建立网站遇到问题和一些建议
内容列表: 一个神奇的地方 如何购买域名 网站备案<em>问题</em> 服务器位置的选择 服务器商的选择 一个神奇的地方   在<em>建立</em>一个网站之前,首先要考虑的第一件事就是它的受众是谁,主要用户在哪里,是在国内? 国外? 日本? 欧洲? 美国? 这决定了该网站服务器要放在哪里,以及使用什么样的域名后缀,以及备案等<em>问题</em>。如果你的网站受众在中国大陆,那么这篇文章也许会给你一些有用的建议。中国大陆的网络极...
solr增量索引问题
关于solr增量<em>索引</em><em>问题</em>在网上会搜索到一堆文章。我这里只对我做项目时<em>遇到</em>的<em>问题</em>问进行一个描述和解疑:         我所做项目的数据库是千万级以上的数据量。所以全量<em>索引</em>就不太现实了,但在进行增量<em>索引</em>配置时总是出现  id 无法解析等<em>问题</em>。后来查阅资料才了解到配置文件的信息不正确。如下图: 在data-config.xml文件中红色方框的字段名称要一致,之前我由于配置的并不一样,所
图书管理系统 出现的问题
1 在主界面上侧单击右键  会弹出  右键菜单 但是在主界面中间 单击右键 没有反应   2 查找的时候      JButton button_ok = new JButton("确定",new ImageIcon("ok.png"));    southPanel.add(button_ok);    button_ok.addActionListener(new ActionListen
遇到的一些前端JQuery问题汇总
$("getBrokenRodNO").unbind("click").click(function(){...});试试这样,也可以的应该,刚刚也<em>遇到</em>了这个<em>问题</em>,用这种方式解决了。这个<em>问题</em>难倒是jquery的bug吗,网上找了很多也没找到相应的解释。 真实原因:引用了两次js文件的原因
数据库使用过程中遇到问题
最近在学习的时候,用到了数据库,在打开数据库的时候,结果数据库打不开了,本着<em>遇到</em><em>问题</em>解决<em>问题</em>的态度,成功解决了,开心。下面就来看看小编都<em>遇到</em>什么<em>问题</em>了吧。
在用wordpress搭建网站中遇到的那些问题
1.Localhost 名错误: 这个<em>问题</em>是我在改中文界面的时候<em>遇到</em>的,数据库名字和密码都是对的,但是一直提示Localhost名错误,这个<em>问题</em>很操蛋,第一次用的人都容易被吓到。 解决方案: 修改wp-config.php文件 define(&quot;FS_METHOD&quot;, &quot;direct&quot;); define(&quot;FS_CHMOD_DIR&quot;, 0777); define(&quot;FS_CHMOD_...
渗透测试演练工具(VM)OWASPBWA1.0 RC2
OWASP Broken Web Applications Project是OWASP出品的一款基于虚拟机的渗透测试演练工具(VM),由于包含了诸多供测试的安全弱点,所以强烈建议在host only或NAT的虚拟机网络模式下使用。   OWASPBWA 1.0rc2版本主要更新: 增加了新的应用: wavsep (http://code.google.com/p/wavsep/) 升级了W...
调用lucene向solr建索引实践
Solr的底层是基于Lucene<em>索引</em>结构,Lucene是一套信息检索工具包,但并不包含搜<em>索引</em>擎系统,它包含了<em>索引</em>结构、读写<em>索引</em>工具、相关性工具、排序等功能。所以,只要是相同版本的Solr和Lucene其用的<em>索引</em>文件是兼容的,solrconfig.xml有使用Lucene的版本信息。如果我们直接利用Lucene来写Solr的<em>索引</em>目录,可以减去很多网络开销,并且减去Solr除了<em>索引</em>以外功能做的额外开销,从提升建<em>索引</em>的角度,有不错的提升。
二叉树的遍历以及遇到的一些问题
今天在学习二叉树的遍历,
【一起学生信】 bwa -M 参数解读
<em>bwa</em> mem 比对时,会有一个 -M 参数,<em>bwa</em>官方给出的解释是 mark shorter split hits as secondary。 -M 参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。 不加 -M 如果加入 -M 参数,这种情况bam中的 flag= 2048 ( supplementary alignment ) # 必须做好hg19的index <em>bwa</em>
外键上建立索引的好处
外键上<em>建立</em><em>索引</em>的好处   在主从表设计中,常常使用外键在这两个表之间<em>建立</em>关联。当从主表中删除一行数据时,SQL Server便会检查从表中是否有相同外键的行存在。如果从表没有包含外键列的<em>索引</em>,SQL SERVER需要扫描整个从表。可以想象:从表越大,删除的时间越长。更新主表时的情况也是一样。   INSERT DELETE UPDATE
基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理(成功)
基因数据处理7之BWA_MEM小数据集处理 环境:ubuntu14.04 6G内存 参考基因:GRCH38 来源请参考【1】 fastq数据:SRR003161.fastq 的头20行,即5条reads 操作记录: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -20 >S
bwa核心算法
<em>bwa</em>核心算法,基本设计思想。
关于mysql建立索引需要注意的几点事项
联合<em>索引</em>命名规则:表名_字段名1、需要加<em>索引</em>的字段,要在where条件中2、数据量少的字段不需要加<em>索引</em>3、如果where条件中是OR关系,加<em>索引</em>不起作用4、符合最左原则https://segmentfault.com/q/1010000003984016/a-1020000003984281联合<em>索引</em>又叫复合<em>索引</em>。对于复合<em>索引</em>:Mysql从左到右的使用<em>索引</em>中的字段,一个查询可以只使用<em>索引</em>中的一部份,...
lunece建立索引遇到问题
  最近对lucene的检索进行了肤浅的学习  先是把论坛里大部分的lucene的帖子看了下  大致了解了下lucene   决定学习  在自己测试的时候  发现在对大表的创建<em>索引</em>时耗费的时间实在太长 想通过多线程来解决 对一个表的总记录数来决定创建几个线程来创建<em>索引</em>, 结果是报错:  D:\lucene\index\_a.fnm (系统找不到指定的文件。) Lock obtain timed o...
IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。
1.首先使用BWA进行reads比对,结果会产生sam文件。 2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意,IGV并不是支持所有的文件格式,所以要通过samtool进行格式转换。 3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化,首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件, samtools view -h file.bam &gt; file.sam samtools view -b
基因数据处理7之BWA_MEM运行太长
基因数据处理6之BWA_MEM运行太长 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ <em>bwa</em> mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161.fastq >SRR003161b.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load
bwa基因比对程序
<em>bwa</em>算法,经过<em>bwa</em>算法执行后会得到sam文件,sam文件用于之后的gatk工作
上周工作中遇到问题以及解决方法总结
上周忙于薄荷的提交,新知识的积累不够丰富,无法连贯成一篇有质量的博文。这里分享一下上周薄荷开发中<em>遇到</em>的一些<em>问题</em>和解决办法。 跳转<em>问题</em>在项目里有个需求,A–push–>B–push–>C, 然后想让从C 直接到D,D–pop–>A当时简单试了一下 C–pop–>A,A–push–>C. 这里有两个<em>问题</em>,就算把C–pop–>A的动画设置为NO,还是会闪现一下A的界面,在手机不流畅的情况下会更突出。另
实践中遇到问题总结
body在默认情况下占据了当前可视窗口的整个高度和宽度 如果想让盒子中的内容垂直居中,可以让盒子的line-height和盒子的高度相等。 默认情况下,盒子的高度和宽度值都是auto,但空盒子是看不见的,必须有内容才看的见,当有内容时,盒子的宽度等于父元素内容区宽度;高度需由盒子中包含的内容来撑开。如果子元素盒子定义的高度超过了父元素,父元素不会自动扩展其高度而是被子元素覆盖了。
基因数据处理10之BWA处理速度太慢
基因数据处理9之BWA处理速度太慢: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ <em>bwa</em> aln GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161
SOAP2详解
SOAP2是SOAP的升级版本,提高了短序列比对的运行速度和精度,同时SOAP2的一个重要改进是支持不同长度的读长。
多线程开发中遇到问题
1.最近开发项目: 大体框架如下:     1. 主线程接收命令, 放进队列 1 中. (命令分 2 种: 本地执行命令;   网路传输命令)   2. 处理线程: 从队列 1 中取出依次取出命令进行处理;        分两种情况: 1. 取到本地命令, 直接执行, 并立即将结果放入队列 2 中, 使用信号量 通知主线程 接收处理结果;              2. 网络传输命令, 本地立即组
在学习数据库时遇到问题以及解决方案集合 —— 学习数据库(二)
1. ERROR 1366 (HY000): Incorrect string value: '\xB4\xE7\xB1\xCA\xBC\xC7...' for co lumn 'goods_name' at row 1        注:my.ini的编码为utf8     解决方案:这是和编码有关系的<em>问题</em>,可能是你的客户端可能是支持GBK编码,将其设为GBK编码,代码:SET NAMES...
数据库创建索引的注意事项
出于对作者的尊重和感谢,原文地址为 http://www.studyofnet.com/news/449.html <em>索引</em>可以提高数据的访问速度,但同时也增加了插入、更新和删除操作的处理时间。所以是否要为表增加<em>索引</em>、<em>索引</em><em>建立</em>在那些字段上,是创建<em>索引</em>前必须要考虑的<em>问题</em>。解决此<em>问题</em>就是分析应用程序的业务处理、数据使用,为经常被用作查询条件、或者被要求排序的字段<em>建立</em><em>索引</em>。 <em>索引</em>是<em>建立</em>在数据库表
建立四叉树"的一种方法">Python实现"建立四叉树"的一种方法
我们想要使用一棵四叉树来储存一个 N x N的布尔值网络。网络中每一格的值只会是真或假。树的根结点代表整个网络。对于每个结点, 它将被分等成四个孩子结点直到这个区域内的值都是相同的. 每个结点还有另外两个布尔变量: isLeaf和val。isLeaf当这个节点是一个叶子结点时为真。val 变量储存叶子结点所代表的区域的值。 你的任务是使用一个四叉树表示给定的网络。下面的例子将有助于你理解这个<em>问题</em>:...
关于php中实训开发项目(学生成绩记录)遇到问题
1. 数据库处理中的<em>遇到</em>bug        之前在设计数据库时  不注意  内存的使用,和 一些必要的的check约束  数据库中  关于 学生年龄 和 学生性别的设计         a.关于年龄的<em>问题</em>   我之前的存储时 设计的是 tinyint 整型,学生当前的年龄.了解后存的是: date 日期,出生日期;    原因 : 学生的年龄 是随着时间的改变. 数据不能存死;         ...
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组   数据: 人全基因组(100多G,两个gz文件,已去接头,pe测序,90读长) 方法:call_snp_by_soapsnp 每步估计需要投多大(仅作参考): Bwa(13G): 从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam 注:在生成完sam之后检查有没有报错,没有就可以把.sai删掉。 Get_uni
玩转Linux:学习Linux过程中遇到的各种问题和小技巧(每天更新)
目录: 0.常用指令(最常更新) 1.虚拟机无法联网 2.vim打开多个文件同时编辑 3.vim编辑模式下如何复制粘贴代码 3.1复制到光标位置 3.2将若干行复制到指定行(我喜欢的这个方式) 4.vim编辑模式下如何选中多行 5.vi/vim键盘图 6.Linux如何安装并且使用中文输入法 7.Linux时间操作 7.1设置Linux系统的时间 7.2查看当前天是今年的第几天 8....
elasticsearch学习过程中遇到问题以及处理方式(持续更新...)
1,运行如下聚合函数时报错: illegal_argument_exception GET /megacorp/employee/_search { "aggs": { "all_interests": { "terms": { "field": "interests" } } } }<em>问题</em>出在5.x版本后对排序、聚合等操作为单独的数据结构缓存到内存里了,
[知了堂学习笔记] SSM框架项目中遇到问题及解决办法_01
多参数传递<em>问题</em> 功能描述:需要得到页面的参数传入数据库,进行多条件查找 解决办法:在dao层对应的接口方法的参数前加上@Param(“XXX”) 前台界面传参至后台的<em>问题</em> 报错:At least one JAR was scanned for TLDs yet contained no TLDs. Enable debug logging for this logger
深度学习模型构建面临的问题及“吴恩达”的建议
关于模型搭建 在一开始,尽量不要将<em>问题</em>复杂化(不要提前优化),先快速实现一个简单算法,然后通过交叉验证集评估模型。这就好比在软件工程中,不会做提前优化,而是先迭代功能。 通过绘制学习曲线(learning curve),确定面临的<em>问题</em>是高偏差还是高方差,来决定是添加更多训练样本,还是添加更多特征。 甚至可以手动检查交叉验证集中误差较大的样本,确定错误的来源和解决策略。 关于准确率与召回...
最近做网页前端项目时遇到的一些问题以及解决方案
这几天和同学一起接了老师布置的两个网页项目,虽然只做前端静态页面,但是真正实践的时候我发现有些东西还是要用一用,出点错才能记得解决方案。第一个:设置宽屏效果 当我们需要顶部的banner横向充满整个屏幕以显示宽屏效果时 我们会把这个banner的width设置为100%, 于是<em>问题</em>出现了,我们发现边上会有一些边距,想这样 出现这种<em>问题</em>我们需要在CSS的body中设置两个属性: m
Oracle 查询当前用户下所有索引(Index)并拼接创建脚本
 Oracle 查询当前用户下所有<em>索引</em>(Index,PK)并拼接创建脚本【不包含FUNCTION-BASED基于函数的<em>索引</em>】 SELECT T.TABLE_NAME, --表名 T.INDEX_NAME, --<em>索引</em>名 I.UNIQUENESS, --是否非空 I.INDEX_TYPE, --<em>索引</em>类型 C.CONSTRAINT_TYPE, ...
java学习手册
一年来所<em>遇到</em>的<em>问题</em>总结,该文档总结了ssi框架所<em>遇到</em>的<em>问题</em>,jsp<em>问题</em>,html<em>问题</em>,css<em>问题</em>。
学习java所遇到问题与解决方案记录
1.maven。    https://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/3498271.html
ArcGIS Engine 创建索引(属性索引)——提高查询效率
众所周知,<em>建立</em><em>索引</em>可以提高查询的效率,当对FeatureClass中的某一列频繁的查找,且数据量比较大时,<em>建立</em><em>索引</em>是非常有必要的。       这里介绍一下,用 ArcGIS Engine 来<em>建立</em>一个属性<em>索引</em>。       IIndex pIndex = new IndexClass(); IIndexEdit pIndexEdit
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