用bwa建立索引所遇到的问题 [问题点数:0分]

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sam to bam文件出错
开始学习生物信息分析,在ubuntu上运行了samtools view,结果显示错误,如下: # samtools view -@ 60 -bS *.sam > ra24p.bam [samopen] no @SQ lines in the header. 尝试改变参数也不行 就查看了sam文件 #head -10 ra24p.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_
正则匹配alt的问题!!!!!!!!!!1
谁帮我把下面这个匹配的东西,改为alt=xxx时也能匹配到alt啊 string altValue = "alt的值"; protected void Page_Load(object sender,
基因数据处理114之BWA建立全基因组索引成功
运行记录 hadoop@Mcnode5:~/disk2/home/hadoop/xubo/ref/buildIndex$ <em>bwa</em> index GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 33.14 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequ...
BWA使用
全称:Burrows-Wheeler Aligner 参考: https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/ 官方文档: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...
BWA使用说明
BWA使用说明
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在小数据集上的试验
试验数据 chr14_1.fastq chr14_2.fastq (1.47G each one .gz) chr14.fasta (28M .gz) chr14.fastq文件可以在GAGE下载 chr14.fasta文件可以在UCSC下载 软件的版本: <em>bwa</em>-0.7.17 gatk-4.0.2.1 samtools-1.5 试验过程 1.生成<em>索引</em>文件 <em>bwa</em> i...
基因数据处理67之bwa建立索引时间
两次,GRCH38 的1号染色体hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-<em>bwa</em>mem/<em>bwa</em>index$ <em>bwa</em> index GRCH38chr1L3556522.fasta [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 2.50 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequen
基因数据处理22之对GRCH38全基因建立BWA索引
环境: ubuntu 14.04 内存 6G <em>bwa</em> 0.7.12 结论: <em>建立</em><em>索引</em>大概4500秒左右 节点2运行: hadoop@Mcnode2:~/cloud/adam/xubo/data/test20160422$ cp ../test20160310/GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_an
0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引
在临床数据分析时,使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19,hg39版本,且常常将除1-22,X,Y,M,以外的染色体去除,避免数据的干扰。 hg19<em>索引</em>构建 进入UCSC的官网,hg19的ftp网址 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ 参考基因组版本说明,与NCBI的对应版本 This directory con...
基因数据处理4之BWA索引内存不够
基因数据处理4之BWA<em>索引</em>内存不够 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/Ref/RefFromBwaGit$ <em>bwa</em> index GRCH38.fa [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 37.70 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequence..
基因数据处理100之bwamem算法处理100万条paired-reads数据GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired12
运行记录:hadoop@Master:~/xubo/ref/GRCH38L1Index/pe$ <em>bwa</em> mem ../GRCH38chr1L3556522.fasta GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired1.fastq GRCH38chr1L3556522N1000000L100paired2.fastq >GRCH38chr1L3556522N1000000L1
有关owasp bwa学习,求好心人帮助
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基因数据处理20之BWASW算法ref分块建立索引然后比对
SRR003161h20.fastq 三次测试: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub$ <em>bwa</em> <em>bwa</em>sw GRCH38chr1L3556522.fna SRR003161h20.fastq >SRR003161h20BWASWchr1.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
GATK相关的术语整理
刚刚接触GATK有很多不了解的术语,这里做一下笔记,方便之后的继续学习:1:GATK全称为:Genome Analysis Toolkit;官网链接为: https://software.broadinstitute.org/gatk/;它是一个应用于前沿科学研究的软件,在不断地进行更新和修正,目前的版本是4.0,在使用时,最好登录官网,查看可供下载的最新版本,采用最新版本来进行相关研究;GATK...
BWA MEM比对人类参考基因组详解
在获得下机数据后,做的第一步是质控。质控工具有很多,这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。         BWA是一款基于BWT的快速比对工具,其由三个算法组成。这三个算法分别是:BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中,BWA MEM是最新的,其更快更准确,更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法,首先需要使用索
BWA 及 Bowtie 配置及简单使用
BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-<em>bwa</em>/files/<em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj <em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ cd <em>bwa</em>-0.7.17 $ make $./<em>bwa</em>BWA简单比对# <em>建立</em><em>索引</em> $ <em>bwa</em> index ref.fa # aln 算法 # <em>建立</em> .sai 文件 $ ...
whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
test datareference data: hg19<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar
bwa软件的使用
<em>bwa</em>软件的使用 下载地址http://bio-<em>bwa</em>.sourceforge.net/<em>bwa</em>.shtml 第一步: <em>建立</em> Index 根据reference genome data(e.g. reference.fa) <em>建立</em> Index File [root@localhost ]# <em>bwa</em> index -a bwtsw human_hg18_ref.fa(human参考基因组18)
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在大数据集上的试验
试验数据 fasta:hg38.fa文件可以在UCSC下载 (hg38.fa.gz 938M) fastq非公开文件 KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_1.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_2.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHC...
BWA-MEM算法结构分析
一、BWA-MEM函数框架   1 读入 bwt、options、reads; 2 利用mem_chain生成chain; 3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain; 4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。 1.第一步:数据输入 加载已经生成的bwt表。接口的参数文件名为:xx.fasta;实际中包含具有以下几个后缀名的文件.amb,.ann,.bw...
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自:http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网: https://ccb.jhu.edu/software/
bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个<em>问题</em>又会被分成两个<em>问题</em>,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序,那map工作就会在
栈创建过程中遇到问题_主要还是传参的问题
ifndef STACK_H define STACK_H define stack_size 10 include”stdio.h” struct ListNode { int date[stack_size]; int top; }; typedef struct ListNode node; void init(node *s); void ...
基因数据处理14之BWA三种方式bwa、BWA_SW、BWA_MEM使用
1.构建<em>索引</em>: <em>bwa</em> index ref.fa 或者从ftp下载,请参考【1】 2.BWA: <em>bwa</em>.sh为脚本文件 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/<em>bwa</em>3sh$ cat <em>bwa</em>.sh #!/bin/bash <em>bwa</em> aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.
个人基因组比对及其变异分析
这里用到生物学软件有 1.<em>bwa</em>(主要用途1.<em>建立</em>参考基因组<em>索引</em>文件的。2.进行比对)类似的<em>建立</em><em>索引</em>的软件有bowtie,hisat 一、基因组下载 下载参考基因组hg19,所在的网站如下: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz 下载至~/reference/genome
12月15日做图书管理系统所遇到问题
做图书管理系统所<em>遇到</em>的<em>问题</em>
菜鸟自学02:下载参考基因组及构建bowtie2索引
菜鸟自学02:构建bowtie2<em>索引</em> 对于生信小白我而言,摆在我面前的主要有两个<em>问题</em>:bowtie2是干嘛的软件?怎么构建bowtie2<em>索引</em>? <em>问题</em>1:bowtie2是干嘛的软件? bowtie的本义是“领结”,一通搜索可以快速知道,bowtie在生信里是一个短序列比对工具,这样的工具还有fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。bowtie有其他类似工具所不具备的优点...
基因数据处理101之SparkBWA本地运行配置和实例
1.修改Makefile.common:将LIBBWA_LIBS = -lrt 改为LIBBWA_LIBS = -lrt -lz不然会报错误【5】2.make之后修改java.library.path步骤:vi /etc/profile 加入export LD_LIBRARY_PATH=/home/hadoop/xubo/tools/SparkBWA/build:$LD_LIBRARY_PATH
索引扫描测试数据
<em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>; <em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>
solr增量索引问题
关于solr增量<em>索引</em><em>问题</em>在网上会搜索到一堆文章。我这里只对我做项目时<em>遇到</em>的<em>问题</em>问进行一个描述和解疑:         我所做项目的数据库是千万级以上的数据量。所以全量<em>索引</em>就不太现实了,但在进行增量<em>索引</em>配置时总是出现  id 无法解析等<em>问题</em>。后来查阅资料才了解到配置文件的信息不正确。如下图: 在data-config.xml文件中红色方框的字段名称要一致,之前我由于配置的并不一样,所
创建数据库出现的问题
软件: MySQL5.5 command Line Client(该软件不区分大小写)<em>遇到</em>的<em>问题</em>1----不会删除刚创建的数据库登录MySQL后,输入密码登录后的界面先查看已有的数据库(show databases;)----创建一个数据库(create database STUDENT;)----再次查看数据库(show databases;)----删除刚创建的数据库(drop databas...
android开发环境搭建中容易遇到问题和疑惑
1.JDK是向下兼容的,JDK安装高版本,eclipse、ADT、SDK安装低本版本是可以的。 2.eclipse的版本与ADT、SDK的版本必须是匹配的。无论是低版本的eclipse安装高版本的ADT还是,高版本的eclipse安装低版本的ADT,在安装过程中都会出现conflict而导致不能安装,即使安装过程能够顺利通过,也属于安装不成功,因为在打开eclipse后,eclipse界面当中没
BWA软件安装和使用
BWA软件安装和使用: 1.安装请参考【1】 2.使用: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ <em>bwa</em> aln ../../dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fasta DRR047093.fastq >RAL357_1.sai [b
基因数据处理19之BWA匹配算法串产生、匹配、评价等整体流程
环境: ubunut BWA samtools wgsim <em>bwa</em>.kit工具 1.数据下载:需要在<em>bwa</em>.kit下 <em>bwa</em>.kit/run-gen-ref hs38DH 2.串产生: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/hs38DH$ wgsim -N 1000 -1 10 hs38DH.fa hs38DHSE1N10000L
建立并遍历二叉树时遇到问题(整理java版)
<em>问题</em>:开始Node root = null; 将root传入createBiTree(Node node)后,root的地址并没有改变; 代码环境:这里用递归的方式<em>建立</em>,并用前序方式遍历; 原因:由于在进入createBiTree(Nodenode)调用栈之前,没有给root申请地址,而是在调用栈中申请,所以root仍是空的; 解决方案: 改变传入root对象引用的方式,在createB...
遇到的一些前端JQuery问题汇总
$("getBrokenRodNO").unbind("click").click(function(){...});试试这样,也可以的应该,刚刚也<em>遇到</em>了这个<em>问题</em>,用这种方式解决了。这个<em>问题</em>难倒是jquery的bug吗,网上找了很多也没找到相应的解释。 真实原因:引用了两次js文件的原因
比对软件hisat2的使用
下载地址:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml官方手册:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#usage基因组比对软件常用<em>bwa</em>,转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等,其中有参考基因组的常用hisat2,没有参考基因组的常用bowtie2。下面我们来介绍一下hisat2...
bwa 参数中文解析
名称         <em>bwa</em> –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s...
Android开发过程遇到问题积累
在安卓开发过程中,难免会<em>遇到</em>一系列蛋疼的<em>问题</em>,解决姿势基本都是谷歌、百度,但是时间久了还是会忘记,所以有必要做一下总结,下次<em>遇到</em>可以方便快速的查看并解决。 Gradle配置 http://wuxiaolong.me/categories/Gradle/ AndroidStudio统一版本<em>问题</em> 在开发的过程中,难免会在项目中依赖一些第三方的或者自己封装...
开发中遇到问题
01 在给JPanel添加KeyListener时,发现没有效果。  经过调查发现,swing里的KeyListener必须要添加在顶级容器里,即JFrame。且JFrame要setFocusable(true),之后就能接受KeyEvent了 02 在遍历链表时,注意循环的逻辑 for(Node n = head; n.next != null; n = n.next) {
BWA比对软件的使用方法和步骤
<em>bwa</em>的使用需要两中输入文件:     Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)     Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: <em>建立</em> Index 根据reference genome data(e.g. reference.fa) <em>建立</em> Index File     b
C语言创建二叉树过程中遇到的一些问题
其实这些<em>问题</em>以前也<em>遇到</em>过,不过没总结,<em>遇到</em>又要搞段时间,现在总结下。 比如我们要创建颗如下二叉树,按前序输入,则为AB#D##C##: 开始代码写成下面这样: #define TElemType char typedef struct BiTNode { TElemType data; struct BiTNode *lchild,*rchild; }BiTNode,*BiTre
【一起学生信】 bwa -M 参数解读
<em>bwa</em> mem 比对时,会有一个 -M 参数,<em>bwa</em>官方给出的解释是 mark shorter split hits as secondary。 -M 参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。 不加 -M 如果加入 -M 参数,这种情况bam中的 flag= 2048 ( supplementary alignment ) # 必须做好hg19的index <em>bwa</em>
重装系统常遇到问题集中处理
今天重装系统, 本来重装系统是经常的事情,一向来都认为,没有什么可以交代的,只要按照约定的进入系统,就可以重装系统,很简单不过了, 好像也听过就是有时候需要设置启动项的几个点, 今天就<em>遇到</em>了,不过知道了也就都简单了,不是吗? 第一: 点击Del键,进入bios设置,里面有个高级设置,高级设置下面有个SATA的,就是在南桥和北桥之间的那个。点击进入有两个, 其中一个是SATA的,这个SA
图书管理系统 出现的问题
1 在主界面上侧单击右键  会弹出  右键菜单 但是在主界面中间 单击右键 没有反应   2 查找的时候      JButton button_ok = new JButton("确定",new ImageIcon("ok.png"));    southPanel.add(button_ok);    button_ok.addActionListener(new ActionListen
关于二叉树创建时遇到问题的解决
之前在创建二叉树时,<em>遇到</em>了一些<em>问题</em>,因为这个忽视的<em>问题</em>而导致在写计算二叉树的叶子数时出现死循环,今天在老师的帮助下找到了<em>问题</em>所在: 之前的创建二叉树的代码为: int CreateBiTree(BiTree *T) { char ch; printf("\n\t\t\t\t\t ch:"); fflush(stdin); scanf("%c",&ch);
数据库使用过程中遇到问题
最近在学习的时候,用到了数据库,在打开数据库的时候,结果数据库打不开了,本着<em>遇到</em><em>问题</em>解决<em>问题</em>的态度,成功解决了,开心。下面就来看看小编都<em>遇到</em>什么<em>问题</em>了吧。
Java Web开发环境搭建过程中遇到的若干问题
1、eclipse启动报错,提示An error has occurred.See the logfile解决 我的是JDK安装配置的<em>问题</em>,原来安装的是jdk 9.0.2,安装目录里少了一些文件,后面改为jdk 8.151,重新配置安装就ok了。 2、eclipse->Window->preferences下没有tomcat选项 (1)这个<em>问题</em>是tomcat插件未安装,到如下地址进行插件下载
基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理(成功)
基因数据处理7之BWA_MEM小数据集处理 环境:ubuntu14.04 6G内存 参考基因:GRCH38 来源请参考【1】 fastq数据:SRR003161.fastq 的头20行,即5条reads 操作记录: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -20 >S
二叉树的遍历以及遇到的一些问题
今天在学习二叉树的遍历,
Oracle 查询当前用户下所有索引(Index)并拼接创建脚本
 Oracle 查询当前用户下所有<em>索引</em>(Index,PK)并拼接创建脚本【不包含FUNCTION-BASED基于函数的<em>索引</em>】 SELECT T.TABLE_NAME, --表名 T.INDEX_NAME, --<em>索引</em>名 I.UNIQUENESS, --是否非空 I.INDEX_TYPE, --<em>索引</em>类型 C.CONSTRAINT_TYPE, ...
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比
bwa核心算法
<em>bwa</em>核心算法,基本设计思想。
Oracle --视图,索引
一.what(什么是视图?) 1.视图是一种数据库对象,是从一个或者多个数据表或视图中导出的虚表,视图所对应的数据并不真正地存储在视图中, 而是存储在所引用的数据表中,视图的结构和数据是对数据表进行查询的结果。 2.根据创建视图时给定的条件,视图可以是一个数据表的一部分,也可以是多个基表的联合, 它存储了要执行检索的查询语句的定义,以便在引用该视图时使用。 二.why(为什么要用...
lunece建立索引遇到问题
  最近对lucene的检索进行了肤浅的学习  先是把论坛里大部分的lucene的帖子看了下  大致了解了下lucene   决定学习  在自己测试的时候  发现在对大表的创建<em>索引</em>时耗费的时间实在太长 想通过多线程来解决 对一个表的总记录数来决定创建几个线程来创建<em>索引</em>, 结果是报错:  D:\lucene\index\_a.fnm (系统找不到指定的文件。) Lock obtain timed o...
渗透测试演练工具(VM)OWASPBWA1.0 RC2
OWASP Broken Web Applications Project是OWASP出品的一款基于虚拟机的渗透测试演练工具(VM),由于包含了诸多供测试的安全弱点,所以强烈建议在host only或NAT的虚拟机网络模式下使用。   OWASPBWA 1.0rc2版本主要更新: 增加了新的应用: wavsep (http://code.google.com/p/wavsep/) 升级了W...
在创建顺序表的时候出现的问题
调试的才能发现<em>问题</em>出现在哪里 #include #include "Orderfist.h" status InsertList_Sq( SqList L[] ) /* 在链表插入一个元素 */ { INT32 i32OSM = 1; UINT32 Insert_position = 0U, Insert_data = 0U, u32i = 0U, u32j =0U; /*
SQLServer视图:视图简介
先举一个例子,在Northwind数据库中,如果要查看一个订单是由哪个雇员签订的,签订的时间是什么时候,买了什么产品,价格是多少,由谁来送货,送货的地址是什么等内容,那么就要从产品、订单、订单明细、雇员和运货商五个表中查询记录,其查询代码如下:SELECT 订单.订单ID, 雇员.姓氏, 雇员.名字, 产品.产品名称,          订单明细.单价, 订单明细.数量, 订单明细.折扣,
多线程开发中遇到问题
1.最近开发项目: 大体框架如下:     1. 主线程接收命令, 放进队列 1 中. (命令分 2 种: 本地执行命令;   网路传输命令)   2. 处理线程: 从队列 1 中取出依次取出命令进行处理;        分两种情况: 1. 取到本地命令, 直接执行, 并立即将结果放入队列 2 中, 使用信号量 通知主线程 接收处理结果;              2. 网络传输命令, 本地立即组
数据结构:C++链表类及一元多项式的实现时遇到的困难
书上要求一个链表类,一个结点类,不会写。 在别人的博客上看到有四种方式: 复合类:在Node类中定义友元的方式,使List类可以访问结点的私有成员。 嵌套类:在List内部定义Node类,但是Node的数据成员放在public部分,使List和Node均可以直接访问Node的成员。 继承:在Node类中吧成员定义为protected,然后让List继承Node类。 直接用st
生信软件 | bowtie2(测序序列与参考序列比对)
1. 介绍 2. 安装 2.1下载 2.2 解压 2.3 设置环境变量 3. 使用 3.1 命令 3.1.1 必需参数 3.1.2 可选参数(常用) 3.2 构建<em>索引</em> 3.2.1 官方<em>索引</em> 3.2.2 自建<em>索引</em> 3.3 例子 3.3.1 例子:M. musculus, UCSC mm10 1. 介绍 Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。适...
写数据结构代码遇到的一些小问题(更新中)
1.for(int i = 0, i 原因:c99中是不能在for语句中声明的,codeblocks严格按照C99标准,这种语法在codeblocks中用C++写才不会出现错误。 2.如果定义了模板,需要在每个函数前都加template ,不能只写一次,否则会报错说DataType不能作为返回值之类的。
基因数据处理93之sparkBWA安装和使用
1.安装 git clone https://github.com/citiususc/SparkBWA.git cd SparkBWA make 2.使用: 报错:没有成功 hadoop@Master:~/xubo/project/alignment/sparkBWA$ ./run.sh Error: Must specify a primary resource (JAR or P
基因数据处理7之BWA_MEM运行太长
基因数据处理6之BWA_MEM运行太长 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ <em>bwa</em> mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161.fastq >SRR003161b.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load
mysql创建索引遇到问题
如果引用的主键<em>索引</em>是由多个字段组成的,那么在创建外建的时候,必须与所有的主键字段对应 删除外键<em>索引</em>: ALTER TABLE m_entrence(业务入口) DROP FOREIGN KEY FK1_m_entrence(业务入口)...
android 开发百度地图遇到问题
最近在写百度地图的android应用,光是环境配置就废了好几天,作为一个android小白,看到别人很快就实现了这些 功能,心里产生了怀疑,认为自己不适合编程这个职业,在这里,我想对自己说,同样也是对和我一样深受此<em>问题</em>的童鞋说一声,虽然会<em>遇到</em>这种那种想不到的<em>问题</em>,但记住要忌浮躁,静下心来当你实现了你想要的,受了多少苦就会有多大的成就感。 言归正传,在配置百度地图api时,以及实现hello ba
学习vue.js中遇到的一些问题
  最近正在学习vue.js,大致看完了基础和组件部分,想自己折腾仿一个购物车页面,在给购物车商品写一个button实现增减商品的时候发现用&amp;lt;button&amp;gt;标签结合vue用的时候发现每点一次页面就会刷新一次,根本无法结合vue获得响应式效果,原按钮代码如下: &amp;lt;form id=&quot;counter&quot;&amp;gt; &amp;lt;table&amp;gt; &amp;lt;tr&amp;gt; ...
学习线性表的数据存储结构时所遇到问题
1.顺序存储结构的定义: 线性表的数据存储结构,指的是用一段地址连续的数据存储单元依次存储线性表的数据元素。 2.描述顺序存储结构需要的要点: 存储空间的起始位置; 线性表的最大存储量; 线性表的当前长度; 3.插入元素时要进行的操作: 插入位置不正确,存储异常; 线性表长度过短,需要增加容量; 从最后元素开始一直到插入的位置,分别向后移动一位; 将插入位置插入到i处; 表长
【编译原理】编译原理课程设计中遇到问题及解决
本来自己平时做题也大多是用.cpp的c风格写程序,自我感觉c语言的那些语法用法都已经很熟了,写编译的过程中,也<em>遇到</em>写新的小<em>问题</em>,说明自己还是对c了解的不够深入。 1.switch...case...语句中,如果在某一个case下面存在变量定义语句,则会隔断switch..case体,所以如果要在某case里面定义变量,必须用{} switch ch { case 'a': char ci
关于php中实训开发项目(学生成绩记录)遇到问题
1. 数据库处理中的<em>遇到</em>bug        之前在设计数据库时  不注意  内存的使用,和 一些必要的的check约束  数据库中  关于 学生年龄 和 学生性别的设计         a.关于年龄的<em>问题</em>   我之前的存储时 设计的是 tinyint 整型,学生当前的年龄.了解后存的是: date 日期,出生日期;    原因 : 学生的年龄 是随着时间的改变. 数据不能存死;         ...
玩转Linux:学习Linux过程中遇到的各种问题和小技巧(每天更新)
目录: 0.常用指令(最常更新) 1.虚拟机无法联网 2.vim打开多个文件同时编辑 3.vim编辑模式下如何复制粘贴代码 3.1复制到光标位置 3.2将若干行复制到指定行(我喜欢的这个方式) 4.vim编辑模式下如何选中多行 5.vi/vim键盘图 6.Linux如何安装并且使用中文输入法 7.Linux时间操作 7.1设置Linux系统的时间 7.2查看当前天是今年的第几天 8....
Struts2框架搭建及常见配置问题
**在构建struts2框架时候写了一个简单的demo,测试下是否构建成功。 后来出现了如下错误:** Struts Problem Report Struts has detected an unhandled exception: Messages: •There is no Action mapped for namespace [/] and action nam
bwa基因比对程序
<em>bwa</em>算法,经过<em>bwa</em>算法执行后会得到sam文件,sam文件用于之后的gatk工作
java学习手册
一年来所<em>遇到</em>的<em>问题</em>总结,该文档总结了ssi框架所<em>遇到</em>的<em>问题</em>,jsp<em>问题</em>,html<em>问题</em>,css<em>问题</em>。
建立struts2项目的时候 遇到问题总结
1.<em>问题</em>一:搭建struts2遇见<em>问题</em> 需要导入的jar包如下   webxml文件配置如下: &amp;lt;?xml version=&quot;1.0&quot; encoding=&quot;UTF-8&quot;?&amp;gt; &amp;lt;web-app xmlns:xsi=&quot;http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance&quot; xmlns=&quot;http://xmlns.jcp.org/xml/ns...
数据库为什么要建立索引
一:什么是<em>索引</em>?<em>索引</em>(Index)是帮助MySQL高效获取数据的数据结构。二:为什么要<em>建立</em><em>索引</em>?一个没有<em>索引</em>的数据库表就相当于一本没有<em>索引</em>的新华字段,当你想找出其中一个汉字的时候,无异于寻找MH370碎片啊。我们为指定的字段创建<em>索引</em>之后,当我们根据条件查找数据的时候,数据库引擎就可以利用查找算法(二分查找法)很高效的查出来。三:选择什么字段<em>建立</em><em>索引</em><em>索引</em>也是要占用存储空间的,<em>建立</em><em>索引</em>的时候也是有一定...
欧拉算法代码
程序算法,用欧拉算法求解常微分方程<em>问题</em>,便于解决和理解所<em>遇到</em>的<em>问题</em>
什么时候应该用索引
什么时候使用聚集<em>索引</em>,非聚集<em>索引</em>,什么时候不使用<em>索引</em> |动作描述| 聚集<em>索引</em>| 非聚集<em>索引</em> | |–|--|–| |列经常被分组排序 |√ |√ | |返回某范围内的数据|√|×| |一个或极少不同的值|×|×| | 小数目不同的值|√ |×| | 大数目不同的值|× |√ | | 频繁更新的列| ×| √| | 外键列|√ |√ | | 主键列|√ |√ | | 频繁修改<em>索引</em>列|×|√ ...
数据结构-单链表排序遇到的一个问题
在实现单链表功能的时候<em>遇到</em>的一个<em>问题</em>,mark下。 吃一堑长一智! 先看代码。 LinkList SelectSort(LinkList L) { LinkList first; /*排列后有序链的表头指针*/ LinkList tail; /*排列后有序链的表尾指针*/ LinkList p_min; /*保留键值更小的节点的前
用Simulink进行仿真遇到的一些问题以及相应的解决方法整理
用Simulink进行仿真<em>遇到</em>的一些<em>问题</em>以及相应的解决方法整理1、 如何对用户自定义的变量进行批量处理 在Simulink中进行仿真的时候,我们总是不可避免的需要自定义许多变量,比如很多变量前面的系数。在仿真的时候,我们需要对同一个系数在不同数值下进行仿真实验,而且有的时候同一个系数可能会在多个m文件中使用。这个时候如果直接在m文件中进行更改,就会显得比较麻烦。此时我们可以在S函数模块的属性对话
项目测试时遇到问题——关于mybatis
&amp;quot;exception&amp;quot;: &amp;quot;org.apache.ibatis.builder.IncompleteElementException&amp;quot;, 发起请求后出现这个返回信息。 并且异常信息如下: 2018-07-06 10:57:36.290 [http-nio-8445-exec-4] ERROR o.a.c.c.C.[.[localhost].[/].[dispatcherServlet] -...
编写c语言程序遇到一些问题
1.读取文件路径时,是双斜杠,如果是单斜杠,会出现找不到目标文件的情况 fid = fopen(&quot;E:\\my_c\\cloud_detection\\cloud_detection\\cloud\\gray_13.txt&quot;, &quot;rb&quot;); 2.数组使用前要进行内存分配和初始化,一定要初始化,不然有可能出现读取位置XXX时发生访问冲突的<em>问题</em> labelmap = (int *)mall...
bwa-mem中的ksw算法到底是怎么回事儿?
ksw算法简介 研究了这么久<em>bwa</em>-mem算法,也不知一次啃了ksw这块硬骨头,之前没有好好总结,今天来重点研究一下它。 主要研究的对象是ksw_extend2函数,它是一个单线程、非完全匹配的sequence alignment算法,该算法基于动态规划的逻辑,进行数据匹配,由于数据间存在大量相关性,所以不方便并行实现,串行实现有十分耗时,我们的工作就是,把这一块从原工程中拎出来,并改写成GPU加...
索引擎如何实现对页面的索引与排名
关于搜<em>索引</em>擎对页面<em>索引</em>和排名之间的关系。我们应该知道我们在做网站的时候,很多时候需要分一些板块,这点是根据搜<em>索引</em>擎的搜索原理来进行的。   关于主题<em>索引</em>词的板块集合的概念?    搜索针对页面<em>建立</em><em>索引</em>,同样也会针对板块的,也就是正排ID的<em>建立</em>,同样具有板块的概念。板块的相关概念,有时候严重的影响着优化最主要是板块的构建,良好的板块的构建,使得板块的构建游刃有余,吻合和诱导搜索按照咱们
着手实验所碰到的Matlab问题
怎样在MAtlab中按照某种指定顺序将数据重新随机排列?
详细版hadoop平台搭建常见问题总结(一)
最近在带团队搞hadoop这个东西,首先自然要从搭建平台开始,说实话当初自己搞得时候光光这个平台就搞了半天,也确实是个麻烦的事情,从刚开始的只会按照教程搭建到现在的已经可以熟练的搭建一个平台,说实话,没有把这玩意搭个十几二十遍,没有把其中的每一个步骤都搞清楚,没有深入研究过hadoop的运行机制,还真玩不转。中间团队搭建的时候真的是各种搭建各种<em>问题</em>,下面就先总结以下部分。 一.首先搭建had...
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