用bwa建立索引所遇到的问题 [问题点数:0分]

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BWA使用说明
BWA使用说明
BWA 及 Bowtie 配置及简单使用
BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-<em>bwa</em>/files/<em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj <em>bwa</em>-0.7.17.tar.bz2 $ cd <em>bwa</em>-0.7.17 $ make $./<em>bwa</em>BWA简单比对# <em>建立</em><em>索引</em> $ <em>bwa</em> index ref.fa # aln 算法 # <em>建立</em> .sai 文件 $ ...
基因数据处理4之BWA索引内存不够
基因数据处理4之BWA<em>索引</em>内存不够 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/Ref/RefFromBwaGit$ <em>bwa</em> index GRCH38.fa [<em>bwa</em>_index] Pack FASTA... 37.70 sec [<em>bwa</em>_index] Construct BWT for the packed sequence..
BWA比对软件的使用方法和步骤
<em>bwa</em>的使用需要两中输入文件:     Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)     Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: <em>建立</em> Index 根据reference genome data(e.g. reference.fa) <em>建立</em> Index File     b
0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引
在临床数据分析时,使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19,hg39版本,且常常将除1-22,X,Y,M,以外的染色体去除,避免数据的干扰。 hg19<em>索引</em>构建 进入UCSC的官网,hg19的ftp网址 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/ 参考基因组版本说明,与NCBI的对应版本 This directory con...
BWA MEM比对人类参考基因组详解
在获得下机数据后,做的第一步是质控。质控工具有很多,这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。         BWA是一款基于BWT的快速比对工具,其由三个算法组成。这三个算法分别是:BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中,BWA MEM是最新的,其更快更准确,更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法,首先需要使用索
whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
test datareference data: hg19<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar
建立索引文件(2)
Segment文件: 在随笔“Lucene:(一)<em>建立</em><em>索引</em>文件:2。<em>建立</em><em>索引</em>文件(一)”中提到,写<em>索引</em>文件从IndexWriter类开始;而IndexWriter类写<em>索引</em>可以看成两个方面,其中之一为IndexWriter使用SegmentInfos类写segment文件。 Segment文件实际可以看成<em>索引</em>的概述文件,包括了所有用于<em>建立</em><em>索引</em>的文件的概述信息。Segment类,即Segment文件中...
BWA使用
全称:Burrows-Wheeler Aligner 参考: https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/ 官方文档: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在大数据集上的试验
试验数据 fasta:hg38.fa文件可以在UCSC下载 (hg38.fa.gz 938M) fastq非公开文件 KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_1.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHCCXY_L7_2.fq 35G KY18011403DNA_DHG18153-V_AHHVVHC...
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在小数据集上的试验
试验数据 chr14_1.fastq chr14_2.fastq (1.47G each one .gz) chr14.fasta (28M .gz) chr14.fastq文件可以在GAGE下载 chr14.fasta文件可以在UCSC下载 软件的版本: <em>bwa</em>-0.7.17 gatk-4.0.2.1 samtools-1.5 试验过程 1.生成<em>索引</em>文件 <em>bwa</em> i...
基因数据处理24之BWASW算法ref分块建立索引然后比对(ref切分为四段,read为25000条,4线程)
比默认的要块1倍左右 1 [M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [bsw2_aln] read 25000 sequences/pairs (14470082 bp) ... [main] Version: 0.7.13-r1126 [main] CMD: <em>bwa</em> <em>bwa</em>sw -t 4 GRCH38chr1L3556522.fna SRR0
bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
一、转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个<em>问题</em>又会被分成两个<em>问题</em>,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序,那map工作就会在
聊天功能开发中所遇到问题
一直以来我认为Websocket就是长连接。长连接就是客户端和服务器一直保持连接,并且两者都可以主动发消息给另一方 基于现在的理解列出上面这句话中错误的知识点: websocket和长连接是两个不同的概念 主动发消息的功能不是长连接的特点 加粗部分对长连接这个概念的描述不够透彻,太过片面,不算错误(后面会讲到) 概念混淆(长连接,Websocket...
比对软件hisat2的使用
下载地址:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml官方手册:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#usage基因组比对软件常用<em>bwa</em>,转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等,其中有参考基因组的常用hisat2,没有参考基因组的常用bowtie2。下面我们来介绍一下hisat2...
bwa mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一
解决[M::<em>bwa</em>_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs的<em>问题</em> 总结如下,<em>bwa</em> mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一是<em>bwa</em>安装的<em>问题</em>! 写这个初级的帖子,为后来人<em>遇到</em>同样<em>问题</em>的人,在百度搜索的时候能够找到能解决<em>问题</em>的帖子!
基因数据处理14之BWA三种方式bwa、BWA_SW、BWA_MEM使用
1.构建<em>索引</em>: <em>bwa</em> index ref.fa 或者从ftp下载,请参考【1】 2.BWA: <em>bwa</em>.sh为脚本文件 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/<em>bwa</em>3sh$ cat <em>bwa</em>.sh #!/bin/bash <em>bwa</em> aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比
GATK使用方法详解(原始数据的处理)
转自:https://www.plob.org/article/7009.html 1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对(mapping) 对于Illumina下机数据推荐使用<em>bwa</em>进行mapping。 Bwa比对步骤大致如下: (1)对参考基因组构建<em>索引</em>: 例子:<em>bwa</em> index -a bwtsw hg19.fa。最后生成文件:hg19.fa.amb、hg19.fa.an
基因数据处理6之BWA_MEM无法分配内存
基因数据处理之BWA_MEM无法分配内存:      <em>建立</em>BWA<em>索引</em>的时候内存不足,现在用BWA-MEM又内存不足,真耗内存 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ <em>bwa</em> mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_
创建数据库出现的问题
软件: MySQL5.5 command Line Client(该软件不区分大小写)<em>遇到</em>的<em>问题</em>1----不会删除刚创建的数据库登录MySQL后,输入密码登录后的界面先查看已有的数据库(show databases;)----创建一个数据库(create database STUDENT;)----再次查看数据库(show databases;)----删除刚创建的数据库(drop databas...
创建索引的两种方式比对
有一个应用,需要创建<em>索引</em>,创建<em>索引</em>一般有两种方法,一种是CREATE INDEX ...;一种是CREATE INDEX ... ONLINE;字面意思上看,一个是在线,一个是非在线,有什么不同?1.语句执行时间的不同 创建测试表, 使用非在线创建<em>索引</em>,用时00.06秒, 使用在线方式创建<em>索引</em>,用时00.32秒, 表只有一条数据,ONLINE是非ONLINE用时的5倍以上了。2.阻塞对象的不
bowtie和bowtie2用法详解
bowtie 短序列比对工具详解 常见的短序列比对工具有很多,如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点,但同时也具备了一些缺点。权衡利弊,我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快,比对结果也容易理解。 现在举个例子来探讨bowtie的使用方法:现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa,我们希望将Reads.fa比对到...
索引扫描测试数据
<em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>; <em>索引</em>细节,<em>索引</em>扫描,<em>索引</em><em>建立</em>的细节<em>问题</em>
C语言创建二叉树过程中遇到的一些问题
其实这些<em>问题</em>以前也<em>遇到</em>过,不过没总结,<em>遇到</em>又要搞段时间,现在总结下。 比如我们要创建颗如下二叉树,按前序输入,则为AB#D##C##: 开始代码写成下面这样: #define TElemType char typedef struct BiTNode { TElemType data; struct BiTNode *lchild,*rchild; }BiTNode,*BiTre
BWA软件安装和使用
BWA软件安装和使用: 1.安装请参考【1】 2.使用: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ <em>bwa</em> aln ../../dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fasta DRR047093.fastq >RAL357_1.sai [b
基因数据处理19之BWA匹配算法串产生、匹配、评价等整体流程
环境: ubunut BWA samtools wgsim <em>bwa</em>.kit工具 1.数据下载:需要在<em>bwa</em>.kit下 <em>bwa</em>.kit/run-gen-ref hs38DH 2.串产生: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/hs38DH$ wgsim -N 1000 -1 10 hs38DH.fa hs38DHSE1N10000L
微信小程序开发遇到问题以及解决
准备撸个微信小程序,记录下<em>遇到</em>的<em>问题</em>以及解决方式 1、view的并排 根据官网的说明,增加样式:style="flex-direction:row;",但是并没有生效,于是去demo种扒了下样式,增加:.flex-wrp{display:flex;},完成并排 2、view的隐藏与显示 没有找到获取view的方式,希望有找到的可以一起分享 用了setData的方式,实现了该功能,大概逻辑
学生信息管理系统——常见问题
这几天一直在调试学生信息管理系统,出现了很多错误,
bwa-mem中的ksw算法到底是怎么回事儿?
ksw算法简介 研究了这么久<em>bwa</em>-mem算法,也不知一次啃了ksw这块硬骨头,之前没有好好总结,今天来重点研究一下它。 主要研究的对象是ksw_extend2函数,它是一个单线程、非完全匹配的sequence alignment算法,该算法基于动态规划的逻辑,进行数据匹配,由于数据间存在大量相关性,所以不方便并行实现,串行实现有十分耗时,我们的工作就是,把这一块从原工程中拎出来,并改写成GPU加...
基因数据处理10之BWA处理速度太慢
基因数据处理9之BWA处理速度太慢: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ <em>bwa</em> aln GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161
12月15日做图书管理系统所遇到问题
做图书管理系统所<em>遇到</em>的<em>问题</em>
学习HTML时所遇到问题
第一次写代码,期间也走了不少的弯路,也暴露了好多<em>问题</em>,关于我所<em>遇到</em>的<em>问题</em>总结如下:  一:没有把公共的CSS代码放到一个公共的CSS文件夹里面,网页里面的导航和页脚基本都是相同的,所以把他们放到一个公共的CSS里面,改的时候也方便一点。我在写代码的时候前期没有注意到这一点,导致改一点东西就要一个一个的改,很麻烦。这样做还有一个好处就是减小代码长度,使代码更简洁。  二:命名不规范,HTML与C
centos6.5安装hadoop集群过程及遇到问题
在centos6.5上安装hadoop集群,过程与<em>遇到</em>的<em>问题</em>及解决办法
bwa核心算法
<em>bwa</em>核心算法,基本设计思想。
在用wordpress搭建网站中遇到的那些问题
1.Localhost 名错误: 这个<em>问题</em>是我在改中文界面的时候<em>遇到</em>的,数据库名字和密码都是对的,但是一直提示Localhost名错误,这个<em>问题</em>很操蛋,第一次用的人都容易被吓到。 解决方案: 修改wp-config.php文件 define(&quot;FS_METHOD&quot;, &quot;direct&quot;); define(&quot;FS_CHMOD_DIR&quot;, 0777); define(&quot;FS_CHMOD_...
建立索引注意事项
转载原文为:http://www.cnblogs.com/newpanderking/p/3781043.html 1、首先要明白无名无实莫要用<em>索引</em>:因为数据中的记录很多,为了方便我们查找,提高查询的效率; 2、<em>索引</em>的原理:对要查询的字段<em>建立</em><em>索引</em>其实就是把该字段按照一定的方式排序;<em>建立</em>的<em>索引</em>只对该字段有用,如果查询的字段改变,那么这个<em>索引</em>也就无效了,比如图书馆的书是按照书名的第一个字母
【数据库基础】联合索引是什么?为什么要用它?用它时要注意什么?
联合<em>索引</em>是什么 对多个字段同时<em>建立</em>的<em>索引</em>(有顺序,ABC,ACB是完全不同的两种联合<em>索引</em>。) 为什么要用 以联合<em>索引</em>(a,b,c)为例 <em>建立</em>这样的<em>索引</em>相当于<em>建立</em>了<em>索引</em>a、ab、abc三个<em>索引</em>。一个<em>索引</em>顶三个<em>索引</em>当然是好事,毕竟每多一个<em>索引</em>,都会增加写操作的开销和磁盘空间的开销。 覆盖(动词)<em>索引</em>。同样的有联合<em>索引</em>(a,b,c),如果有如下的sql: select a,b,c from...
遇到的一些前端JQuery问题汇总
$("getBrokenRodNO").unbind("click").click(function(){...});试试这样,也可以的应该,刚刚也<em>遇到</em>了这个<em>问题</em>,用这种方式解决了。这个<em>问题</em>难倒是jquery的bug吗,网上找了很多也没找到相应的解释。 真实原因:引用了两次js文件的原因
数据库常见问题及解决办法
下面是我在使用数据库时<em>遇到</em>的<em>问题</em>以及贴一下一些很重要的易混淆的概念:Mysql 的9个动词:数据查询:SELECT (查询出数据,也可用于变量赋值)数据定义(表/视图/查询/存储过程/自定义函数/<em>索引</em>/触发器等):CREATE (创建)、DROP(删除)、ALTER(修改) 数据操作:INSERT(插入)、UPDATE(更新)、DELETE(删除)数据控制:Grant(授权)、revoke(回收权
图书管理系统 出现的问题
1 在主界面上侧单击右键  会弹出  右键菜单 但是在主界面中间 单击右键 没有反应   2 查找的时候      JButton button_ok = new JButton("确定",new ImageIcon("ok.png"));    southPanel.add(button_ok);    button_ok.addActionListener(new ActionListen
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组
生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组   数据: 人全基因组(100多G,两个gz文件,已去接头,pe测序,90读长) 方法:call_snp_by_soapsnp 每步估计需要投多大(仅作参考): Bwa(13G): 从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam 注:在生成完sam之后检查有没有报错,没有就可以把.sai删掉。 Get_uni
建立网站遇到问题和一些建议
内容列表: 一个神奇的地方 如何购买域名 网站备案<em>问题</em> 服务器位置的选择 服务器商的选择 一个神奇的地方   在<em>建立</em>一个网站之前,首先要考虑的第一件事就是它的受众是谁,主要用户在哪里,是在国内? 国外? 日本? 欧洲? 美国? 这决定了该网站服务器要放在哪里,以及使用什么样的域名后缀,以及备案等<em>问题</em>。如果你的网站受众在中国大陆,那么这篇文章也许会给你一些有用的建议。中国大陆的网络极...
生物信息学习——tophat使用手册
用法: tophat [options]* [reads1_2,...readsN_2] 参数:
lunece建立索引遇到问题
  最近对lucene的检索进行了肤浅的学习  先是把论坛里大部分的lucene的帖子看了下  大致了解了下lucene   决定学习  在自己测试的时候  发现在对大表的创建<em>索引</em>时耗费的时间实在太长 想通过多线程来解决 对一个表的总记录数来决定创建几个线程来创建<em>索引</em>, 结果是报错:  D:\lucene\index\_a.fnm (系统找不到指定的文件。) Lock obtain timed o...
HBase建立二级索引的一些解决方案
HBase的一级<em>索引</em>就是rowkey,我们只能通过rowkey进行检索。如果我们相对hbase里面列族的列列进行一些组合查询,就需要采用HBase的二级<em>索引</em>方案来进行多条件的查询。 常见的二级<em>索引</em>方案有以下几种: 1.MapReduce方案 2.ITHBASE方案 3.IHBASE方案 4.Coprocessor方案 5.Solr+hbase方案MapReduce方案IndexBuild
【一起学生信】 bwa -M 参数解读
<em>bwa</em> mem 比对时,会有一个 -M 参数,<em>bwa</em>官方给出的解释是 mark shorter split hits as secondary。 -M 参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。 不加 -M 如果加入 -M 参数,这种情况bam中的 flag= 2048 ( supplementary alignment ) # 必须做好hg19的index <em>bwa</em>
关于二叉树创建时遇到问题的解决
之前在创建二叉树时,<em>遇到</em>了一些<em>问题</em>,因为这个忽视的<em>问题</em>而导致在写计算二叉树的叶子数时出现死循环,今天在老师的帮助下找到了<em>问题</em>所在: 之前的创建二叉树的代码为: int CreateBiTree(BiTree *T) { char ch; printf("\n\t\t\t\t\t ch:"); fflush(stdin); scanf("%c",&ch);
SOAP2详解
SOAP2是SOAP的升级版本,提高了短序列比对的运行速度和精度,同时SOAP2的一个重要改进是支持不同长度的读长。
bwa 参数中文解析
名称         <em>bwa</em> –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s...
代码调试过程中容易遇到问题
前两天身体有些不舒服,也没写啥新文章,昨天下了一天的雨,今天阳光明媚,空气也很新鲜,心情大好。 继翻译为什么输出是String而不是Object,今天先写一下调试方面的东西。java中自带的函数调试是assert,也就是断言,是在java1.4引入的,下面回顾一下什么是断言。 断言(Assertions)是在Java 1.4引入的,到现在仍然是Java语言最有用并且最重要的附加功能之一。断言(
基因数据处理93之sparkBWA安装和使用
1.安装 git clone https://github.com/citiususc/SparkBWA.git cd SparkBWA make 2.使用: 报错:没有成功 hadoop@Master:~/xubo/project/alignment/sparkBWA$ ./run.sh Error: Must specify a primary resource (JAR or P
记录开发项目管理系统遇到问题
1.第一次设计数据库全部部分,包括权限表,记录表,日志表,追踪记录表,还有项目,模块,成员,bug管理,日报周报等等 2.第二个架构采取了: 3.springcloud服务:注册中心,统一分布式配置中心,网关,服务消费者,服务提供者,熔断器,分布式缓存redis,以及服务追踪和监控spring admin服务 4.spring boot小服务+docker部署+jpa+mybatis plu...
C语言中指针变量使用时常见的几个问题
C语言是多数编程语言学习的基础,很多高校开设的软件相关专业都会涉及到C语言的学习。大学生刚刚迈进校园就开始接触C语言的学习,难免会举步维艰,尤其是当涉及到C语言中指针的时候,更是让一票新生头晕脑胀。其实,指针就是一种特殊的数据类型,直接指向目标的存储地址,实现直接访问对象存储空间的功能。今天,我就和大家分享一下C语言中指针学习会<em>遇到</em>的几个<em>问题</em>及解决方法,希望可以帮到大家! 1.声明指针和取指针变
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自:http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网: https://ccb.jhu.edu/software/
BWA-MEM算法结构分析
一、BWA-MEM函数框架   1 读入 bwt、options、reads; 2 利用mem_chain生成chain; 3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain; 4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。 1.第一步:数据输入 加载已经生成的bwt表。接口的参数文件名为:xx.fasta;实际中包含具有以下几个后缀名的文件.amb,.ann,.bw...
个人基因组比对及其变异分析
这里用到生物学软件有 1.<em>bwa</em>(主要用途1.<em>建立</em>参考基因组<em>索引</em>文件的。2.进行比对)类似的<em>建立</em><em>索引</em>的软件有bowtie,hisat 一、基因组下载 下载参考基因组hg19,所在的网站如下: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz 下载至~/reference/genome
bwa基因比对程序
<em>bwa</em>算法,经过<em>bwa</em>算法执行后会得到sam文件,sam文件用于之后的gatk工作
基因数据处理7之BWA_MEM运行太长
基因数据处理6之BWA_MEM运行太长 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ <em>bwa</em> mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161.fastq >SRR003161b.sam [M::<em>bwa</em>_idx_load
在学习数据库时遇到问题以及解决方案集合 —— 学习数据库(二)
1. ERROR 1366 (HY000): Incorrect string value: '\xB4\xE7\xB1\xCA\xBC\xC7...' for co lumn 'goods_name' at row 1        注:my.ini的编码为utf8     解决方案:这是和编码有关系的<em>问题</em>,可能是你的客户端可能是支持GBK编码,将其设为GBK编码,代码:SET NAMES...
对BWA的Mapping输出结果进行统计分析(转)
文章转自http://blog.sina.com.cn/s/blog_13de3725c0102v7rb.html 对<em>bwa</em>的mapping输出结果.sai经转化为.sam后的文件进行统计分析的python脚本,该脚本是基于python2写的: 命令行: $ python /leofs/noncode/dechao/python/bam_stat.py s...
链表常见的问题
关于单链表,常见的两个<em>问题</em>是     1.怎么判断一个单链表中是否存在循环,即出现如下情形         2.如何判断两个单链表是否交叉,即出现如下情形          一、 第一个<em>问题</em>,如何判断单链表中是否存在循环(并找出循环起点) 先来比较下遍历没有循环的单链表和遍历有循环的单链表时的区别: 遍历没有循环的单链表:所有结点均只出现一次遍历包含循环的单链表
最近遇到的单片机编程小问题总结
2013.07.20: 1、时间太长,记不清在哪个项目里<em>遇到</em>的,指向code区数组的指针也要加 code 关键字声明。 比如 unsigned char code arr[30]; 数组,要用指针指向它,要把指针也声明成 unsigned char code *p; 后来使用发现其它很多地方使用是不需要这样声明的,只要 unsigned char *p;就行了,但是
关于php中实训开发项目(学生成绩记录)遇到问题
1. 数据库处理中的<em>遇到</em>bug        之前在设计数据库时  不注意  内存的使用,和 一些必要的的check约束  数据库中  关于 学生年龄 和 学生性别的设计         a.关于年龄的<em>问题</em>   我之前的存储时 设计的是 tinyint 整型,学生当前的年龄.了解后存的是: date 日期,出生日期;    原因 : 学生的年龄 是随着时间的改变. 数据不能存死;         ...
毕业设计所遇到问题及解答(未完)
1. css中什么时候用“.” 什么时候用“#” "id"对应"#","class"对应"." .id是唯一标志的,在同一页面中不能有相同的值,class则没这约束。如: Css #div1{......} .div2{......} //class可以相同重复用 &lt;div class="div2" ...&gt;&lt;/div&gt; &lt;dt class="div2" ......
外键上建立索引的好处
外键上<em>建立</em><em>索引</em>的好处   在主从表设计中,常常使用外键在这两个表之间<em>建立</em>关联。当从主表中删除一行数据时,SQL Server便会检查从表中是否有相同外键的行存在。如果从表没有包含外键列的<em>索引</em>,SQL SERVER需要扫描整个从表。可以想象:从表越大,删除的时间越长。更新主表时的情况也是一样。   INSERT DELETE UPDATE
solr增量索引问题
关于solr增量<em>索引</em><em>问题</em>在网上会搜索到一堆文章。我这里只对我做项目时<em>遇到</em>的<em>问题</em>问进行一个描述和解疑:         我所做项目的数据库是千万级以上的数据量。所以全量<em>索引</em>就不太现实了,但在进行增量<em>索引</em>配置时总是出现  id 无法解析等<em>问题</em>。后来查阅资料才了解到配置文件的信息不正确。如下图: 在data-config.xml文件中红色方框的字段名称要一致,之前我由于配置的并不一样,所
数据库索引使用的数据结构
强烈建议参阅链接:http://www.linezing.com/blog/?p=798#nav-1 说白了,<em>索引</em><em>问题</em>就是一个查找<em>问题</em>。。。 数据库<em>索引</em>,是数据库管理系统中一个排序的数据结构,以协助快速查询、更新数据库表中数据。<em>索引</em>的实现通常使用B树及其变种B+树。 在数据之外,数据库系统还维护着满足特定查找算法的数据结构,这些数据结构以某种方式引用(指向)数据,这样就可以在这些数据结构上实现高级查
java学习手册
一年来所<em>遇到</em>的<em>问题</em>总结,该文档总结了ssi框架所<em>遇到</em>的<em>问题</em>,jsp<em>问题</em>,html<em>问题</em>,css<em>问题</em>。
SSM框架搭建,及遇到问题
SSM框架搭建,及<em>遇到</em>的<em>问题</em>1、基本概念1.1、SpringSpring是一个开源框架,Spring是于2003 年兴起的一个轻量级的Java 开发框架,由Rod Johnson 在其著作Expert One-On-One J2EE Development and Design中阐述的部分理念和原型衍生而来。它是为了解决企业应用开发的复杂性而创建的。Spring使用基本的JavaBean来完成以前只
查询数据库表索引名称、索引字段、创建索引语句
转自:http://tong7858-126-com.iteye.com/blog/829323 1. 在oracle8以上的版本中,可以使用以下语句进行<em>索引</em>名称和创建<em>索引</em>语句的查询。  SELECT INDEX_NAME,DBMS_METADATA.get_ddl('INDEX',INDEX_NAME,TABLE_OWNER) INDEX_DDL    FROM user_indexe
二叉树的遍历以及遇到的一些问题
今天在学习二叉树的遍历,
渗透测试演练工具(VM)OWASPBWA1.0 RC2
OWASP Broken Web Applications Project是OWASP出品的一款基于虚拟机的渗透测试演练工具(VM),由于包含了诸多供测试的安全弱点,所以强烈建议在host only或NAT的虚拟机网络模式下使用。   OWASPBWA 1.0rc2版本主要更新: 增加了新的应用: wavsep (http://code.google.com/p/wavsep/) 升级了W...
什么情况下需要建立索引索引的作用?为什么能够提高查询速度?(索引的原理) 索引有什么副作用吗?
https://www.cnblogs.com/Berryxiong/p/6249427.html 为什么能够提高查询速度? <em>索引</em>就是通过事先排好序,从而在查找时可以应用二分查找等高效率的算法。 一般的顺序查找,复杂度为O(n),而二分查找复杂度为O(log2n)。当n很大时,二者的效率相差及其悬殊。 举个例子: 表中有一百万条数据,需要在其中寻找一条特定id的数据。如果顺序查找,平均需要查找...
学习java所遇到问题与解决方案记录
1.maven。    https://www.cnblogs.com/xdp-gacl/p/3498271.html
欧拉算法代码
程序算法,用欧拉算法求解常微分方程<em>问题</em>,便于解决和理解所<em>遇到</em>的<em>问题</em>
前端中遇到问题总结
浏览器回退        有一个需求, 当用户提交表单跳转到成功页面后, 用户点击浏览器的回退功能, 结果手机浏览器没有重新加载页面, 导致可以重复提交表单的<em>问题</em>, 解决方案如下: history.replaceState({},document.title,&quot;${pageContext.request.contextPath}/app/index&quot;);        作用是直接将该页面的历史改为...
crm项目遇到问题总结
1.hql数据库查询对于几次连接查询的操作     需求描述:我有两张表(client,family),两张表中通过family_id 关联。每个client有很多家庭成员,每个家庭成员的基本信息在client中,我首先需要把我的两张表做left join连接,连接后得到多条家庭成员的client_id,再通过client_id去表查询client家庭成员信息显示出来。由于hql的表是通过两个实
遇到的一些问题的解决答案,有关于操作系统中的
:什么是中断? A:中断嘛,举个容易理解的例子吧。 比如莲莲和唐唐在下象棋,眼看莲莲就快招架不住了,正当此紧要关头,唐 唐的女友来了,非要唐唐陪她上街买衣服不可(唐唐晕倒:-) ),于是唐唐 不得不同莲莲商量,先把棋盘封了,待买完衣服后继续战斗。掌灯时分,唐 唐带着满脸疲惫回到了棋盘前,结果莲莲不费吹灰只力便反败为胜。 这就是整个中断过程。我们来看看中断过程是如
上周工作中遇到问题以及解决方法总结
上周忙于薄荷的提交,新知识的积累不够丰富,无法连贯成一篇有质量的博文。这里分享一下上周薄荷开发中<em>遇到</em>的一些<em>问题</em>和解决办法。 跳转<em>问题</em>在项目里有个需求,A–push–>B–push–>C, 然后想让从C 直接到D,D–pop–>A当时简单试了一下 C–pop–>A,A–push–>C. 这里有两个<em>问题</em>,就算把C–pop–>A的动画设置为NO,还是会闪现一下A的界面,在手机不流畅的情况下会更突出。另
Python网络爬虫遇到一些非代码9问题
了解更多关注微信公众号“木下学Python”吧~,获取更多爬虫示例吧 1.爬虫程序运行没<em>问题</em>,但没显示结果或结果不全 1)有些网站针对每一个ip,单位时间内只能访问一定次数,至于单位时间是多少看网站规定吧,超过这个次数就不能访问爬去 了,就只有等了,等多久,看那个网站的规定吧 2)可以运行,没有结果,那要么是选择器<em>问题</em>,换一个选择器;要么是选择器里面...
BWA使用详解
参考来源:http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/ 一、BWA 简介 BWA,即Burrows-Wheeler-Alignment Tool。BWA 的学习主要来自参考网站和使用手册;BWA 是一种能够将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因...
数据库创建索引的注意事项
出于对作者的尊重和感谢,原文地址为 http://www.studyofnet.com/news/449.html <em>索引</em>可以提高数据的访问速度,但同时也增加了插入、更新和删除操作的处理时间。所以是否要为表增加<em>索引</em>、<em>索引</em><em>建立</em>在那些字段上,是创建<em>索引</em>前必须要考虑的<em>问题</em>。解决此<em>问题</em>就是分析应用程序的业务处理、数据使用,为经常被用作查询条件、或者被要求排序的字段<em>建立</em><em>索引</em>。 <em>索引</em>是<em>建立</em>在数据库表
深度学习模型构建面临的问题及“吴恩达”的建议
关于模型搭建 在一开始,尽量不要将<em>问题</em>复杂化(不要提前优化),先快速实现一个简单算法,然后通过交叉验证集评估模型。这就好比在软件工程中,不会做提前优化,而是先迭代功能。 通过绘制学习曲线(learning curve),确定面临的<em>问题</em>是高偏差还是高方差,来决定是添加更多训练样本,还是添加更多特征。 甚至可以手动检查交叉验证集中误差较大的样本,确定错误的来源和解决策略。 关于准确率与召回...
基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end(1千万条100bp的reads)
指令:```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-<em>bwa</em>mem$ <em>bwa</em> mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq g38L100c10000000Nhs20Paired2.fq >g38L100c10000000Nhs20Pai
数据库的索引一些常见的问题
最近面试老是被问到数据库的优化方面的<em>问题</em>,推荐大家看《高性能mysql》 在数据库优化方面,随着业务量的增大,可以做一下优化: <em>索引</em>的优化&amp;gt;读写分离&amp;gt;集群 作为一个小菜鸡,自然没有做过集群了,不过<em>索引</em>和读写分离还是可以聊一聊的。 答案在网上很好找,就不写了。 作为面试常问的<em>索引</em>优化,主要问一下几个方面: 都在哪些字段加<em>索引</em>? 主键<em>索引</em>和唯一<em>索引</em>的区别? 怎么使用<em>索引</em>才能...
索引使用时的注意事项
什么时候使用<em>索引</em>(When should it be used?)鉴于创建<em>索引</em>需要额外的磁盘空间(上面的例子需要额外的277778个磁盘块),以及太多的<em>索引</em>会导致文件系统大小限制所产生的<em>问题</em>,所以对哪些字段<em>建立</em><em>索引</em>,什么情况下使用<em>索引</em>,需要审慎考虑。由于<em>索引</em>只是用来加速数据查询,那么显然对只是用来输出的字段<em>建立</em><em>索引</em>会浪费磁盘空间以及发生插入、删除操作时的处理时间,所以这种情况下应该尽量避免。此外鉴...
springCompass
主要是compass 增量<em>建立</em><em>索引</em>的<em>问题</em>
遇到问题以及解决方法
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- eclipse运行tomcat日志位置: log4j配置...
Lucene多线程创建索引及多目录下查询索引
目的:公司最近要求<em>建立</em>对数据库内多表的<em>索引</em>文件,来实现对数据库数据处理的全文检索。 表有多个,内容风别是不同表内的字段。选用了IK分词和Lucene实现。 多线程创建<em>索引</em> 多区域联合查询<em>索引</em>
基因数据处理56之bwa运行paird-end(1千万条100bp的reads).md
(1)pair1.fq》sai <em>bwa</em> aln GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq >g38L100c10000000Nhs20Paired1.saipair1记录: hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-<em>bwa</em>mem
sqlserver 建立索引视图各问题
--我的 tab 表有 60398 条数据,大家可以用自己的任意表测试  SELECT * FROM tab   GO    --新建表MYTABLE,带序号  IF object_id(N'[dbo].[MYTABLE]') IS NOT NULL  drop table MYTABLE  SELECT IDENTITY(INT,1,1) ID,* INTO MYTABLE FROM tab  
BWT压缩算法及FM搜索算法详解
BWT压缩算法其经典地位无可撼动, 关于数据
BWA用法笔记
<em>bwa</em>(全称Burrows-Wheeler Aligner),是用来对二代测序数据进行比对的常用工具
批量bwa比对和samtools排序
拿到fastq文件后,要进行比对和排序 第一步是对reference<em>建立</em><em>索引</em> <em>bwa</em> index -a bwtsw $reference #对于大基因组<em>建立</em>FM-Index #<em>bwa</em> index -a is ref.fasta #对小基因组<em>建立</em>index,速度快,内存消耗大 第二步,批量比对和排序 # 2.使用<em>bwa</em> men 比对 mkdir ...
SQL优化-索引 (三)只要建立索引就能显著提高查询速度
2、只要<em>建立</em><em>索引</em>就能显著提高查询速度  事实上,我们可以发现上面的例子中,第2、3条语句完全相同,且<em>建立</em><em>索引</em>的字段也相同;不同的仅是前者在fariqi字段上<em>建立</em>的是非聚合<em>索引</em>,后者在此字段上<em>建立</em>的是聚合<em>索引</em>,但查询速度却有着天壤之别。所以,并非是在任何字段上简单地<em>建立</em><em>索引</em>就能提高查询速度。  从建表的语句中,我们可以看到这个有着1000万数据的表中fariqi字段有5003个不同记录。在此
数据库使用过程中遇到问题
最近在学习的时候,用到了数据库,在打开数据库的时候,结果数据库打不开了,本着<em>遇到</em><em>问题</em>解决<em>问题</em>的态度,成功解决了,开心。下面就来看看小编都<em>遇到</em>什么<em>问题</em>了吧。
用JAVA做的贪吃蛇含源代码下载
用JAVA做的贪吃蛇含源代码,适用于初学者参考。只具备最基本的功能,若有不足之处还请给位多多指教。 相关下载链接:[url=//download.csdn.net/download/hb1106503571/2193156?utm_source=bbsseo]//download.csdn.net/download/hb1106503571/2193156?utm_source=bbsseo[/url]
Latent Dirichlet allocation code下载
Latent Dirichlet allocation code 相关下载链接:[url=//download.csdn.net/download/redrobot/2317511?utm_source=bbsseo]//download.csdn.net/download/redrobot/2317511?utm_source=bbsseo[/url]
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很好的HTML教程,适合于静态网页设计,很容易上手。 相关下载链接:[url=//download.csdn.net/download/zhangleileizhang/2554456?utm_source=bbsseo]//download.csdn.net/download/zhangleileizhang/2554456?utm_source=bbsseo[/url]
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