bedtools

qq_45101811 2019-05-28 11:06:17

请问bedtools中怎么循环处理多组overlap区域

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bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀概括总体而言，bedtools实用程序是瑞士军刀，可用于各种基因组分析任务。使用最广泛的工具可以进行基因组运算：即在基因组上设定理论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（例如BAM，BED，GFF / GTF，VCF）与多个文件中的基因组间隔相交，合并，计数，互补和混洗。尽管每个工具都设计为执行相对简单的任务（例如，将两个间隔文件相交），但可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行相当复杂的分析。表现从2.18版开始，由于我们对用于处理按染色体和起始位置预先排序的数据集的算法进行了改进，因此bedtools可伸缩性大大提高。正如您在下面的图中所看到的，与未排序数据的不良缩放相比，已排序数据的速度和内存消耗可以很好地缩放。 bedtools的当前版本相交速度与bedops软件包的bedmap一

bedtools-示例脚本大多数bedtools相交脚本看上去相对相似，这是一个示例性的slurm批处理脚本，该脚本使用bedtools相交函数来确定两个具有基因组数据的文件上的重叠区域。所有相交都是使用bedtools 2.26执行的-a：指定第一个文件-b：指定第二个文件相交将报告b与a重叠的区域，并在a上报告。 Bedtools还具有许多其他选项，例如-sb，在这种情况下，它将为a和b的任何交集写b，这告诉您b的特征与a重叠。 Bedtools相交文档： ://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/intersect.html

概述广泛用于基因组间隔操纵或“基因组代数”。 pybedtools包装并扩展了BEDTools，并提供了Python内部的功能级操作。请参阅完整在线文档，包括安装说明。为什么要使用pybedtools？这是获取距基因间SNP小于5 kb的基因名称的示例： from pybedtools import BedTool snps = BedTool ( 'snps.bed.gz' ) # [1] genes = BedTool ( 'hg19.gff' ) # [1] intergenic_snps = snps . subtract ( genes ) # [2] nearby = genes . closest ( intergenic_snps , d = True , stream = True ) # [2, 3]

bedWEB 一个简单的应用程序，可在云中使用bedtools

循环分析脚本完整的分析流程注意：将所有文件（包括.bedpe文件和hg38 gff文件）保留在一个目录中。对于python脚本和Linux终端，请将其用作工作目录。依赖关系：bedtools，Python> = 3.7，pandas> = 1.2.0 要复制此分析，运行Common_Loop_generator.py脚本（最好在python IDE中运行）。输出应该是一组.bed文件。在Linux终端中运行以下命令： bedtools window -a anyLoops_AML_1.bed -b hg38.gff -w 15000 > mapped_anyLoops_AML_1.csv bedtools window -a anyLoops_AML_2.bed -b hg38.gff -w 15000 > mapped_anyLoops_AML_2.csv bed

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