Python根据ID从fasta文件提取序列

weixin_38101791 2018-07-10 11:19:42
根据ID从fasta文件提取序列,为什么结果只有最后一个ID的结果,之前的被覆盖了?以前用这个提取过序列,没有出现问题,这次不知道为什么,只有一个ID的结果 #!/usr/bin/python3 import sys args=sys.argv fr=open(args[1], 'r') fw=open('./out.fasta', 'w') dict={} for line in fr:     if line.startswith('>'):         name1=line.split(">")[1]         name=name1.split(":")[0]         dict[name]=''     else:         dict[name]+=line.replace('\n','') fr.close() ls=open(args[2], 'r') for lin in ls:      for name in dict.keys():          if name ==lin:             fw.write(">"+ name)             fw.write('\n')             fw.write(dict[name])             fw.write('\n') fw.close()
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