HMMER如何利用GPU加速计算

qq_41944731 2019-09-09 11:07:33

最近用jackhmmer计算氨基酸序列的pssm, 算得很慢，不知道可不可用GPU加速，要如何使用呢，我看HMMER好像没有提供使用cpu还是GPU的选项，对这个不是很了解，是要重新编程吗，还是直接可以用，求指导

...全文

132 回复打赏收藏转发到动态举报

写回复

回复

切换为时间正序

请发表友善的回复…

发表回复

【IT168 案例】经过多年的尝试，图形处理单元(GPU)开始受到主流服务器厂商的重视，作为第一批在高性能计算(HPC)上采用GPU的一线服务器厂商，戴尔的应用和解决方案更有其独到之处。为进一步了解戴尔 GPU解决方案的特点及创新技术，IT168记者采访戴尔高性能计算高级顾问凌巍才。 GPU计算适合哪些应用? GPU计算诞生之初，主要作为电子游戏等高速图形加速器，...

http://www.nvidia.cn/object/visual_molecular_dynamics_cn.html http://developer.nvidia.com/category/zone/cuda-zone http://www.nvidia.cn/object/tesla_computing_solutions_cn.html http://www.ks.uiu

2016年4月，华为携FusionServer双路服务器亮相英特尔北京E5 v4至强处理器发布会。英特尔至强E5 v4处理器是基于Broadwell工艺架构的最新一代产品。　　基于至强E5 v4处理器，华为FusionServer双路服务器支持计算核心数最大可达44核，内存速度提升至2400MT/s,在整体能耗保持不变的情况下，平均性能提升20%。新特...

AlphaFold2 是由 DeepMind 开发，可以根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构，准确度经常可以与实验相媲美。DeepMind 和 EMBL 的欧洲生物信息学研究所合作，创建AlphaFold DB，免费向科学界提供这些预测结果。最新的数据库版本，包含了超过 200 万种蛋白质的结构预测，涵盖人类和其他 20 多种物种的蛋白质组。AlphaFold2 的核心是基于神经网络的计算模型，结合了蛋白质的物理和生物学知识，利用多序列比对（MSA）所设计出的深度学习算法。

High Performance Computing, HPC是一种技术，它使用并行工作的强大处理器集群，处理海量多维数据集（大数据），并以极高的速度解决复杂问题。不用把HPC理解成一个系统或者超级计算机，就理解成并行计算、集群计算以及网格分布式计算技术就好。HPC 非常适合需要高性能数据分析的各种应用程序，例如高频交易、仿真模拟、计算机辅助设计、机器学习和深度学习等。

CUDA高性能计算讨论

353

社区成员

615

社区内容

发帖

与我相关

我的任务

社区管理员

加入社区

近7日
近30日
至今

加载中

查看更多榜单

社区公告

暂无公告

试试用AI创作助手写篇文章吧

+ 用AI写文章