蛋白结构预测分析文献下载

weixin_39820535 2019-09-19 01:31:04
这篇文献帮助我们分析蛋白3D空间结构的预测，长序列蛋白和短序列蛋白的建模的不同方法，swiss-model也是一个分析蛋白三维结好用的网站！
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蛋白互作组学系列丨（七）蛋白互作结构域的预测分析
筛选得到诱饵蛋白的关键互作蛋白后，可从功能和机理两方面后续研究。介绍了常见互作结构域分析流程，还借助生物信息学工具预测，包括基于AlphaFold的蛋白结构预测、基于Z - dock的蛋白互作分子对接、基于PDBePISA的蛋白相互作用面分析。
三级结构_蛋白生信分析高级篇：三级结构及功能预测
博客聚焦蛋白生信分析高级篇的三级结构及功能预测，介绍了三大功能库注释中的 EggNOG，其网址为 http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper 。
【生物信息学】正常和突变的蛋白质结构可视化？构建蛋白结构模型，常见的4种构建蛋白模型方法
本文介绍了如何通过SWISS-Model和I-TASSER等方法构建蛋白质结构，并分析DNAH1基因突变(p.Val131Ala和p.R971H)对蛋白结构的影响。突变导致的氢键变化降低了蛋白稳定性，为疾病关联性提供了结构依据。此外，还讨论了多种结构建模方法的使用和模型质量评估的重要性。
Alphfold3预测蛋白点突结构并用pymol进行结构比对分析
研究蛋白功能时，点突会导致功能变化，可从蛋白构象变化补充说明。本文分析两个单氨基酸改变的蛋白构象变化，介绍用开源版pymol操作，包括自备序列、用Alphfold3预测结构、在pymol中打开文件比对，还提及用RMSD量化差异及范围。
SEQ 8. 蛋白序列结构的无序性预测(IUPred2A)
本文介绍了IUPred2A这一组合的web界面，可对蛋白质有序和无序残基进行预测及能量估计，还能预测无序结合区。阐述了文件准备，介绍了在线分析和本地分析的方法，包括线上分析的方式、数据量限制，本地分析的软件包安装、参数说明和操作命令，最后提及结果解读及相关参考文献。
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