American-Gut, 美国开放存取数据和IPython笔记本.zip下载

weixin_39821260 2020-01-18 07:00:17

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游戏拟音音效-Gut Splatters and Spills.zip

美国肠道休息 RESTful（ish）接口连接到身份不明的American Gut数据。任何无效响应或请求未知样本的查询都将返回410 HTTP状态。终点终点描述例子结果 GET / 端点细节 curl https://api.microbio.me/american-gut/1/ {"foo_url": ...} GET /otu/:sample-id 特定于样本的OTU表 curl https://api.microbio.me/american-gut/1/otu/000005636.1053788 表 GET /otu/:sample-id/txt 示例特定的Excel OTU表 curl https://api.microbio.me/american-gut/1/otu/000005636.1053788/txt 制表符分隔的字符串 GET /otu/

美国肠道项目的分析笔记本和代码 ipynb包含可执行的Jupyter笔记本。 ipynb/env描述了这些笔记本的ipynb/env和运行环境。 non-ipynb包含在Jupyter笔记本之外执行的分析。手稿与该存储库关联的是开放访问的，并在mSystems下发布。如果使用此存储库中的代码或American Gut的数据，请考虑引用此手稿。资料存取 American Gut Project的数据可以通过几种方式访问，并在下面简要介绍。这是一个有生命的项目，因此除了固定数据集之外，这些数据集将继续增长。固定的数据集对应于手稿所使用的内容。所有序列和元数据都在项目下的EBI中。此数据集不是固定的。所有序列，元数据和已处理的摘要都可以从以研究ID 10317获得。该数据集不是固定的。通过使用qiita_study_id==10317查询可以获得16S和元数据。

American-Gut：探索微生物组数据的开源利器项目介绍在当今的科学研究领域，微生物组数据的重要性日益凸显。American-Gut 是一个开源项目，旨在为研究人员提供一个强大的工具，用于分析微生物组数据。该项目包含了开放访问的代码和 IPython 笔记本，能够帮助科研人员轻松地处理和解读 American-Gut 项目中的数据。项目技术分析 American-Gut 的数据存储在欧...

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