pubchem批量下载

weixin_39821746 2020-05-18 08:30:18

可以一次性下载pubchem数据库下的所有的compound信息
相关下载链接：//download.csdn.net/download/mingkanghust/569790?utm_source=bbsseo

...全文

826 回复打赏收藏转发到动态举报

写回复

回复

切换为时间正序

请发表友善的回复…

发表回复

本文介绍了一种通过化合物CID列表批量获取相应SMILES的方法。通过使用Python的requests库，向PubChem数据库发送POST请求，可以一次性获取多个化合物的SMILES和标题信息，并将结果保存为CSV文件。代码示例展示了如何设置请求参数、发送请求以及处理返回的数据，为化学信息学研究人员提供了一种高效的数据获取方式。

已经博主授权,源码转载自 https://pan.quark.cn/s/3b61477fc57e ### PubChem批量获取知识要点#### 一、PubChem概述PubChem是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）管理的一个开放获取的化学物质信息库。该数据库收录了海量的化学物质构造及其生物效应信息，对于化学及生物学研究者而言是极为关键的参考资料。借助PubChem平台，用户能够检索到化合物的物理属性、构造详情以及相关的生物活性资料。#### 二、实施批量获取的必要性在科研活动中，研究人员可能需要大量的化合物数据用于数据分析或模型构建等任务。常规的单个文件下载方式不仅运作效率不高，而且非常耗费时间。因此，批量获取数据变成了一种更为高效的信息获取途径。借助批量获取，用户可以一次性取得PubChem数据库中所有的化合物资料，显著提升了工作效能。#### 三、批量获取途径：FTP命令行工具FTP（文件传输协议）是一种在网络环境中传输文件的标准方法。在本实例中，我们将采用FTP命令行工具来达成对PubChem数据库的批量获取。1. **接入FTP服务器**： - 通过执行`ftp`指令连接至PubChem的FTP服务器。示范指令如下： ``` ftp ftp-v-nftp.ncbi.nlm.nih.gov ``` - 成功连接后，系统会提示输入用户名。此处我们选用匿名登录机制，即键入`useranonymouswww@sohu.com`作为用户名。 - 在输入密码阶段，遵循匿名登录的规范，直接键入电子邮箱地址即可，例如`www@sohu.com`。2. **切换文件夹**： - 登录成功后，运用`cd`指令转到存储化合物数据的文件夹。在此例中，我们需要切换到化合物SDF格式...

本文介绍了利用Python和PubChempy批量下载化合物信息的三种方法。第一种方法适用于大量化合物，通过读取文本文件中的化合物名称，批量获取CID、分子量、分子式等信息，并将结果保存为CSV文件。第二种方法适用于单个化合物查询，可直接在Python中查看输出结果或导出为Excel文件。第三种方法适用于少量化合物批量下载，但代码较为重复，不建议使用。文章还提供了详细的代码示例和注意事项，帮助读者快速实现化合物信息的批量下载。

此实时脚本使用 PubChem API 与 Ingenol（2D Tanimoto 阈值 97% 至 Ingenol CID 442042）执行相似性搜索。然后将物质结果与其相关属性一起编译。

用于查询 PubChem 的 PUG REST API 以获取有关化合物信息的脚本。

下载资源悬赏专区

13,654

社区成员

12,572,709

社区内容

发帖

与我相关

我的任务

其他技术论坛（原bbs）

社区管理员

加入社区

近7日
近30日
至今

加载中

查看更多榜单

社区公告

暂无公告

试试用AI创作助手写篇文章吧

+ 用AI写文章