如何用matlab写WGCNA?

这是个疯子，请绕行 2020-08-10 07:12:28

能不能用matlab写加权基因共表达网络分析（WGCNA），我看到了都是用R语言写的，但是看不太懂。有没有大神指教一下

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be_it_so 2020-09-30

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https://github.com/MxMarx/WGCNA

WGCNA算法研究笔记（2） WGCNA方法的实例分析文章的作者将该算法用R实现，正好数模过后我也在进行matlab向R的转换，这套算法就成为了我自学R的良好素材(TIOBE今年三月公布的编程语言排行榜中，R列居第24位，超过了SAS和Matlab，看来自己的选择似乎不错)。关于该实例的数据和分析说明可以在以下网页中找到http://www.genetics.uc

WGCNA方法的实例分析文章的作者将该算法用R实现，正好数模过后我也在进行matlab向R的转换，这套算法就成为了我自学R的良好素材(TIOBE今年三月公布的编程语言排行榜中，R列居第24位，超过了SAS和Matlab，看来自己的选择似乎不错)。关于该实例的数据和分析说明可以在以下网页中找到http://www.genetics.ucla.edu/labs/horvath/

为便于教程管理和日常使用，我们通过语雀建立网页版的《生信知识库》，基本收纳了账号全部教程，以及网页版本会收纳部分付费教程（￥< 50.0）。ChatGPT功能确实比较强大，但对于我们使用者来说，可能感觉自己使用时候并没有有直观的感受到他“所谓的强大”。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；到现在已经快一年多了，但是，对于个人来说，使用还是比较少的。其实，也可以不用设定他的人设，直接提问，给出的答案基本是一致的。有时候，自己不会的内容，也会让它来搜索。

前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果：1、按照前两篇文章的基础数据获得的热图结果，对行(基因的聚类结果)聚类树单独进行绘制，可以借助plot()函数：默认画法>plot(list$tree_row)而有一个有趣的函数rect.hclust()可以将hclust结果绘图，并圈选出不同的cluster，譬如设定3个cluser:>rect.hclust(lis...

这里需要说明一下哦，不是所有的参数都需要填的，这个需要根据你后面用到的方法。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！

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