西部地区人均经济总量与能源丰度关系研究下载

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Nature :全球表层土壤中微生物组的结构和功能

文章目录Structure and function of the global topsoil microbiome... ARGs的全球相对丰度可以通过生物和非生物因素的组合来解释****图3. 真菌是土壤和海洋中ARGs相对丰度的主要决定因素**附图Reference Structu...

微生物测序分析LEfSe

LEfse分析定义 LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker);

β多样性算法

距离方法名称方法特征Bray_curtis考虑物种有无和物种丰度, 不考虑各物种之间的进化关系或关联信息。 Bray_curtis 和bray_curtis_faith是标准化的曼哈顿距离; 而bray_curtis_magurran是定量的sorensen距离Abund_...

菌群多样性分析报告

在开始实验项目之前,明确实验流程,一步一步获取实验结果,以可视化工具展现结果,并加以生物学意义上的分析,获取完整的分析报告...简单阐述所研究项目的国内外现状,本项目的目的意义。 2.材料方法(materi...

扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

阅读时长:10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S...

扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子、宏基因组测序问题集锦原文转自...随着高通量测序技术的发展,测序成本逐步降低,测序通量飞速提高,如今我们可以用更低的成本,对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中,目前主要的技术

vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)

重排排序 抽样 物种分类 处理UDB数据库索引 描述 输入 参数 通用参数 嵌合体检测参数 聚类参数 序列去冗余 屏蔽序列选项 成对比对选项 搜索选项 洗牌参数 排序参数 抽样参数 P29 物种分类 索引格式UDB P31 ...

高光谱解混学习笔记(一)------概述

1 混合光谱形成的原因 (1)单一成分的光谱

测序数据分析之OTU

1. OTU(Operational Taxonomic Units)操作分类单元:是在是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。在生物信息分析中,一般来说,...

iTOL快速绘制颜值最高的进化树!

[TOC] iTOL简介 大家在看高分文章时,总会惊叹于,为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树,而且好看的图也能直接提升文章的档次,冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔,...

微生物组16S rRNA数据分析

微生物组16sRNA 数据分析常规流程:划分OTU , 构造距离矩阵,分析物种多样性指数,构建序列的进化树及物种注释信息。 可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。 1、划分OTU OTU为操作分类单元,基于序列...

R堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图,添加组间各成分连线,可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图: ...

NCU SEM 发文检索2014年

医保报销比例差距、患者行为选择医疗费用的关系研究——基于三阶段动态博弈模型的分析[J].系统工程理论实践,2014,11:2974-2983. 摘要:我国初步建立了覆盖全民的医疗保险制度,个人医疗费用自付比例从2005年的...

基因表达量计算差异表达分析常见问题

问 1:在没有重复实验的情况下,用 RPKM 要怎么做检验呢? 答:如果要用泊松分布做差异分析模型的话,必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话,可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数,再做检验。...

Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

题目:基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义? 认识肠道菌群领域的29位大佬,从熟悉他们的名字和单位开始。 作者:Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik Bäckhed 5,6, ...

扩增子分析解读5物种注释,OTU表操作

本网对Markdown排版支持较差,请跳转“宏基...《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术,由于微生物组受环境影响大,实验间重复较差,更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准

定量/高光谱遥感之——混合像元分解

混合像元不完全属于某一种地物,为了能让分类更加精确,同时使遥感定量化更加深入,需要将混合像元分解成一种地物占像元的百分含量(丰度),即混合像元分解,也叫亚像元分解。混合像元分解是遥感技术向定量化深入...

宏基因组扩增子3统计绘图:中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元...

本网内容首发“宏基因组”公众号,更佳阅读体验、更多相关文章,欢迎点我跳转至公众号阅读 ... 写在前面 优秀的作品都有三部分曲,如骇客帝国、教父、指环王等。...扩增子系列课程也分为三部曲: ...

如何画热力图

事实上,经过高通量测序生成的物种丰度表以及差异分析得到的差异物种丰度表,只有进一步生成直观图,才能更好地进行结果展示,热图就是我们常用的图片类型之一。然而,你会不会在很多时候觉得绘制出来的热图让你很不...

一文读懂宏基因组分析套路

很多亲人感觉宏基因组的分析结果内容种类太多,根本学不过来。其实本质上并不复杂,只分为两类:物种组成和功能组成两大类,这是核心结果;再加上开头系统描述和结尾的讨论比较。通常会出现固定套路的4部分结构。...

生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。但不全是。在实际应用的时候需要根据情况判断...如果表达丰度的数值在50以内,通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千,则是未经转化的。因为...

利用Gephi软件绘制网络图

作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士 利用Gephi软件绘制网络图 1. 生成物种相关性矩阵 此步骤需要在R语言环境下运行,依赖psych包,输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵,示例如下。 输入...

在线画图工具-chord diagram和弦图

和弦图(chord),根据弧度大小反应样本OTU之间的数量关系,根据中间颜色的对应关系,直观的看出样本OTU的丰度关系 使用教程:导入表格 示例: 更多画图工具: http://www.qplot.cn:3838/sample-apps 使用问...

统计分析/PCA,PCoA,NMDS等的区别

相信大家在做微生物多样性研究时经常听到PCA分析、PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析。它们对物种(或基因、功能)的分析具有重要作用,因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。那么你知道这些分析之前到底有...

Nature:人类肠道微生物组的肠型

文章简介 ... 宿主属性的相关 我学到了什么 热心肠日报导读 Reference 猜你喜欢 写在后面 文章简介 标题:Enterotypes of the human gut microbiome 中文标题:人类肠道微生物组可划分...

扩增子图表解读5火山图:差异OTU的数量及变化规律

阅读时长:10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S...

HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2

关于宏基因组常用的有参分析流程,主要是快速获得物种组成...HUMAnN2: The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2,它在宏基因组研究中非常有用,通过这个分析,不仅能获得微生物的物种丰度信息,还能准确有效地...

扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

阅读时长:10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S...

STAMP:扩增子、宏基因组统计分析神器(中文帮助文档)

简介 软件简介 STAMP能干什么 分析实战 输入文件 ...实验设计和丰度矩阵样品名不对应 总结 Reference 猜你喜欢 写在后面 之前本平台分享过STAMP的使用: - 微生物组间差异分析神器-STAMP ...

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

前情提要如果您在学习本教程中存在...1背景知识-Shell入门本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 测试数据刘博士帮

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