【求助】用Python实现两序列的全局比对【动态规划】

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序列比对(一)——全局比对Needleman-Wunsch算法

原创:hxj7 前言 序列比对是生信领域的一...所谓全局比对算法,就是根据一个打分矩阵(替换矩阵)计算出序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了,我们只需看看其中的关键点及实现代码。 关键点 1...

Global Alignment(全局比对)--从算法(Needleman-Wunsch)到python实现

很早就知道有全局比对和局部比对这种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求,需要手动写一个...

Python设计双序列全局比对的程序——生物信息

“**双序列比对**”一般来说,是对个DNA或蛋白质序列进行比较,从而找出两者之间最大的相似性匹配。主要是为了确定序列之间的相似性源自于同源性,按照一定的规律进行排序。 比对过程中,错配与突变相对应,而...

动态编程之序列比对:Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

1. 加分规则S(a,b) = 10 (a=b)S(a,b) = -3(a!... 动态规划算法:全局比对算法Needleman-Wunsch思路:从第一个到最后一个,一个个比,一条序列比个遍,然后得出最优解example:局部比对Smith-Wate...

1.序列比较算法(全局序列比对及局部序列比对python实现

序列全局比对及算法 Needleman-Wunsch 算法:动态规划法 输入值:条序列、替换记分矩阵以确定不同字母间的相似度得分,以及空位罚分 双序列局部比对算法 局部比对的计算公式在全局比对的基础上增加了第四个元素...

序列比对:Needleman-Wunsch 算法

比对两序列时,不仅要考虑完全匹配的字符,还要考虑一个序列中的空格或间隙(或者,相反地,要考虑另一个序列中的插入部分)和不匹配,在序列比对中,需要找到最优的比对(最优比对大致是指要将匹配的数量最大化...

用动态规划法求解生物信息学中DNA序列比对的问题 (交叉学科应用实验)

#include#include#includeusing namespace std;stack s;//当前搜索路径的LCSstack lcs[100];//所有的LCSint count=0;//记录LCS的数量bool lcs_have_exist(stack lcs[],int count,stack s){//判断当前搜索的LCS是否已...

序列全局比对算法与双序列局部比对算法

使用Perl编程语言实现了双序列全局比对Needleman Wunsch算法,以及双序列局部比对Smith Waterman算法。该资源也可在github上下载:https://github.com/GouXiangJian/two_seq_alignment

利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 ...

BLAST-动态规划算法

算法思想很简单,利用动态规划全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里个碱基若匹配得1分,不匹配和空位(对应碱基的插入或缺失)都会罚1分,这是最简单的打分函数,实际的要远比这复杂,这里不做讨论。

Python_常见问题理解及面试宝典(1)

为了帮助大家应对面试时可能遇到的各种Python技术问题,我搜罗了各种资料,将这些面试问题大致分为四类: 是什么(what) 如何做(how) 说区别/谈优势(difference) 实践操作(practice) 一. WHAT 1)什么是...

Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法

 全局序列比对 尝试找到个完整的序列 S1 和 S2 之间的最佳比对。如S1=GCCCTAGCG S2=GCGCAATG 如果设定每个匹配字符为1分,每个空格为-2分,每个不匹配为-1分,则下面的比对就是全局最优比对:S1'=GCCCTAGCG S2'=...

Python中遍历pandas数据的几种方法介绍及效率对比

Pandas是python的一个数据分析包,提供了大量的快速便捷处理数据的函数和方法。 对pandas数据遍历的几种方法: 1.for…in循环迭代方式 2.iterrows()生成器方式 3.apply()方法循环方式 4.Pandas series 的矢量化方式 ...

bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

一、转录组还是基因组?...其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序,那map工作就会在

vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)

两两比对 搜索 重排与排序 抽样 物种分类 处理UDB数据库索引 描述 输入 参数 通用参数 嵌合体检测参数 聚类参数 序列去冗余 屏蔽序列选项 成对比对选项 搜索选项 洗牌参数 排序参数 抽样参数 P29 物种分类 索引...

基于python全局与局部序列比对实现(DNA)

全局比对2.局部比对总结 程序能实现什么 a.完成gap值的自定义输入以及条需比对序列的输入 b.完成得分矩阵的计算及输出 c.输出序列比对结果 d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制 一、实现步骤 1.用户输入步骤 a...

mod_python官方手册翻译-全文

第一章简介1.1性能使用mod_python的主要优势在于比传统CGI更高的性能。一个测试,使用在Pentium 1.2GHz的机器上运行Red Hat Linux 7.3。使用4种类型的脚本,基于标准的CGI导入模块(以典型的Python CGI脚本开始),...

Python中遍历pandas数据的几种方法介绍和效率对比说明

Pandas是python的一个数据分析包,提供了大量的快速便捷处理数据的函数和方法。其中Pandas定义了Series 和 DataFrame种数据类型,这使数据操作变得更简单。Series 是一种一维的数据结构,类似于将列表数据值与索引...

真核生物基因组的基因分析和预测

密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等); 了解同源基因预测的意义所在; 熟悉已有的基因预测的使用(如GenScan、GeneWise等); 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Intel(R) Core(TM)i7-4710MQ...

七周成为数据分析师—Excel函数篇

世界上的数据分析师分为类,使用Excel的分析师,和其他分析师。 本文是《七周成为数据分析师》的第一篇教程,如果想要了解写作初衷,可以先行阅读七周指南。温馨提示:如果您已经熟悉Excel,大可不必再看这篇

Python 方法调用机制

制作自定义序列 反射 可调用对象 上下文管理 构建描述符对象 Pickling你的对象 总结 附录:如何调用神奇方法 1.介绍 这份指南是几个月内最有价值的Blog投稿精华。它的主题是向大家讲述...

廖雪峰Python 3.X 教程

Python简介 Python是著名的“龟叔”Guido van Rossum在1989年圣诞节期间,为了打发无聊的圣诞节而编写的一个编程语言。 现在,全世界差不多有600多种编程语言,但流行的编程语言也就那么20来种。如果你听说过TIOBE...

序列比对(三)——局部联配Smith-Waterman算法

序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法 序列比对(二)Needleman-Wunsch算法之仿射罚分 所谓局部联配,就是序列的子序列的联配。局部联配算法就是找到联配得分最高的子序列。其中最常见的就是Smith-...

python练习案例100例(每天坚持一粒,按时服下)

题目1:有四个数字:1、2、3、4,能组成多少个互不相同...三个for循环嵌套输出,并用range()函数进行划定范围1到4,外加if条件语句进行判断三个数字不相等 代码解析: #!/usr/bin/python # -*- coding: UTF-8...

廖雪峰Python 2.X 教程

Python简介 Python是著名的“龟叔”Guido van Rossum在1989年圣诞节期间,为了打发无聊的圣诞节而编写的一个编程语言。 现在,全世界差不多有600多种编程语言,但流行的编程语言也就那么20来种。如果你听说过TIOBE...

简单双序列比对实现

文章目录序列对比过程中的罚分规则选择的序列名称具体的序列infodotplot实现采用蛋白质进行dotplot 序列对比过程中的罚分规则 选择的序列 名称 选择的序列是冠状病毒envelop的gene序列 NC_045512.2:26245-26472 ...

从头预测法&Rosetta

从头预测,来源于拉丁文ab initio或de novo,严格的讲,这两者是有区别的,前者ab initio意思是from tlIe beginning,指基于第一性原则(6rst principles)而不依靠同源序列、数据库、二级结构等其它信息,仅靠一条...

Python DB-API 2.0规范

Python DB-API 2.0规范 PEP:  249 标题: Python Database API Specification v2.0 版本: 83893e13db91 修改日期: 2008-03-03 12:37:19 +0000 (Mon, 03 Mar 2008) 作者: Marc-...

序列比对(二)——Needleman-Wunsch算法之仿射罚分

关于全局比对Needleman-Wunsch算法的介绍及线性罚分的实现代码请参考序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法。 概念引用如下: 线性罚分,即penalty=g*d,其中g为空位长度,d为一个空位的罚分。 仿射型罚分,...

Python3.2.3官方文档(中文版)高清完整PDF

Python3.2.3官方文档(中文版) 由笔者自己翻译,有不当之处希望在博客上相互交流

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