【求助】用Python实现两序列的全局比对【动态规划】

呱唧出走了 2020-10-16 07:33:19

序列1：AACGTACTCA；
序列2：TCGTACTCT。
要求：运用python语言基于动态规划的思想编程实现以上两序列的全局比对，并分别输出下列打分规则下的最优比对结果。
打分规则：
（1）match:9, mismatch=-6, insertion=deletion=-2分；
（2）match:9, mismatch=-3, insertion=deletion=-2分.

各位大佬帮帮我这个小菜鸡 QAQ

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秋千Swing0_0 2020-10-19

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https://www.jianshu.com/p/6bedaa9f6de1 自己慢慢理解吧

该Perl脚本使用Needleman_Wunsch算法，进行两条序列的全局比对。此脚本使用方法很简单，打开脚本，看看脚本第三行，按照使用要求，简单的改一下就可以了。该资源也可在github上下载：https://github.com/GouXiangJian/two_seq_alignment

CS410人工智能（B类）2021-2022秋季学期的个人大作业，内容是应用三种算法（动态规划、A*、遗传算法）分别解决多序列比对问题。其中包括database、query和所有的源码。

程序能实现什么 a.完成gap值的自定义输入以及两条需比对序列的输入 b.完成得分矩阵的计算及输出 c.输出序列比对结果 d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制一、实现步骤 1.用户输入步骤 a.输入自定义的gap值 b.输入需要比对的碱基序列1（A,T,C,G）换行表示输入完成 b.输入需要比对的碱基序列2（A,T,C,G）换行表示输入完成输入（示例）： 2.代码实现步骤 1.获取到用户输入的gap，s以及t 2.调用构建得分矩阵函数，得到得分矩阵以及方向矩阵 3.将得到的得分矩阵及方向矩阵作为参数传到回溯函数中开始回溯得到路径，路径存储使用的是全局变量，存的仍然是方向而

任选一种编程语言，设计一个双序列全局比对的程序。要求： 1）输入两条蛋白质序列，输出比对结果例如： Alignment Score: 12345 E E E E E K K K K K A A A A A F F F E E E E E – – – – – B B B B B F F F 2）使用BLOSUM62矩阵来对序列中氨基酸符号的match和mismatch打分。 3）使用动态规划的方法（Needleman-Wunsch算法）。 4）计算空位（gap）的罚分时，使用仿射空位罚分策略，gap opening的分数为-11，gap extension的分数为-1。 5）测试程序时

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