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如何用Python编写高通量短核酸序列的比对算法
维C瓢虫
2020-11-26 07:45:01
各位大佬,请问PCR产物的高通量测序结果如何比对分析,就是对几百万条序列分别与参考序列(唯一)进行比对,最后得出所有的突变类型与各突变的占比,并进行排序,请问如何用Python进行算法构建,可以推荐类似的算法结构吗?刚入门的小白,找不到可以临摹的算法,希望各位大佬不吝赐教,感谢
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如何用Python编写高通量短核酸序列的比对算法
各位大佬,请问PCR产物的高通量测序结果如何比对分析,就是对几百万条序列分别与参考序列(唯一)进行比对,最后得出所有的突变类型与各突变的占比,并进行排序,请问如何用Python进行算法构建,可以推荐类似的算法结构吗?刚入门的小白,找不到可以临摹的算法,希望各位大佬不吝赐教,感谢
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python
c语言实现_用
Python
和C语言实现DNA双
序列
全局
比对
(Needleman-Wnnsch
算法
)
双
序列
全局
比对
主要是依据Needleman-Wnnsch
算法
来进行整个过程分为三步1.设置一个矩阵:第一条
序列
长m,沿x轴排列,第二条
序列
长n,沿y轴排列2.设置打分矩阵,根据适当的打分公式来对对应的碱基进行打分,有四种情况:1.两碱基完全匹配2.不匹配3.第一条
序列
引入空位4.第二条
序列
引入空位3.反向寻找最佳
比对
,通过回溯法,从打分矩阵的右下方最大得分处,往左上方寻找最大值。所谓动态规划表示最...
【
序列
比对
】Needleman-Wunsch(全局)和Smith-Waterman(局部)
算法
py实现(多条回溯路径,三叉树思路,超详细注释)
超详细注释,py实现Needleman-Wunch和Smith-Waterman
算法
,多条回溯路径
c语言双
序列
全局
比对
,基于动态规划进行双
序列
全局
比对
说明
核酸
序列
打分
算法
脚本,基于动态规划进行双
序列
全局
比对
,得到两条DNA
序列
的相似度并打分,但程序还有一些问题,在匹配长
序列
的时候还不够完善.环境Linux、
Python
3.6实例commandresult以下为代码# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Wed Feb 19 13:42:52 2020@author: moDDEmail:312198221@qq...
蛋白质一级结构全局
比对
Needleman-Wunsch
算法
的
Python
实现
里面,由于matrix1索引为0的行(列)是留出来写
序列
的(后来发现好像numpy的matrix似乎写不进字符串),索引为1的行(列)是用来空对比的(或者说是gap对比),所以我们。计算得到的最总分数里存在两个相同的最大值,也就是存在多条回溯路径,那么该怎么实现多个输出呢,或者说设计一个优先级的判断……为配对分数的一个简易库(因为嫌麻烦所以只写了需要用到的,如果是
核酸
序列
那就更简单了),并且可以查询得到配对分数。为溯回矩阵,用于记录各配对得分的来源,以及最终对比结果的输出。第i个残基在矩阵中的位置。
序列
比对
-BLAST
一.BWA BWA主要是将reads
比对
到大型基因组上,主要功能是:
序列
比对
。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation,BWT压缩
算法
)为大型参考基因组建立索引,然后将reads
比对
到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似
算法
组成: BWA-backtrack,BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。 三种
算法
的使用范围 BWA-back...
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