给.fasta中序列ID添加上物种注释信息

Win汤er 2020-12-28 10:48:57

请问一下我有一个.fasta格式的序列文件如下：
以及一个注释信息表（每条ID对应物种信息），如何把物种注释信息合并到.fasta文件中序列ID上去

...全文

4200 回复打赏收藏转发到动态举报

写回复

回复

切换为时间正序

请发表友善的回复…

发表回复

当你有一个ID文件，该如何批量提取所对应的fasta序列？

data = {“ID”： [序列中 s 的 s.id]， “GC含量”： [gc_fraction（s.seq） * 100 序列中的 s]}print（f“ID： {record.id}，序列长度： {len（record.seq）}”）print（f“{seq_record.id} 的GC含量： {gc_content：.2f}%”）plt.bar（df[“ID”]， df[“GC含量”]， color=“skyblue”）GC含量是基因序列的重要特征，与基因功能和稳定性密切相关。

FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名fa,fasta,fna等。fasta文件中，第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的，序列ID部分可以包含注释信息。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。序列部分可以在一行，也可以分成多行。 CSV文件是最通用的一种文件格式，它可以非常容易地被导入各种PC表格及数据库中。此文件

写在前面 Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件，发表于2004年，其后不断更新，直到今日。我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影。在几年前，我写了系列 Mapman 软件使用指南，其后看到国内其他公众号或网课平台也发布类似内容。从某种角度来说，都推广了Mapman的使用。甚至有人误以为我参与了Mapman的开发。很遗憾，我没有这个机会，似乎也没有这个能力。不过，在软件使用上，我还是一下子就掌握的。Mapman使用的开始，需要对物种全基因组的蛋白序列进行Ma.

前面我们介绍了fastq格式文件的处理，大概有20多个案例，掌握了这些案例，后面拿到fastq格式之后就可以根据需求，使用合适的软件工具进行处理了，从这次内容开始，我们将逐渐介绍fasta格式文件的处理。相比于fastq格式，fasta格式处理更加容易。1 文件格式介绍FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名fa,fas...

745

社区成员

900

社区内容

发帖

与我相关

我的任务

社区管理员

加入社区

近7日
近30日
至今

加载中

查看更多榜单

社区公告

暂无公告

试试用AI创作助手写篇文章吧

+ 用AI写文章