给.fasta中序列ID添加上物种注释信息

Win汤er 2020-12-28 10:48:57

请问一下我有一个.fasta格式的序列文件如下：
以及一个注释信息表（每条ID对应物种信息），如何把物种注释信息合并到.fasta文件中序列ID上去

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当你有一个ID文件，该如何批量提取所对应的fasta序列？

data = {“ID”： [序列中 s 的 s.id]， “GC含量”： [gc_fraction（s.seq） * 100 序列中的 s]}print（f“ID： {record.id}，序列长度： {len（record.seq）}”）print（f“{seq_record.id} 的GC含量： {gc_content：.2f}%”）plt.bar（df[“ID”]， df[“GC含量”]， color=“skyblue”）GC含量是基因序列的重要特征，与基因功能和稳定性密切相关。

FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名fa,fasta,fna等。fasta文件中，第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的，序列ID部分可以包含注释信息。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。序列部分可以在一行，也可以分成多行。 CSV文件是最通用的一种文件格式，它可以非常容易地被导入各种PC表格及数据库中。此文件

写在前面 Mapman 是一款为植物通路分析专门设计的界面化软件，发表于2004年，其后不断更新，直到今日。我们也常常能在近期发表的一些文章中看到 Mapman 输出图稿的身影。在几年前，我写了系列 Mapman 软件使用指南，其后看到国内其他公众号或网课平台也发布类似内容。从某种角度来说，都推广了Mapman的使用。甚至有人误以为我参与了Mapman的开发。很遗憾，我没有这个机会，似乎也没有这个能力。不过，在软件使用上，我还是一下子就掌握的。Mapman使用的开始，需要对物种全基因组的蛋白序列进行Ma.

每一种生物软件都有固定的文件格式要求。了解文件格式才能快速分辨文件的功能。从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。

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