Atomic Simulation Environment (ASE)中.traj文件如何打开

liusouen 2021-01-12 12:10:00

ASE官网上说 $ ase gui xxx.traj 运行，但是运行之后显示
SyntaxError: unqualified exec is not allowed in function 'runtest_almost_no_magic' it contains a nested function with free variables
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原子模拟环境 ASE是一套工具和Python模块，用于设置，操作，运行，可视化和分析原子模拟。网页：：要求 3.6或更高版本（基本N维数组包）（科学计算图书馆）选修的：对于ASE的GUI：（二维绘图） tkinter（用于ase.gui）烧瓶（用于ase.db Web界面）安装将~/ase添加到$ PYTHONPATH环境变量中，然后将~/ase/bin添加到$ PATH（假设~/ase是ASE文件夹所在的位置）。测验请运行测试： $ ase test # takes 1 min. 如果测试失败，则将输出发送给我们。接触邮件列表：：#node在freenode.net上请向我们发送错误报告，补丁，代码，想法和问题。例子使用NWChem优化氢分子的几何结构： >>> from ase import Atoms >>> f

JAVA开发人员必备是HTML格式的 JavaTM 2 Platform Standard Edition 6 API 规范本文档是 Java 2 Platform Standard Edition 6.0 的 API 规范。请参见：描述 Java 2 Platform 软件包 java.applet 提供创建 applet 所必需的类和 applet 用来与其 applet 上下文通信的类。 java.awt 包含用于创建用户界面和绘制图形图像的所有类。 java.awt.color 提供用于颜色空间的类。 java.awt.datatransfer 提供在应用程序之间和在应用程序内部传输数据的接口和类。 java.awt.dnd Drag 和 Drop 是一种直接操作动作，在许多图形用户界面系统中都会遇到它，它提供了一种机制，能够在两个与 GUI 中显示元素逻辑相关的实体之间传输信息。 java.awt.event 提供处理由 AWT 组件所激发的各类事件的接口和类。 java.awt.font 提供与字体相关的类和接口。 java.awt.geom 提供用于在与二维几何形状相关的对象上定义和执行操作的 Java 2D 类。 java.awt.im 提供输入方法框架所需的类和接口。 java.awt.im.spi 提供启用可以与 Java 运行时环境一起使用的输入方法开发的接口。 java.awt.image 提供创建和修改图像的各种类。 java.awt.image.renderable 提供用于生成与呈现无关的图像的类和接口。 java.awt.print 为通用的打印 API 提供类和接口。 java.beans 包含与开发 beans 有关的类，即基于 JavaBeansTM 架构的组件。 java.beans.beancontext 提供与 bean 上下文有关的类和接口。 java.io 通过数据流、序列化和文件系统提供系统输入和输出。 java.lang 提供利用 Java 编程语言进行程序设计的基础类。 java.lang.annotation 为 Java 编程语言注释设施提供库支持。 java.lang.instrument 提供允许 Java 编程语言代理检测运行在 JVM 上的程序的服务。 java.lang.management 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javax.imageio.metadata 用于处理读写元数据的 Java Image I/O API 的包。 javax.imageio.plugins.bmp 包含供内置 BMP 插件使用的公共类的包。 javax.imageio.plugins.jpeg 支持内置 JPEG 插件的类。 javax.imageio.spi 包含用于 reader、writer、transcoder 和流的插件接口以及一个运行时注册表的 Java Image I/O API 包。 javax.imageio.stream Java Image I/O API 的一个包，用来处理从文件和流中产生的低级别 I/O。 javax.management 提供 Java Management Extensions 的核心类。 javax.management.loading 提供实现高级动态加载的类。 javax.management.modelmbean 提供了 ModelMBean 类的定义。 javax.management.monitor 提供 monitor 类的定义。 javax.management.openmbean 提供开放数据类型和 Open MBean 描述符类。 javax.management.relation 提供 Relation Service 的定义。 javax.management.remote 对 JMX MBean 服务器进行远程访问使用的接口。 javax.management.remote.rmi RMI 连接器是供 JMX Remote API 使用的一种连接器，后者使用 RMI 将客户端请求传输到远程 MBean 服务器。 javax.management.timer 提供对 Timer MBean（计时器 MBean）的定义。 javax.naming 为访问命名服务提供类和接口。 javax.naming.directory 扩展 javax.naming 包以提供访问目录服务的功能。 javax.naming.event 在访问命名和目录服务时提供对事件通知的支持。 javax.naming.ldap 提供对 LDAPv3 扩展操作和控件的支持。 javax.naming.spi 提供一些方法来动态地插入对通过 javax.naming 和相关包访问命名和目录服务的支持。 javax.net 提供用于网络应用程序的类。 javax.net.ssl 提供用于安全套接字包的类。 javax.print 为 JavaTM Print Service API 提供了主要类和接口。 javax.print.attribute 提供了描述 JavaTM Print Service 属性的类型以及如何分类这些属性的类和接口。 javax.print.attribute.standard 包 javax.print.attribute.standard 包括特定打印属性的类。 javax.print.event 包 javax.print.event 包含事件类和侦听器接口。 javax.rmi 包含 RMI-IIOP 的用户 API。 javax.rmi.CORBA 包含用于 RMI-IIOP 的可移植性 API。 javax.rmi.ssl 通过安全套接字层 (SSL) 或传输层安全 (TLS) 协议提供 RMIClientSocketFactory 和 RMIServerSocketFactory 的实现。 javax.security.auth 此包提供用于进行验证和授权的框架。 javax.security.auth.callback 此包提供与应用程序进行交互所必需的类，以便检索信息（例如，包括用户名和密码的验证数据）或显示信息（例如，错误和警告消息）。 javax.security.auth.kerberos 此包包含与 Kerberos 网络验证协议相关的实用工具类。 javax.security.auth.login 此包提供可插入的验证框架。 javax.security.auth.spi 此包提供用于实现可插入验证模块的接口。 javax.security.auth.x500 此包包含应该用来在 Subject 中存储 X500 Principal 和 X500 Private Crendentials 的类。 javax.security.cert 为公钥证书提供类。 javax.security.sasl 包含用于支持 SASL 的类和接口。 javax.sound.midi 提供用于 MIDI（音乐乐器数字接口）数据的 I/O、序列化和合成的接口和类。 javax.sound.midi.spi 在提供新的 MIDI 设备、MIDI 文件 reader 和 writer、或音库 reader 时提供服务提供者要实现的接口。 javax.sound.sampled 提供用于捕获、处理和回放取样的音频数据的接口和类。 javax.sound.sampled.spi 在提供新音频设备、声音文件 reader 和 writer，或音频格式转换器时，提供将为其创建子类的服务提供者的抽象类。 javax.sql 为通过 JavaTM 编程语言进行服务器端数据源访问和处理提供 API。 javax.sql.rowset JDBC RowSet 实现的标准接口和基类。 javax.sql.rowset.serial 提供实用工具类，允许 SQL 类型与 Java 编程语言数据类型之间的可序列化映射关系。 javax.sql.rowset.spi 第三方供应商在其同步提供者的实现中必须使用的标准类和接口。 javax.swing 提供一组“轻量级”（全部是 Java 语言）组件，尽量让这些组件在所有平台上的工作方式都相同。 javax.swing.border 提供围绕 Swing 组件绘制特殊边框的类和接口。 javax.swing.colorchooser 包含供 JColorChooser 组件使用的类和接口。 javax.swing.event 供 Swing 组件触发的事件使用。 javax.swing.filechooser 包含 JFileChooser 组件使用的类和接口。 javax.swing.plaf 提供一个接口和许多抽象类，Swing 用它们来提供自己的可插入外观功能。 javax.swing.plaf.basic 提供了根据基本外观构建的用户界面对象。 javax.swing.plaf.metal 提供根据 Java 外观（曾经代称为 Metal）构建的用户界面对象，Java 外观是默认外观。 javax.swing.plaf.multi 提供了组合两个或多个外观的用户界面对象。 javax.swing.plaf.synth Synth 是一个可更换皮肤 (skinnable) 的外观，在其中可委托所有绘制。 javax.swing.table 提供用于处理 javax.swing.JTable 的类和接口。 javax.swing.text 提供类 HTMLEditorKit 和创建 HTML 文本编辑器的支持类。 javax.swing.text.html 提供类 HTMLEditorKit 和创建 HTML 文本编辑器的支持类。 javax.swing.text.html.parser 提供默认的 HTML 解析器以及支持类。 javax.swing.text.rtf 提供一个类 (RTFEditorKit)，用于创建富文本格式（Rich-Text-Format）的文本编辑器。 javax.swing.tree 提供处理 javax.swing.JTree 的类和接口。 javax.swing.undo 允许开发人员为应用程序（例如文本编辑器）中的撤消/恢复提供支持。 javax.transaction 包含解组期间通过 ORB 机制抛出的三个异常。 javax.transaction.xa 提供定义事务管理器和资源管理器之间的协定的 API，它允许事务管理器添加或删除 JTA 事务中的资源对象（由资源管理器驱动程序提供）。 javax.xml 根据 XML 规范定义核心 XML 常量和功能。 javax.xml.bind 为包含解组、编组和验证功能的客户端应用程序提供运行时绑定框架。 javax.xml.bind.annotation 定义将 Java 程序元素定制成 XML 模式映射的注释。 javax.xml.bind.annotation.adapters XmlAdapter 及其规范定义的子类允许任意 Java 类与 JAXB 一起使用。 javax.xml.bind.attachment 此包由基于 MIME 的包处理器实现，该处理器能够解释并创建基于 MIME 的包格式的已优化的二进制数据。 javax.xml.bind.helpers 仅由 JAXB 提供者用于：提供某些 javax.xml.bind 接口的部分默认实现。 javax.xml.bind.util 有用的客户端实用工具类。 javax.xml.crypto 用于 XML 加密的通用类。 javax.xml.crypto.dom javax.xml.crypto 包的特定于 DOM 的类。 javax.xml.crypto.dsig 用于生成和验证 XML 数字签名的类。 javax.xml.crypto.dsig.dom javax.xml.crypto.dsig 包特定于 DOM 的类。 javax.xml.crypto.dsig.keyinfo 用来解析和处理 KeyInfo 元素和结构的类。 javax.xml.crypto.dsig.spec XML 数字签名的参数类。 javax.xml.datatype XML/Java 类型映射关系。 javax.xml.namespace XML 名称空间处理。 javax.xml.parsers 提供允许处理 XML 文档的类。 javax.xml.soap 提供用于创建和构建 SOAP 消息的 API。 javax.xml.stream javax.xml.stream.events javax.xml.stream.util javax.xml.transform 此包定义了用于处理转换指令，以及执行从源到结果的转换的一般 API。 javax.xml.transform.dom 此包实现特定于 DOM 的转换 API。 javax.xml.transform.sax 此包实现特定于 SAX2 的转换 API。 javax.xml.transform.stax 提供特定于 StAX 的转换 API。 javax.xml.transform.stream 此包实现特定于流和 URI 的转换 API。 javax.xml.validation 此包提供了用于 XML 文档验证的 API。 javax.xml.ws 此包包含核心 JAX-WS API。 javax.xml.ws.handler 该包定义用于消息处理程序的 API。 javax.xml.ws.handler.soap 该包定义用于 SOAP 消息处理程序的 API。 javax.xml.ws.http 该包定义特定于 HTTP 绑定的 API。 javax.xml.ws.soap 该包定义特定于 SOAP 绑定的 API。 javax.xml.ws.spi 该包定义用于 JAX-WS 2.0 的 SPI。 javax.xml.xpath 此包提供了用于 XPath 表达式的计算和访问计算环境的 object-model neutral API。 org.ietf.jgss 此包提供一个框架，该框架允许应用程序开发人员通过利用统一的 API 使用一些来自各种基础安全机制（如 Kerberos）的安全服务，如验证、数据完整性和和数据机密性。 org.omg.CORBA 提供 OMG CORBA API 到 JavaTM 编程语言的映射，包括 ORB 类，如果已实现该类，则程序员可以使用此类作为全功能对象请求代理（Object Request Broker，ORB）。 org.omg.CORBA_2_3 CORBA_2_3 包定义对 Java[tm] Standard Edition 6 中现有 CORBA 接口所进行的添加。 org.omg.CORBA_2_3.portable 提供输入和输出值类型的各种方法，并包含 org/omg/CORBA/portable 包的其他更新。 org.omg.CORBA.DynAnyPackage 提供与 DynAny 接口一起使用的异常（InvalidValue、Invalid、InvalidSeq 和 TypeMismatch）。 org.omg.CORBA.ORBPackage 提供由 ORB.resolve_initial_references 方法抛出的异常 InvalidName，以及由 ORB 类中的动态 Any 创建方法抛出的异常 InconsistentTypeCode。 org.omg.CORBA.portable 提供可移植性层，即可以使一个供应商生成的代码运行在另一个供应商 ORB 上的 ORB API 集合。 org.omg.CORBA.TypeCodePackage 提供用户定义的异常 BadKind 和 Bounds，它们将由 TypeCode 类中的方法抛出。 org.omg.CosNaming 为 Java IDL 提供命名服务。 org.omg.CosNaming.NamingContextExtPackage 此包包含以下在 org.omg.CosNaming.NamingContextExt 中使用的类： AddressHelper StringNameHelper URLStringHelper InvalidAddress 包规范有关 Java[tm] Platform, Standard Edition 6 ORB 遵守的官方规范的受支持部分的明确列表，请参阅 Official Specifications for CORBA support in Java[tm] SE 6。 org.omg.CosNaming.NamingContextPackage 此包包含 org.omg.CosNaming 包的 Exception 类。 org.omg.Dynamic 此包包含 OMG Portable Interceptor 规范 http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?ptc/2000-08-06 的第 21.9 小节中指定的 Dynamic 模块。 org.omg.DynamicAny 提供一些类和接口使得在运行时能够遍历与 any 有关联的数据值，并提取数据值的基本成分。 org.omg.DynamicAny.DynAnyFactoryPackage 此包包含 DynamicAny 模块的 DynAnyFactory 接口中的类和异常，该模块在 OMG The Common Object Request Broker: Architecture and Specification http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?formal/99-10-07 的第 9.2.2 小节中指定。 org.omg.DynamicAny.DynAnyPackage 此包包含 DynAny 模块的 DynAnyFactory 接口中的类和异常，该模块在 OMG The Common Object Request Broker: Architecture and Specification http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?formal/99-10-07 的第 9.2 小节中指定。 org.omg.IOP 此包包含在 OMG 文档 The Common Object Request Broker: Architecture and Specification http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?formal/99-10-07 的 13.6.小节中指定的 IOP 模块。 org.omg.IOP.CodecFactoryPackage 此包包含 IOP::CodeFactory 接口中指定的异常（作为 Portable Interceptor 规范的一部分）。 org.omg.IOP.CodecPackage 此包根据 IOP::Codec IDL 接口定义生成。 org.omg.Messaging 此包包含 OMG Messaging Interceptor 规范 http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?formal/99-10-07 中指定的 Messaging 模块。 org.omg.PortableInterceptor 提供一个注册 ORB 钩子 (hook) 的机制，通过这些钩子 ORB 服务可以截取执行 ORB 的正常流。 org.omg.PortableInterceptor.ORBInitInfoPackage 此包包含 OMG Portable Interceptor 规范 http://cgi.omg.org/cgi-bin/doc?ptc/2000-08-06 的第 21.7.2 小节中指定的 PortableInterceptor 模块的 ORBInitInfo 本地接口中的异常和 typedef。 org.omg.PortableServer 提供一些类和接口，用来生成跨多个供应商 ORB 的可移植应用程序的服务器端。 org.omg.PortableServer.CurrentPackage 提供各种方法实现，这些实现能够访问调用方法的对象的身份。 org.omg.PortableServer.POAManagerPackage 封装 POA 关联的处理状态。 org.omg.PortableServer.POAPackage 允许程序员构造可在不同 ORB 产品间移植的对象实现。 org.omg.PortableServer.portable 提供一些类和接口，用来生成跨多个供应商 ORB 的可移植应用程序的服务器端。 org.omg.PortableServer.ServantLocatorPackage 提供定位 servant 的类和接口。 org.omg.SendingContext 为值类型的编组提供支持。 org.omg.stub.java.rmi 包含用于 java.rmi 包中出现的 Remote 类型的 RMI-IIOP Stub。 org.w3c.dom 为文档对象模型 (DOM) 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