在Linux上没有办法下载hisat2，求各路大神帮忙看看

Shaquila_Chau 2021-01-15 11:12:40

本人生物信息小白，对Linux环境还在摸索中，我在Linux服务器上下载不了hisat2，请问该如何解决？

我试过在网页上是可以打开网站的，但是在Linux上就说没有办法解释host address
求解答！谢谢！

...全文

3327 1 打赏收藏转发到动态举报

写回复

1 条回复

切换为时间正序

请发表友善的回复…

发表回复

h2plus0 2021-01-15

打赏
举报

回复

这个是 https://github.com/infphilo/hisat2 源码，里面有Makefile, 一般输入 make 就可以编译了

1 HISAT2官网下载人类和小鼠的索引有现成的，HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示：选择hg19和mm10的index，文章中RNA-Seq测序数据，可以包括人类和小鼠的数据，因此需要小鼠和人类的索引。备注：实际我用迅雷（会员）进行下载，每个用时大概1个多小时。2 自己制作参考代码 1 开始比对：用hisat2，得到SAM文件首先启动miniconda3环境先看下hisat2的用法我的fastq文件在我的index在比对后得到的bam文件会存

p #多线程数 -x #参考基因组索引文件目录和前缀 -1 #双端测序中一端测序文件 -2 #同上 -S #输出的sam文件；1、进入minhe环境，cd命令进入 ~./miniconda3/pkgs(我的这个项目数据清洗所需软件的默认环境和安装位置，安装位置可以理解为软件的工作路径）所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列，会被分开，重新比对一次，判断中间是否有内含子。2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。

本文详细介绍了在Linux环境下，使用HISAT2手动去除RNA-seq数据中rRNA污染的全流程。从NCBI数据库精准下载并筛选rRNA参考序列，到构建HISAT2专属索引，最后通过比对分离出纯净的非rRNA读段。该流程透明可控，能有效提升转录组分析的数据洁净度与后续分析效率，是解决rRNA残留问题的可靠方案。

本文提供了一份在Linux环境下使用HISAT2高效去除RNA-seq数据中rRNA污染的实战指南。通过构建专属rRNA索引并进行比对过滤，该方法能精准去除残留的核糖体RNA序列，有效提升后续转录组分析的数据质量与准确性，是生信分析上游数据清洗的关键步骤。

本文详细介绍了如何在仅6G内存的老旧电脑上完成RNA-seq全流程分析，包括数据下载、质控、比对和计数等关键步骤。通过优化硬件配置、选择合适的软件工具（如HISAT2和featureCounts）以及实施内存管理技巧，即使是低配设备也能高效运行生信分析。文章还提供了实战代码和下游分析建议，帮助研究者在资源有限的情况下顺利完成基因表达研究。

745

社区成员

900

社区内容

发帖

与我相关

我的任务

社区管理员

加入社区

近7日
近30日
至今

加载中

查看更多榜单

社区公告

暂无公告

试试用AI创作助手写篇文章吧

+ 用AI写文章