在Linux上没有办法下载hisat2，求各路大神帮忙看看

Shaquila_Chau 2021-01-15 11:12:40

本人生物信息小白，对Linux环境还在摸索中，我在Linux服务器上下载不了hisat2，请问该如何解决？

我试过在网页上是可以打开网站的，但是在Linux上就说没有办法解释host address
求解答！谢谢！

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h2plus0 2021-01-15

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这个是 https://github.com/infphilo/hisat2 源码，里面有Makefile, 一般输入 make 就可以编译了

HISAT2Aligner HISAT2是一种快速灵敏的比对程序，可将下一代测序读数（DNA和RNA）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。请参阅了解该算法的详细信息。

hisat-0.1.6-beta-source.zip 转录组mapping软件

基于图的基因组比对和HISAT2和HISAT基因型的基因分型接触（）和（）抽象的下一代测序技术的飞速发展极大地改变了我们进行基因组规模分析的能力。用于大多数基因组分析的人类参考基因组仅代表少数个体，从而限制了其在基因分型中的用途。我们设计了一种新颖的方法HISAT2，用于表示和搜索人类参考基因组的扩展模型，其中将大量已知基因组变异和单倍型的目录合并到用于搜索和比对的数据结构中。与以往的方法相比，这种代表基因组种群的策略以及快速且高效存储的搜索算法可以实现更详细，更准确的变体分析。我们展示了HISAT2的两个初始应用：HLA分型（人体器官移植的关键需求）和DNA指纹识别，广泛用于法医学。这些应用是HISAT基因型的一部分，其性能不仅超越了早期的计算方法，而且达到或超过了基于实验室的测定的准确性。有关更多信息，请访问以下网站： HISAT2 HISAT2是一

希萨特 HISAT是一种快速灵敏的剪接比对程序，可用于绘制RNA-seq读图。 HISAT除了代表整个基因组的一个全球FM指数外，还使用大量小FM指数，这些指数共同覆盖了整个基因组（每个指数代表约64,000 bp的基因组区域，并且需要约48,000指数才能覆盖人类基因组））。这些小的索引（称为局部索引）与几种比对策略相结合，可以有效地比对RNA-seq读段，尤其是跨越多个外显子的读段。 HISAT的内存占用量相对较低（人类基因组约为4.3GB）。我已经基于Bowtie2实现开发了HISAT，以处理FM索引上的大多数操作。

介绍 nf-core / rnaseq是用于RNA测序数据的生物信息学分析管道。该管道是使用构建的，是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。发布后，自动连续集成测试将在从AWS云基础架构上的ENCODE Project Consortium获得的完整数据集上运行管道。这样可确保管道在AWS上运行，并设置了合理的资源分配默认值以在实际数据集上运行，并允许持久存储结果以在管道版本和其他分析源之间进行基准测试。完整测试的结果可以在nf-core网站上查看。管道摘要通过SRA，ENA或GEO ID下载FastQ文件并自动创建输入样本表（ ENA FTP ；如果需要）合并重新排序的FastQ文件（ cat ）读取QC（ FastQC ） UMI提取（ UMI-tools ）适配器和修

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