在Linux上没有办法下载hisat2，求各路大神帮忙看看

Shaquila_Chau 2021-01-15 11:12:40

本人生物信息小白，对Linux环境还在摸索中，我在Linux服务器上下载不了hisat2，请问该如何解决？

我试过在网页上是可以打开网站的，但是在Linux上就说没有办法解释host address
求解答！谢谢！

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h2plus0 2021-01-15

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这个是 https://github.com/infphilo/hisat2 源码，里面有Makefile, 一般输入 make 就可以编译了

该博客聚焦RNA-Seq上游分析，推荐使用HISAT2进行序列比对。介绍了比对目的及不同工具适用场景，指出HISAT2在找新isoform等方面的优势。还说明了获取index的方法，以及将fastq比对得到sam文件，再用samtools转为bam文件、排序索引，对bam文件QC，最后用IGV可视化结果的流程。

本文详细介绍了如何在Linux环境下安装和使用hisat2进行RNAseq序列比对，以及如何利用samtools将比对结果转化为bam文件并进行排序。在遇到比对率低的问题时，作者提供了排查方法。此外，还讲解了如何通过IGV查看比对结果，以及使用featureCounts进行注释和计数，强调了基因组和注释文件来源的一致性。

本文详细介绍在Linux环境下基于HISAT2手动去除RNA-seq数据中rRNA污染的完整生信流程：从NCBI下载RNA参考序列，筛选rRNA FASTA文件，构建HISAT2专用索引，执行比对并提取未比对读段（即非rRNA洁净数据），涵盖双/单端处理、跨物种适配及Shell脚本自动化。强调计算层面过滤原理、参数调优与质量评估，适用于提升下游定量准确性与分析效率。

本文介绍在Linux环境下利用HISAT2构建rRNA特异性索引，通过比对过滤策略精准剔除RNA-seq数据中的rRNA污染。涵盖rRNA序列提取（基于NCBI FASTA注释）、索引构建、双端数据过滤命令设计、比对率统计及效果验证等关键技术环节，强调计算可控性、高精度与可复用性，适用于人类及其他物种转录组预处理。

本文面向低配置设备用户，详细阐述如何在仅6GB内存的老旧电脑上完成RNA-seq从SRA下载、质控、HISAT2比对到featureCounts定量的完整流程。重点涵盖Linux系统优化、swap配置、轻量软件选型、HISAT2内存精简参数（如--no-spliced-alignment）、featureCounts高效计数策略及OOM应急处理，并验证于小鼠转录组数据集，证明资源受限环境下仍可获得可靠表达矩阵。

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