做正选择分析时，序列中的终止密码子如何去除？

doranicole 2021-02-05 03:05:38

在用paml或datamonkey做正选择分析，都要求核酸是3的倍数且不能有终止密码子，我将要用的5组线粒体基因组蛋白编码序列进行比对，总是出现序列有终止密码子的提示，且序列不是三的倍数，没有办法进行后续的分析，还请大神指教如何进行正确的比对

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qq_42381992 2022-12-15

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你解决了吗？

sxxiaocaiji 2022-03-01

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你好，请问一下你这个问题解决了，可以问问具体怎么解决的呀？谢谢

对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(Coding DNA Sequence，CDS)进行了比较研究。结果发现，各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖，编码区域不同区段对密码子选择使用的程度差异很大，表明基因的同义密码子偏性与其编码区不同区域的碱基环境密切相关；基因组差异是造成密码子使用偏性的首要因素。对“翻译起始区”和“翻译终止区”的特征分析发现，大部分供试物种编码序列中的“翻译起始区”碱基偏置强烈，“翻译终止区”相对较弱，暗示“

从异质性，系统发育和染色体分布方面分析了桑树基因组中LINE逆转座子的逆转录酶（rt）片段。我们使用简并引物对扩增并鉴定了rt的保守域。序列分析表明rt片段高度异质且富含A / T碱基。序列同一性为31.8％至99.4％。基于序列相似性，将rt片段分为八组。此外，在同一组克隆中，相似的终止密码子分布模式表明它们经历了相似的进化过程。有趣的是，对从桑树和其他13种植物中分离的rt片段的系统发育分析表明，两个远缘相关的类群（桑树和Pa药Paeonia suffruticosa）组合在一起。似乎这种现象不是由水平转座因子转移引起的。荧光原位杂交分析表明，大多数rt片段集中在桑树染色体的亚端和着丝粒附近，但这些元素在桑树基因组中并不丰富。未来的研究将集中于这些元素在桑树基因组的亚端粒和着丝粒附近的潜在作用。

用生物信息学方法对GenBank中拟南芥、油菜、大豆、矮牵牛和高梁等的类黄酮3′-羟化酶基因的cD-NA序列及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、功能域和进化关系进行了初步预测和分析。结果表明:不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列的相似性为69.5%,其起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA、TAG或TGA,包括5′,3′非翻译区和一个开放阅读框;不同植物类黄酮3′-羟化酶基因cDNA序列编码的氨基酸序列的理化性质基本一致,相似性为72.5%,含有6

AminoSee DNA查看器由汤姆·阿特金森（Tom Atkinson）易于安装 git clone https://github.com/tomachinz/AminoSee ; cd AminoiSee ; npm install ; ./installer.sh ; aminosee dna/* ; aminosee --test 将大型ascii-triplet DNA文件转换为png图像。 25种独特的色相代表4个起始/终止密码子和21个氨基酸。支持任何基于ASCII文本的基因组，例如FASTA，GBK，.txt，.gff等，如果它具有诸如GTAGCCTAGTCGATTCAG或UUGCUTGUTGUTGUTGTUCUT之类的文本，那么AminoSee可以为其绘制图像集！ Lyson AAA的三元组将在313呈现为靛蓝色可以将任何DNA序列转换为抽象图像的node命令，

为研究适合蜜蜂转基因需要的启动子，利用生物信息学知识和现有的生物信息资源，在NCBI数据库查询了西方蜜蜂肌动蛋白基因的编码序列，与西方蜜蜂基因组对比后，克隆、分析了西方蜜蜂肌动蛋白基因序列，该肌动蛋白基因有起始密码子(strart codon)ATG、开放阅读框(ORF)、终止密码子(stop codon)TAA、TATA框(-32 bp)、CAAT框(-69 bp)和ployA(+1396 bp)，这些都符合真核生物基因的一般特点，是一个较完整的基因。成功克隆了该启动子。

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