系统稳定性,怎么解决啊.

[东南西北风]

我现在有一台夏普的笔记电脑分了三个区,c盘FAT32格式装了日文版windows me ,d盘NTFS格式装了中文版的window 2000, e盘存放数据FAT32格式.问题是在2000上的桌面快捷方式过三四个月就会自动删除,并且在2000中开始-->程序中的所以菜单一个也没有了.
刚开始以为是黑客干的,可我把机子重装也是存在该问题.

NTFS文件系统是一种能够提供各种FAT版本所不具备的性能、安全性、可靠性与先进特性的高级文件系统。举例来说，NTFS通过标准事务日志功能与恢复技术确保卷的一致性。如果系统出现故障，NTFS能够使用日志文件与检查点信息来恢复文件系统的一致性。在Windows 2000和Windows XP中，NTFS还能提供诸如文件与文件夹权限、加密、磁盘配额以及压缩之类的高级特性。

我的2000系统为什么桌面上的快捷方式会三四个月后自动删除，开始-->程序中的所有快捷方式也没有了，说注册表有问题，系统可是我刚安装过的，再说如果修改注册表怎么去修改呢。

望高的指点.