庆祝国庆,散分

VC/MFC > 非技术类 [问题点数:200分,结帖人yzx0023]
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本版专家分:5722
勋章
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红花 2006年7月 移动平台大版内专家分月排行榜第一
2006年5月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
2005年3月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
2004年11月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
2004年9月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
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黄花 2006年6月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
2005年5月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
2005年1月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
2004年12月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
2004年10月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
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蓝花 2005年8月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第三
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本版专家分:1637
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勋章
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签到新秀 累计签到获取,不积跬步,无以至千里,继续坚持!
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本版专家分:43724
勋章
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微软MVP 2005年9月 荣获微软MVP称号
2008年10月 荣获微软MVP称号
2007年10月 荣获微软MVP称号
2006年10月 荣获微软MVP称号
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无聊客

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红花 2006年7月 移动平台大版内专家分月排行榜第一
2006年5月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
2005年3月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第一
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黄花 2006年6月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
2005年5月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第二
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蓝花 2005年8月 硬件/嵌入开发大版内专家分月排行榜第三
vcf文件分解

vcf文件分解

SNP分析软件

BEAM 安装 将压缩包所有文件解压到一个文件夹中,尤其包括libgsl.dll和libslcblas.dll这两个文件,当然也包括data.txt文件 ...如果需要加入SNP的ID和位置信息,参数设置parapmeter.txt文件中需设置INC_SNP_

plink做SNP筛选和GWAS

plink解决三个小问题

plink格式的ped和map文件及转化为012的方法

.map格式 ... map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称, 所在的染色体...2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重...

ANNOVAR 注释软件

ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不同的注释方法,Gene-based Annotation...

如何将原始SNP信息转化为0,1,2的矩阵形式

导入示例数据library(SNPassoc) data(SNPs) SNPs[1:8,1:8] idcascosexblood.preproteinsnp10001snp10002snp10003 1 1 Female 13.7 75640.52TT CC GG 2 1 Female 12.7

使用SnpEff 对SNP结果进行分析

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读:http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html一, 安装:首先...

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组   数据: 人全基因组(100多G,两个gz文件,已去接头,pe测序,90读长) 方法:call_snp_by_soapsnp 每步估计需要投多大(仅作参考): Bwa(13G): 从两个clean.fq...

perl应用:SNP的提取(2):从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl

我们从第一步中得到的是一个如下的文件: ##maf version=1 scoring=lastz.v1.02.00 # lastz.v1.02.00 --ambiguous=iupac --notransition --step=20 --nogapped --format=maf # # hsp_threshold = 3000 # gapped_...

SNP连锁不平衡图(LD)可视化R包LDheatmap的使用

理解SNPs之间的联系或连锁不平衡(LD)模式对于单体型的选择具有重要作用,然而,对于密集的SNP图谱,随着区域内SNPs数量的增加,很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够...

比对软件hisat2的使用

下载地址:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml官方手册:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#usage基因组比对软件常用bwa,转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等,其中有参考基因组的...

利用PLINK进行GWAS分析

PLINK软件输入文件的常见格式类型: 1,一般格式:PED/MAP 2,转置格式:TPED/TFAM 3,二进制格式:BED/BIM/FAM 几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式,读取速度快。BED文件包含SNP数据,是二...

如何利用SNP信息计算亲缘关系G矩阵

## 生成SNP文件信息# create marker data for 9 SNPs and 10 homozygous individuals snp9 (c( "AA", "AA", "AA", "BB", "AA", "AA", "AA", "AA", NA, "AA", "AA", "BB", "BB", "AA",

RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自:... ...HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。...

全基因组重测序数据分析

全基因组重测序数据分析 ... 1. 简介(Introduction) ...通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变,结构变异-SNV,包括重排突变(deletioin, duplication 以及copy number variation)以

GWAS | 全基因组关联分析 | PLINK | 实战 | 统计遗传学

参考:PLINK | File format reference vcftools   plink的主要功能:数据处理,质量控制的基本统计,群体分层分析,单位点的基本关联分析,家系数据的传递...(注意:这里的bed和我们genome里的区域文件bed完全...

【文献阅读笔记】(1):一篇手把手教你做GWAS的Guideline文献解读

A tutorial on conducting genome‐wide association studies : Quality control and statistical analysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2. PLINK的基础使用命令3. 遗传数据的质控3.1 使用HapMap数据进行数据...

Access很好用的报表快照Snapshot View(snp文件)

Access写数据库程序,还是蛮有用的。快捷、方便,容易上手。报表快照文件Snapshot View.snp

比较基因组学

以全基因组测序为目标的结构基因组学( structural genomics)。 以基因功能鉴定为目标的功能基因组学( functional genomics),又被称为后基因组( postgenome)。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于...

BIOS/UEFI基础——UEFI网络框架之SNP

BIOS/UEFI基础——UEFI网络框架之SNP

【数据库-3】dbSNP数据库

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ 单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP, The Single Nucleotide Polymorphism Database)是由NCBI与人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)合作建立的...

SnapKit使用详解

SnapKit使用详解

bcftools相关命令

bcftools最常用的子命令是index,index子命令主要用于对vcf文件进行查看,过滤和取子集。 bcftools view snp.merged.vcf.gz -s C001 -t ^1 -r2,3 -Oz -o snp.chr2_3.vcf.gz 这里来解释一下这些常用参数,-s为取...

全基因组关联分析(GWAS)常见问题(工具,概念,脚本)

vcftools plink的主要功能:数据处理,质量控制的基本统计,群体分层分析,单位点的基本关联分析,家系数据的传递不平衡检验,多点连锁分析,单倍体关联分析,拷贝数变异分析,Meta分析等等。...

plink提取指定样本和指定SNP的数据(keep,extract函数)

一、提取样本: 提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample ... 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID...

vcftools用法详解

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具 参考:vcftools使用手册 输入参数 –vcf < input_filename > 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf &...

生信学习笔记:利用GATK call SNP

生信学习笔记:利用GATK call SNP SNP是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。SNP在基因组中分布相当广泛,近来的研究表明在很多物种基因组中每300bp就出现一次。大量存在的SNP位点,使人们有...

GATK流程

(1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿...

oracle定时任务

DBMS_JOB系统包是Oracle“任务队列”子系统的API编程接口。DBMS_JOB包对于任务队列提供了下面这些功能:提交并且执行一个任务、改变任务的执行参数以及删除或者临时挂起任务等。...这两个文件被CATPROC.SQL脚本文件调用

序列比对-BLAST

一.BWA BWA主要是将reads比对到大型基因组上,主要功能是:序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation,BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引,然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。...

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