vcf文件分解

BEAM 安装 将压缩包所有文件解压到一个文件夹中，尤其包括libgsl.dll和libslcblas.dll这两个文件，当然也包括data.txt文件 ...如果需要加入SNP的ID和位置信息，参数设置parapmeter.txt文件中需设置INC_SNP_

plink解决三个小问题

.map格式 ... map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称, 所在的染色体...2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重...

ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不同的注释方法，Gene-based Annotation...

导入示例数据library(SNPassoc) data(SNPs) SNPs[1:8,1:8] idcascosexblood.preproteinsnp10001snp10002snp10003 1 1 Female 13.7 75640.52TT CC GG 2 1 Female 12.7

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读：http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html一， 安装：首先...

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组   数据： 人全基因组（100多G，两个gz文件，已去接头，pe测序，90读长） 方法：call_snp_by_soapsnp 每步估计需要投多大（仅作参考）： Bwa（13G）： 从两个clean.fq...

我们从第一步中得到的是一个如下的文件： ##maf version=1 scoring=lastz.v1.02.00 # lastz.v1.02.00 --ambiguous=iupac --notransition --step=20 --nogapped --format=maf # # hsp_threshold = 3000 # gapped_...

理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够...

下载地址：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml官方手册：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#usage基因组比对软件常用bwa，转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等，其中有参考基因组的...

PLINK软件输入文件的常见格式类型： 1，一般格式：PED/MAP 2，转置格式：TPED/TFAM 3，二进制格式：BED/BIM/FAM 几种格式之间可以相互转换。推荐使用BED/BIM/FAM这种格式，读取速度快。BED文件包含SNP数据，是二...

## 生成SNP文件信息# create marker data for 9 SNPs and 10 homozygous individuals snp9 (c( "AA", "AA", "AA", "BB", "AA", "AA", "AA", "AA", NA, "AA", "AA", "BB", "BB", "AA",

RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自：... ...HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。...

全基因组重测序数据分析 ... 1. 简介(Introduction) ...通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以

参考：PLINK | File format reference vcftools   plink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递...（注意：这里的bed和我们genome里的区域文件bed完全...

A tutorial on conducting genome‐wide association studies : Quality control and statistical analysisIntroduction准备软件1.数据格式准备2. PLINK的基础使用命令3. 遗传数据的质控3.1 使用HapMap数据进行数据...

Access写数据库程序，还是蛮有用的。快捷、方便，容易上手。报表快照文件Snapshot View.snp

以全基因组测序为目标的结构基因组学（ structural genomics）。 以基因功能鉴定为目标的功能基因组学（ functional genomics)，又被称为后基因组（ postgenome）。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于...

BIOS/UEFI基础——UEFI网络框架之SNP。

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ 单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP, The Single Nucleotide Polymorphism Database）是由NCBI与人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）合作建立的...

SnapKit使用详解

bcftools最常用的子命令是index,index子命令主要用于对vcf文件进行查看，过滤和取子集。 bcftools view snp.merged.vcf.gz -s C001 -t ^1 -r2,3 -Oz -o snp.chr2_3.vcf.gz 这里来解释一下这些常用参数，-s为取...

vcftools plink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递不平衡检验，多点连锁分析，单倍体关联分析，拷贝数变异分析，Meta分析等等。...

一、提取样本： 提取样本见命令行： plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample ...　其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID...

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具 参考：vcftools使用手册 输入参数 –vcf < input_filename > 支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 –gzvcf &...

生信学习笔记：利用GATK call SNP SNP是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。SNP在基因组中分布相当广泛，近来的研究表明在很多物种基因组中每300bp就出现一次。大量存在的SNP位点，使人们有...

（1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验设计（RNA-Seq）的分析方法。 （2）GATK是一个应用于前沿...

DBMS_JOB系统包是Oracle“任务队列”子系统的API编程接口。DBMS_JOB包对于任务队列提供了下面这些功能：提交并且执行一个任务、改变任务的执行参数以及删除或者临时挂起任务等。...这两个文件被CATPROC.SQL脚本文件调用

一.BWA BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。...