python读取genbank的gbk文件数据

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2023-01-13 02:50:46

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Bio模块中的一个example文件，生物信息入门的例子，我们可以通过这个例子来学会如何用Bio处理fasta和GBK文件

Biopython1.序列赋值转录(反转录) 翻译反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation:是一个有给每个碱基注释的字典，键是注释类型，值是每个残基序列注释的列表annotations：序列附件信息...

(个人经验，仅供参考，错误之处，敬请谅解) 缘由个人在使用python读取目录字典文件的时候，遇到了错误’utf-8’ codec can’t decode byte 0xc3 in position 4517: invalid continuation byte f = open('url.txt','r') for i in f: ...... &...

实验内容： 1.在PATRIC数据库检索栏选择“Genomes”，以Bifidobacterium（双歧杆菌）为关键字进行检索。 2.对上述检索结果进行进一步的过滤筛选，选择“Genomes Status”下的“Complete”，以及“Host Name”下的“Human, Homo sapiens”，完成检索结果的过滤筛选。 3.下载2中过滤后的结果，并保存为CSV文件格式。 4.利用Python提取CSV文件中各个基因组的“GenBank Accessions”，存储到想要的python列表中。 5.

Biopython1.序列赋值转录(反转录) 翻译反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation:是一个有给每个碱基注释的字典，键是注释类型，值是每个残基序列注释的列表annotations：序列附件信息...

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