泊松流生成模型简介-CSDN博客

无水先生
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2024-01-14 13:32:25
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一、课程导语不少人因各式各样原因,在读研时跨行生信或从事生信相关研究,其中不少开端即自学。然漫漫自学路,迷茫困苦乃至萌生放弃做科研的念头。念此,决定在比较擅长的领域-病毒遗传进化方面做点尝试,开一门理论和实战演示并重的基础课。注:课程里数据分析演示,以病毒序列数据作为背景和例子。然大道共通,做其他生物遗传进化的同学也可以参考。 二、课程目标掌握常用的遗传进化分析方法和程,包括序列下载和预处理、序列比对、基因突变分析、重组和重配分析、系统发育分析、基因选择压力分析、分化时间和进化速率估算、系统发生生物地理学分析(病毒时空动态分析)、蛋白质三级结构预测等。 三、适合人群(1)零基础,生物信息学入门;(2)有基础,需要提升的同学。 四、课程特色从算法原理到数据分析演示,知其所以然,避开数据分析黑箱子。思维导向,深入浅出式讲解,系统学习遗传进化相关知识。 五、课程安排【基础分析】专题一:病毒分类,序列下载,序列格式1. 病毒分类2. 病毒序列下载3. 序列格式解读4. 序列格式转换专题二:序列比对原理及应用1. 打分矩阵2. 序列比对策略3. 双序列比对4. 多序列比对专题三:基因突变分析、重组和重配分析1. 病毒基因突变分析2. 病毒重组和重配分析专题四:系统发育分析之理论基础篇1. 认识进化树2. 分子钟假说3. p距离与泊松校准4. 核苷酸进化模型深入剖析5. 几种建树方法原理详解专题五:系统发育分析之实战操作篇1. 建树程2. 估算进化模型3. 系统发育树构建(NJ,ML,BI)4. 树的查看和美化专题六:系统发育分析进阶1. 系统发育信号检测2. 树拓扑结构比较3. 多基因联合建树【高级专题】专题七:基因选择压力分析1. 自然选择VS中性进化2. 枝长模型3. 位点模型4. 枝位点模型5. 进化枝模型6. PAML进行选择压力分析专题八:分化时间和进化速率估算1. 使用Beast估算分化时间和进化速率2. 使用Treetime估算分化时间和进化速率3. 使用LSD估算分化时间和平均进化速率专题九:系统发生生物地理学1. 谱系生物地理学介绍2. 贝叶斯随机搜索量(BSSVS)分析3. 结构化溯祖分析专题十:蛋白质三级结构预测1. 蛋白质三级结构介绍2. 蛋白质结构比对3. 三级结构预测方法4. 三级结构预测实践5. 三级结构质量评估6. 三级结构查看与作图

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