hdwgcna中如何确定模块与细胞类型

BioInfo_NewBee 2025-03-10 10:43:34
seurat_obj <- SetDatExpr(
  seurat_obj,
  group_name = "INH", # the name of the group of interest in the group.by column
  group.by='cell_type', # the metadata column containing the cell type info. This same column should have also been used in MetacellsByGroups
  assay = 'RNA', # using RNA assay
  slot = 'data' # using normalized data
)

在构建矩阵时,已经通过group.name参数选择了细胞类型,这样还能对模块进行细胞类型的分类吗?

或者 我可以通过group.ident全选细胞类型,再通过dotplot图确定细胞类型与模块之间的关联吗

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