用证书认证的具体实现问题

[eidiot]

一个客户机/服务器系统，要求服务器对客户机的身份进行验证。
每个客户机有三个证书：根证书，自己的设备证书，服务器的证书。
服务器有每台客户机的证书，证书用x509标准。
如何具体实现整个认证过程呢？
证书是不是以文件的形式存放呢？
我听说在linux下提供了许多函数京进行提取密钥，签名等操作，
在windows下有没有具体的实现办法呢？
恳请大虾赐教?