有没有好的防止授权文件被重新还原的方法

[烂番]

在授权文件中有加密的授权信息，且在程序运行中会修改里面的内容
但是用户可以预先保存一份授权文件，在任何时候覆盖被修改了的授权文件，这样内容就被还原了

有没有好的方法防止这种情况，恳请不吝赐教！！

现在想到的方法有：在系统中留下标记，标识授权文件已修改的内容，这样在程序启动时去检测相应标志就可以了，这种程度的防破解对于现在本人情况已经够用了（如果没有其它方法的话）。

在windows下注册表是一个比较好的地方，但是在Linux下不大清楚放在哪里会比较好？