Web项目中用户上传文件过多时的管理

[qlknight]

现在是一个J2ee 的Web项目，该系统的用户会上传大量的文件，如果用户上传大理的文件应该如何管理？
如果项目发布名是bak的话，那么上传的文件放在bak目录里面会有什么影响？
服务器是SuSe，请大家指教，谢谢。