报错原因：你在函数getDir中仅仅为dir分配了dirLen+1大小的空间，该指针返回给ZipedFilePath后，却进行了strcat操作，strcat函数不负责额外空间的分配，所以追加上去的字符串造成了数组越界，所以出现错误。
解决方法是在getDir中为dir分配更多的空间。

至于回车，那是因为流操作“>>”读取字符时，会自动跳过回车。所以应改用其他方法，我对流式读取不太熟悉，如果使用文件指针，则影视用fgetc()函数。

//我的编译环境是VC6.0。
//试试看
#include <iostream>
#include <fstream>
using namespace std;
char* getDir(char *filepath)
{
   char *dir;
   char *temp;
   char *fileName = strrchr(filepath, '\\');    
   int dirLen=strlen(filepath)-strlen(fileName)+1;    
   temp=dir=new char[dirLen+1];    
   for(int i=0;i<dirLen;i++)
       *temp++=*filepath++;
   *temp='\0';
   return dir;
}

bool creatZipedFile(char *agv[])
{
   ifstream infile(agv[1]);
   if(!infile)
   {
       cerr<<"Can't open "<<agv[1]<<endl;
       cin.get();
       return false;
   }

   ofstream outfile;

   char *ZipedFilePath = getDir(agv[0]);
   strcat(ZipedFilePath,"ZipedFile.cpp");
   cout<<ZipedFilePath<<endl;
   outfile.open(ZipedFilePath);
   if(!outfile)
   {
       cerr<<"Can't creat ZipedFile "<<ZipedFilePath<<endl;
       cin.get();
       return false;
   }

   char word;
   bool space=false;
   while(infile.get(word))//原来的是读取的可见字符
   {
       while(word==','||word=='.'||word=='\t')
         //这里我并没有删除回车，回车符怎么也不见了？
       {
           infile>>word;
           space = true;
       }
       if(space)
       {
           outfile<<'\t';
           space=false;
       }
       outfile<<word;
   }

   cout<<"success!"<<endl;
   
   infile.close();
   outfile.close();
//   delete[] ZipedFilePath;//不能delete
   return true;
}

void main(int agr, char *agv[])
{  
#if 1
agr=2;
agv[1]="dd.txt";
#endif
   if(agr<2)
   {
       cerr<<"Parameters  Error!"<<endl
           <<"It needs two parameters."<<endl
           <<"First is the source file name"<<endl
           <<"and the second is the dest file name."<<endl
           <<"Press any key to quit"<<endl;
   }
   else if(!creatZipedFile(agv))
   {
       cerr<<"There's something wrong when processing."<<endl
           <<"Please contact to the author:"<<endl
           <<"Meter@mail.biti.edu.cn"<<endl;
   }
   cout<<"Bye!";//程序还没到这里就报错了，为什么？
}

个人觉得这种在函数内分配空间，函数外释放的风格不太好，最好把路径信息作为参数传给getDir，而getDir仅负责获取路径信息。即将getChar声明为：
void getDir(char *dir, contst char *filepath)
{
……
}

然后这样调用。
char dir[128];//当然，也可以动态的精确分配dir的的长度，那样既有灵活性，健壮性也好。
getDir(dir , argv[1])
strcat(dir , "……")
……

谢谢楼上关心！说实话，我等人回复就等了好久了。
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报错原因：你在函数getDir中仅仅为dir分配了dirLen+1大小的空间，该指针返回给ZipedFilePath后，却进行了strcat操作，strcat函数不负责额外空间的分配，所以追加上去的字符串造成了数组越界，所以出现错误。
解决方法是在getDir中为dir分配更多的空间。
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一语惊醒梦中人啊！
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至于回车，那是因为流操作“>>”读取字符时，会自动跳过回车。所以应改用其他方法，我对流式读取不太熟悉，如果使用文件指针，则影视用fgetc()函数。
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你确定会跳过会车？
我可是使用读取char操作阿，这也会跳过回车？那那些空格还有制表符是不是也不用判断了？
期待回答……

//原来的问题已经解决
//这时一个简单的文件处理小工具，功能是输入一个文本文件，
//经处理后删掉逗号，句号，和制表符代之以空格。
//我的编译环境是VC6.0。

#include <iostream>
#include <fstream>
using namespace std;

char* getDir(char *filepath)
{
    char *dir;
    char *temp;
    char *fileName = strrchr(filepath, '\\');    
    int dirLen=strlen(filepath)-strlen(fileName)+1;    
    temp=dir=new char[dirLen+14];
    for(int i=0;i<dirLen;i++)
        *temp++=*filepath++;
    *temp='\0';
    return dir;
}

bool creatZipedFile(char *agv[])
{
    ifstream infile(agv[1]);
    if(!infile)
    {
        cerr<<"Can't open "<<agv[1]<<endl;
        cin.get();
        return false;
    }

    ofstream outfile;

    char *ZipedFilePath = getDir(agv[0]);
    strcat(ZipedFilePath,"ZipedFile.cpp");

    outfile.open(ZipedFilePath);
    if(!outfile)
    {
        cerr<<"Can't creat ZipedFile "<<ZipedFilePath<<endl;
        cin.get();
        return false;
    }

    char word;
    bool space=false;
    while(infile.get(word))
    {
        while(word==','||word=='.'||word=='\t')
//这里我并没有删除回车，回车符怎么也不见了？
        {//问题解决，将原来的<<改为get(char)，一切OK.
//2003.5.18
            infile.get(word);
            space = true;
        }
        if(space)
        {
            outfile<<' ';
            space=false;
        }
        outfile<<word;
    }
    
    infile.close();
    outfile.close();
    delete[] ZipedFilePath;
    return true;
}

void main(int agc, char *agv[])
{  
    if(agc<2)
    {
        cerr<<"Parameters  Error!"<<endl
            <<"It needs two parameters."<<endl
            <<"First is the source file name"<<endl
            <<"and the second is the dest file name."<<endl
            <<"Press any key to quit"<<endl;
    }
    else if(creatZipedFile(agv))
cout<<"success!"<<endl
<<"Bye!"<<endl;
    else
cerr<<"There's something wrong when processing."<<endl
<<"Please contact to the author:"<<endl
<<"Meter@mail.biti.edu.cn"<<endl;
}

空格和制表符我没有注意，但通过VC60对程序的单步跟踪，我确定会跳过回车。

steedhorse(晨星) 能不能帮我看看这里的问题？
http://expert.csdn.net/Expert/topic/1796/1796515.xml?temp=.7543299