求助R语言GSEA分析

gsea:用于基因组富集分析的R包

盖西 用于基因组富集分析的R包

一文掌握单基因GSEA富集分析

关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析 | 20220404有出过类似的分享。今天，我们也结合相关的资源整理出一篇关于GSEA的教程及出图教程。每个方法的教程很多，我们大家结合自己的需求进行分析即可。以及，对于目前知识分享博主很多，只要你自己动手搜索，基本可以找到你的需求。更新！对于GSEA的教程原计划是在2月2日发表，但是由于有预约被占用了，因此这个教程也就是往后推迟。我在2月1日将我们的教程发在社群中，**也有同学提出疑问：**单基因也可以做GSEA分析，以及给出自己的疑问？

使用R语言进行GSEA富集分析

GSEA（Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析），可以评估整个基因表达谱，以确定一个基因集的显著性排名。在这种情况下，一组基因可能是与特定的生化途径相关的基因集合，也可能是与特定的生理功能、疾病过程或药理反应相关的基因集合。GSEA识别的是基因集合的行为。GSEA官网有官方推荐使用的基于JAVA的软件（下面称之为Broad GSEA 软件）。当然，GSEA在R语言中也是可以进行的。R语言实现的是 Broad GSEA 软件的模式（后续会提及），等效于方法。置换类型。

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把input里面的数据替换成自己的数据，打开R，点Run，可以直接出图！文件适合有R语言基础的同学。