求助R语言GSEA分析

r_xiaobai666 2022-02-23 21:57:11

初学者，一直报错，球求大神指点迷津

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写在前面后台难得有读者私信，请教了下图中文章的GSEA图能不能用R来画，今天就来简单写个教学。 GSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，它的基本思想是使用预定义的基因，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。 GSEA 和GO、KEGG pathway不同的地方在于，后两者会提前设定一个阈值，只关注差异变化大的基因（相当于重点班）。这样子容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因..

看图说话栏目曾介绍过GSEA的原理(看图说话|GSEA分析--教你解锁高级的富集分析)，今天我们来看一下如何利用R语言进行GSEA分析。如果你有RNA-seq的数据，就可以这样做，先把数据整成这样，一共两列，一列是SYMBOL，一列是foldChange。然后输入代码：>setwd("E:\\20201214GSEA分析怎么做")>#if(!requireNamesp...

GSEA文件准备 setwd("F:\\GEO\\GEO芯片数据/") ##下载好的载入 load('GSE35896_eSet.Rdata') a=gset[[1]] ##取出第一个元素赋值给一个对象a dat=exprs(a) #a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数，该函数得到表达矩阵 #现在得到的dat就是一个表达矩阵，只不过基因的ID是探针名 di...

关于GSEA分析，我们在前期的教程单基因GSEA富集分析 | 20220404有出过类似的分享。今天，我们也结合相关的资源整理出一篇关于GSEA的教程及出图教程。每个方法的教程很多，我们大家结合自己的需求进行分析即可。以及，对于目前知识分享博主很多，只要你自己动手搜索，基本可以找到你的需求。更新！对于GSEA的教程原计划是在2月2日发表，但是由于有预约被占用了，因此这个教程也就是往后推迟。我在2月1日将我们的教程发在社群中，**也有同学提出疑问：**单基因也可以做GSEA分析，以及给出自己的疑问？

这是一篇关于GSEA(基因集富集分析)的详细教程。文章介绍了富集分析的基本概念、常用数据库(KEGG、GO、Reactome等)、分析原理和步骤，并提供了完整的R代码实例，帮助读者理解和实践GSEA分析。

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