社区
图象工具使用
帖子详情
求助R语言GSEA分析
r_xiaobai666
2022-02-23 21:57:11
初学者，一直报错，球求大神指点迷津
...全文
62
回复
打赏
收藏
微信扫一扫
点击复制链接
分享
下载分享明细
分享
举报
写回复
回复
切换为时间正序
请发表友善的回复…
发表回复
相关推荐
一文解决
R
语言
GSEA
分析
及可视化
富集
分析
是组学研究中绕不开的，常见的有GO、KEGG、
GSEA
等。GO、KEGG
分析
是基于差异基因的，也就是人为设定阈值，选定基因去做富集
分析
，其实这有很大的主观性，GO、KEGG
分析
及可视化我们之前讲过，可参考（转录组...
不好好作图的NCS系列(五)：从这篇Cell学习
GSEA
的
R
语言
分析
及作图
但是这远远不够，很多研究者更喜欢使用
GSEA
，全名是Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集
分析
)。
GSEA
在一定程度上与GO一样，但是两者具有巨大的差别。GO使用的是差异基因，因为阈值的设定是人为的，所以很有...
GSEA
文件准备及表达相关性
分析
（
R
语言
）
GSEA
文件准备 setwd("F:\\GEO\\GEO芯片数据/") ##下载好的载入 load('GSE35896_eSet.Rdata') a=gset[[1]] ##取出第一个元素赋值给一个对象a dat=exprs(a) #a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用...
clusterProfiler进行
GSEA
富集
分析
不同于ORA富集
分析
（仅需要差异表达基因列表），
GSEA
富集
分析
需要基因排序列表（a ranked list of genes），一般根据logFC对基因排序。 1. 载入包，读入数据 rm(list=ls()) setwd("your_dir") # read the file ...
GSEA
分析
详细步骤
GSEA
分组
分析
文章目录
GSEA
分组
分析
@[toc]1. 根据基因文件进行处理筛选2. 文件内容补充及改名3.
GSEA
软件使用
GSEA
单基因
分析
这段时间有空为了某人学习了一下不属于我的领域的东西——
GSEA
分析
（基因富文本
分析
），...
发帖
图象工具使用
微信扫一扫
点击复制链接
分享社区
下载分享明细
1444
社区成员
2.4w+
社区内容
多媒体/设计/Flash/Silverlight 开发 图象工具使用
社区管理员
加入社区
帖子事件
创建了帖子
2022-02-23 21:57
社区公告
暂无公告
微信扫一扫